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- PDB-5hr4: Structure of Type IIL restriction-modification enzyme MmeI in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hr4
タイトルStructure of Type IIL restriction-modification enzyme MmeI in complex with DNA has implications for engineering of new specificities
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*AP*TP*GP*TP*CP*GP*GP*AP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*AP*TP*AP*AP*C)-3')
  • MmeI
キーワードHydrolase/DNA / DNA-protein complex / Restriction-Modification enzyme / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
MmeI-like, DNA-methyltransferase domain / MmeI-like, N-terminal domain / MmeI-like, C-terminal domain / MmeI-like, helicase spacer domain / MmeI-like, target recognition domain / MmeI, N-terminal domain / MmeI, helicase spacer domain / MmeI, target recognition domain / MmeI, C-terminal domain / MmeI, DNA-methyltransferase domain ...MmeI-like, DNA-methyltransferase domain / MmeI-like, N-terminal domain / MmeI-like, C-terminal domain / MmeI-like, helicase spacer domain / MmeI-like, target recognition domain / MmeI, N-terminal domain / MmeI, helicase spacer domain / MmeI, target recognition domain / MmeI, C-terminal domain / MmeI, DNA-methyltransferase domain / : / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SINEFUNGIN / DNA / DNA (> 10) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
類似検索 - 構成要素
生物種Methylophilus methylotrophus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5964 Å
データ登録者Callahan, S.J. / Luyten, Y.A. / Gupta, Y.K. / Wilson, G.G. / Roberts, R.J. / Morgan, R.D. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure of Type IIL Restriction-Modification Enzyme MmeI in Complex with DNA Has Implications for Engineering New Specificities.
著者: Callahan, S.J. / Luyten, Y.A. / Gupta, Y.K. / Wilson, G.G. / Roberts, R.J. / Morgan, R.D. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2016年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: MmeI
H: DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*AP*TP*AP*AP*C)-3')
I: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*AP*TP*GP*TP*CP*GP*GP*AP*TP*A)-3')
J: MmeI
K: DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*AP*TP*AP*AP*C)-3')
L: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*AP*TP*GP*TP*CP*GP*GP*AP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,25510
ポリマ－226,4126
非ポリマー8434
水1,13563
1
C: MmeI
H: DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*AP*TP*AP*AP*C)-3')
I: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*AP*TP*GP*TP*CP*GP*GP*AP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,6275
ポリマ－113,2063
非ポリマー4212
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5870 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area31780 Å2
手法PISA
2
J: MmeI
K: DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*AP*TP*AP*AP*C)-3')
L: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*AP*TP*GP*TP*CP*GP*GP*AP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,6275
ポリマ－113,2063
非ポリマー4212
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5800 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area32100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.877, 95.292, 161.969
Angle α, β, γ (deg.)72.84, 89.15, 71.62
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 CJ

#1: タンパク質 MmeI


分子量: 105264.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylophilus methylotrophus (バクテリア)
遺伝子: mmeIRM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2MU09

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DNA鎖 , 2種, 4分子 HKIL

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*AP*TP*AP*AP*C)-3')


分子量: 3919.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Methylophilus methylotrophus (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*AP*TP*GP*TP*CP*GP*GP*AP*TP*A)-3')


分子量: 4021.632 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Methylophilus methylotrophus (バクテリア)

-
非ポリマー , 3種, 67分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10%(w/v) polyethylene glycol (PEG) 8K,0.1M HEPES pH 7.5, 0.2Mcalcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月11日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.596→50 Å / Num. obs: 91018 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 11.64
反射 シェル解像度: 2.596→2.69 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 2.023 / % possible all: 75.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2264: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5964→43.047 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2419 2017 2.22 %Random selection
Rwork0.215 ---
obs0.2156 90973 88.14 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5964→43.047 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11582 1044 56 63 12745
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0618044
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5937537
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532029
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072157
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5964-2.66140.32041000.25554395X-RAY DIFFRACTION61
2.6614-2.73330.28761230.25765738X-RAY DIFFRACTION80
2.7333-2.81370.30041470.26626121X-RAY DIFFRACTION84
2.8137-2.90450.32521430.27086292X-RAY DIFFRACTION88
2.9045-3.00830.30661390.26216434X-RAY DIFFRACTION89
3.0083-3.12870.31891470.25146406X-RAY DIFFRACTION90
3.1287-3.27110.27031470.24946512X-RAY DIFFRACTION89
3.2711-3.44350.27781450.23436459X-RAY DIFFRACTION89
3.4435-3.65910.23791500.21776429X-RAY DIFFRACTION90
3.6591-3.94150.25571470.19916521X-RAY DIFFRACTION91
3.9415-4.33780.20011480.18516659X-RAY DIFFRACTION92
4.3378-4.96470.18221620.17286933X-RAY DIFFRACTION96
4.9647-6.25190.21751580.19597041X-RAY DIFFRACTION98
6.2519-43.05320.20311610.20267016X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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