PDB-5hr1: Crystal structure of thioredoxin L107A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hr1

タイトル

Crystal structure of thioredoxin L107A mutant

要素

Thioredoxin-1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / E. coli thioredoxin / thiol-redox reactions

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.144 Å

データ登録者

Noguera, M.E. / Vazquez, D.S. / Howard, E.I. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / Santos, J.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural variability of E. coli thioredoxin captured in the crystal structures of single-point mutants.
著者: Noguera, M.E. / Vazquez, D.S. / Ferrer-Sueta, G. / Agudelo, W.A. / Howard, E. / Rasia, R.M. / Manta, B. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / Santos, J.

履歴

登録	2016年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hr1.cif.gz	406.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hr1.ent.gz	342.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hr1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/5hr1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/5hr1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hr0C 5hr2C 5hr3C 2trxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hr3-1 2h75-1 4hu9-d 2h72-1 2h6x-2 3d75-d 3bjh-d 2fch-6 6h1y-1 6roz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (5) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Thioredoxin-1

B: Thioredoxin-1

C: Thioredoxin-1

D: Thioredoxin-1

E: Thioredoxin-1

F: Thioredoxin-1

G: Thioredoxin-1

ヘテロ分子

82.6 kDa, 7 ポリマー
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1

A: Thioredoxin-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Thioredoxin-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Thioredoxin-1

登録者が定義した集合体
11.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Thioredoxin-1

登録者が定義した集合体
11.8 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Thioredoxin-1

登録者が定義した集合体
11.8 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Thioredoxin-1

登録者が定義した集合体
11.8 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Thioredoxin-1

登録者が定義した集合体
11.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.412, 88.693, 115.459
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))
2	1	(chain B and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))
3	1	(chain C and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))
4	1	(chain D and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))
5	1	(chain E and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))
6	1	(chain F and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	ILE	ILE	(chain A and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	A	A	2 - 5	3 - 6
1	2	LEU	LEU	ILE	ILE	(chain A and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	A	A	7 - 72	8 - 73
1	3	GLY	GLY	GLY	GLY	(chain A and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	A	A	74 - 84	75 - 85
1	4	VAL	VAL	ALA	ALA	(chain A and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	A	A	86 - 107	87 - 108
2	1	ASP	ASP	ILE	ILE	(chain B and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	B	B	2 - 5	3 - 6
2	2	LEU	LEU	ILE	ILE	(chain B and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	B	B	7 - 72	8 - 73
2	3	GLY	GLY	GLY	GLY	(chain B and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	B	B	74 - 84	75 - 85
2	4	VAL	VAL	ALA	ALA	(chain B and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	B	B	86 - 107	87 - 108
3	1	ASP	ASP	ILE	ILE	(chain C and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	C	C	2 - 5	3 - 6
3	2	LEU	LEU	ILE	ILE	(chain C and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	C	C	7 - 72	8 - 73
3	3	GLY	GLY	GLY	GLY	(chain C and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	C	C	74 - 84	75 - 85
3	4	VAL	VAL	ALA	ALA	(chain C and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	C	C	86 - 107	87 - 108
4	1	ASP	ASP	ILE	ILE	(chain D and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	D	D	2 - 5	3 - 6
4	2	LEU	LEU	ILE	ILE	(chain D and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	D	D	7 - 72	8 - 73
4	3	GLY	GLY	GLY	GLY	(chain D and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	D	D	74 - 84	75 - 85
4	4	VAL	VAL	ALA	ALA	(chain D and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	D	D	86 - 107	87 - 108
5	1	ASP	ASP	ILE	ILE	(chain E and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	E	E	2 - 5	3 - 6
5	2	LEU	LEU	ILE	ILE	(chain E and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	E	E	7 - 72	8 - 73
5	3	GLY	GLY	GLY	GLY	(chain E and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	E	E	74 - 84	75 - 85
5	4	VAL	VAL	ALA	ALA	(chain E and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	E	E	86 - 107	87 - 108
6	1	ASP	ASP	ILE	ILE	(chain F and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	F	F	2 - 5	3 - 6
6	2	LEU	LEU	ILE	ILE	(chain F and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	F	F	7 - 72	8 - 73
6	3	GLY	GLY	GLY	GLY	(chain F and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	F	F	74 - 84	75 - 85
6	4	VAL	VAL	ALA	ALA	(chain F and (resseq 2:5 or resseq 7:72 or resseq 74:84 or resseq 86:107))	F	F	86 - 107	87 - 108

