PDB-5hsv: X-Ray structure of a CypA-Alisporivir complex at 1.5 angstrom res...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hsv

タイトル

X-Ray structure of a CypA-Alisporivir complex at 1.5 angstrom resolution

要素

Alisporivir
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

キーワード

ISOMERASE / Cyclophilin PPIA CsA-derivative non-immunosuppressive

機能・相同性

機能・相同性情報

: / negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / cyclosporin A binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlorocebus aethiops (ミドリザル)

Tolypocladium inflatum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Dujardin, M. / Bouckaert, J. / Rucktooa, P. / Hanoulle, X.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: X-ray structure of alisporivir in complex with cyclophilin A at 1.5 angstrom resolution.
著者: Dujardin, M. / Bouckaert, J. / Rucktooa, P. / Hanoulle, X.

履歴

登録	2016年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年10月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hsv.cif.gz	292.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hsv.ent.gz	238.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hsv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hsv_validation.pdf.gz	495.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hsv_full_validation.pdf.gz	505.1 KB	表示
XML形式データ	5hsv_validation.xml.gz	32.1 KB	表示
CIF形式データ	5hsv_validation.cif.gz	45.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/5hsv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/5hsv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1cwaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3odl-4 1cwh-d 5a0e-2 1cwm-d 3ts4-d 3odl-9 5h9l-d 1xiz-1 3odl-7 3odi-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (8) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

E: Alisporivir

F: Alisporivir

G: Alisporivir

H: Alisporivir

ヘテロ分子

78.3 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

E: Alisporivir

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
19.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

F: Alisporivir

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
19.6 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

G: Alisporivir

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
19.6 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

H: Alisporivir

ソフトウェアが定義した集合体
19.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	37.904, 68.443, 71.952
Angle α, β, γ (deg.)	115.120, 103.170, 93.960
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	GLN	GLN	A	A	2 - 163	5 - 166
2	1	VAL	VAL	GLN	GLN	B	B	2 - 163	5 - 166
1	2	VAL	VAL	GLU	GLU	A	A	2 - 165	5 - 168
2	2	VAL	VAL	GLU	GLU	C	C	2 - 165	5 - 168
1	3	VAL	VAL	GLU	GLU	A	A	2 - 165	5 - 168
2	3	VAL	VAL	GLU	GLU	D	D	2 - 165	5 - 168
1	4	HOH	HOH	HOH	HOH	A	M	301 - 311
2	4	HOH	HOH	HOH	HOH	B	N	301 - 311
1	5	HOH	HOH	HOH	HOH	A	M	301 - 311
2	5	HOH	HOH	HOH	HOH	C	O	301 - 311
1	6	VAL	VAL	GLN	GLN	B	B	2 - 163	5 - 166
2	6	VAL	VAL	GLN	GLN	C	C	2 - 163	5 - 166
1	7	VAL	VAL	GLN	GLN	B	B	2 - 163	5 - 166
2	7	VAL	VAL	GLN	GLN	D	D	2 - 163	5 - 166
1	8	HOH	HOH	HOH	HOH	B	N	301 - 311
2	8	HOH	HOH	HOH	HOH	C	O	301 - 311
1	9	VAL	VAL	GLU	GLU	C	C	2 - 165	5 - 168
2	9	VAL	VAL	GLU	GLU	D	D	2 - 165	5 - 168

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / PPIase A / Cyclophilin A / Cyclosporin A-binding protein / Rotamase A 分子量: 18318.777 Da / 分子数: 4 / 断片: Cyclophilin A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlorocebus aethiops (ミドリザル) 遺伝子: PPIA, CYPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62938, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質・ペプチド	Alisporivir 分子量: 1232.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tolypocladium inflatum (菌類)
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M tris pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 20% PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.14→36.248 Å / Num. obs: 159748 / % possible obs: 69.3 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 7.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.14-1.16	2.3	3.225	680	296	0.131	2.179	3.912	0.3	2.6
6.23-36.25	7.1	0.048	9902	1387	0.998	0.019	0.052	28.3	99.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.4	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0107	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
MxCuBE		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1CWA

1cwa

解像度: 1.5→36.248 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.073
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1898	4807	4.9 %	RANDOM
R_work	0.166	-	-	-
obs	0.1672	93703	98.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 129.05 Å² / B_iso mean: 29.699 Å² / B_iso min: 10.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	-0.55 Å²	-0.41 Å²
2-	-	0.29 Å²	-0.49 Å²
3-	-	-	0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→36.248 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5366	0	4	408	5778
B_iso mean	-	-	42.79	33.49	-
残基数	-	-	-	-	699

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	5515
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	5250
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.844	1.974	7417
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.857	3	12107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	13.471	5.122	696
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.418	24.181	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.018	15	890
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.388	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	793
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.021	6406
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.031	0.02	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.014	1.254	2819
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.014	1.254	2819
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.814	1.871	3518

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	19326	0.07
1	2	B	19326	0.07
2	1	A	19474	0.08
2	2	C	19474	0.08
3	1	A	19490	0.09
3	2	D	19490	0.09
4	1	A	956	0.13
4	2	B	956	0.13
5	1	A	982	0.06
5	2	C	982	0.06
6	1	B	19298	0.08
6	2	C	19298	0.08
7	1	B	19218	0.08
7	2	D	19218	0.08
8	1	B	940	0.14
8	2	C	940	0.14
9	1	C	19732	0.06
9	2	D	19732	0.06

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.376	367	-
R_work	0.343	6796	-
all	-	7163	-
obs	-	-	96.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.231	-0.9158	1.1296	3.5899	0.1645	2.8038	0.0985	-0.1217	-0.1347	0.1778	-0.1385	0.1446	-0.0815	-0.122	0.04	0.0357	0.018	-0.0104	0.1869	-0.028	0.0248	-14.685	26.005	32.226
2	2.6363	-0.443	0.9356	2.7256	-0.3864	2.5931	0.0341	-0.268	-0.0945	0.2111	-0.0504	0.1283	-0.07	-0.0526	0.0163	0.0243	0.002	0.0069	0.1671	-0.0075	0.0127	1.625	59.284	32.288
3	1.7613	0.4792	0.2535	2.49	0.3372	3.0763	-0.0514	0.0822	-0.0109	-0.2754	0.1672	0.0587	-0.0525	-0.0397	-0.1157	0.0722	-0.0575	-0.0185	0.0568	0.0174	0.0104	3.591	38.925	64.414
4	1.8023	0.4812	0.0178	3.2572	0.6457	3.5019	-0.0681	0.0157	0.0104	-0.2808	0.2111	0.0786	-0.0641	-0.0034	-0.1431	0.0856	-0.065	-0.0173	0.0628	0.0154	0.0114	-17.761	72.973	64.166

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 311
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 311
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 168

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