#1: タンパク質	Thioredoxin-1 / Trx-1 分子量: 11776.502 Da / 分子数: 7 / 変異: L107A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: trxA, Z5291, ECs4714 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA27, UniProt: P0AA25*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: The drop was a 2:1 mix of protein (10 mg/ml in water) and reservoir solution (100 mM sodium acetate, 4 mM CuSO4, 18 % ethanol, pH 4.25), respectively.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 0.9202 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9202 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→38.478 Å / Num. obs: 48356 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 37.74 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / Χ²: 1.068 / Net I/σ(I): 14.7 / Num. measured all: 315275

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.15-2.23	6.7	0.515	4767	0.995	99.3
2.23-2.32	6.7	0.39	4786	1.133	99.5
2.32-2.42	6.7	0.274	4774	1.077	99.6
2.42-2.55	6.7	0.213	4796	1.094	99.7
2.55-2.71	6.7	0.151	4823	1.125	99.7
2.71-2.92	6.7	0.116	4829	1.09	99.7
2.92-3.21	6.5	0.088	4851	1.053	99.7
3.21-3.68	6.4	0.063	4874	1.056	99.8
3.68-4.63	6.3	0.04	4918	1.036	99.8
4.63-50	5.8	0.032	4938	1.014	95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2247	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2TRX

2trx

解像度: 2.144→38.478 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2348	2451	5.07 %	random
R_work	0.2064	45846	-	-
obs	0.2078	48297	99.01 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 212.03 Å² / B_iso mean: 68.4285 Å² / B_iso min: 19.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.144→38.478 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5439	0	2	100	5541
B_iso mean	-	-	75.89	41.91	-
残基数	-	-	-	-	715

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5554
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.574	7528
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	867
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	962
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.967	2041

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3568	X-RAY DIFFRACTION	6.073	TORSIONAL
1	2	B	3568	X-RAY DIFFRACTION	6.073	TORSIONAL
1	3	C	3568	X-RAY DIFFRACTION	6.073	TORSIONAL
1	4	D	3568	X-RAY DIFFRACTION	6.073	TORSIONAL
1	5	E	3568	X-RAY DIFFRACTION	6.073	TORSIONAL
1	6	F	3568	X-RAY DIFFRACTION	6.073	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1442-2.1854	0.2919	138	0.2637	2404	2542	95
2.1854-2.23	0.2874	131	0.2476	2518	2649	99
2.23-2.2785	0.2813	137	0.2419	2541	2678	100
2.2785-2.3315	0.2934	140	0.2332	2494	2634	100
2.3315-2.3898	0.251	125	0.2269	2543	2668	100
2.3898-2.4544	0.2552	131	0.2305	2549	2680	99
2.4544-2.5266	0.2512	139	0.2276	2532	2671	100
2.5266-2.6082	0.2689	125	0.2218	2562	2687	100
2.6082-2.7014	0.268	156	0.2349	2509	2665	100
2.7014-2.8095	0.2961	132	0.2368	2573	2705	100
2.8095-2.9373	0.2638	140	0.2449	2524	2664	100
2.9373-3.0921	0.2803	141	0.2334	2561	2702	100
3.0921-3.2857	0.2196	131	0.2119	2577	2708	100
3.2857-3.5393	0.2611	139	0.215	2570	2709	100
3.5393-3.8951	0.2138	127	0.1875	2592	2719	100
3.8951-4.4581	0.205	132	0.1738	2616	2748	100
4.4581-5.6139	0.1782	146	0.166	2624	2770	100
5.6139-38.484	0.2172	141	0.2066	2557	2698	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2811	1.5378	1.1269	3.5852	0.4996	3.6896	-0.0522	0.3603	0.1444	-0.2051	0.2331	0.4169	-0.2162	-0.1626	-0.1147	0.1789	0.0329	-0.0193	0.3741	0.0233	0.2861	-24.8131	-11.3155	6.927
2	4.5988	-1.111	-1.0834	5.0416	-0.0233	4.403	-0.1345	-0.0925	0.0397	0.0371	0.0883	-0.3321	-0.1964	0.3842	0.1156	0.1897	-0.0686	0.0014	0.3434	-0.0533	0.2324	-1.3705	-10.4276	6.5582
3	3.5001	-1.8012	0.9408	4.2022	-0.6711	2.9763	0.5589	0.1103	-0.765	-0.3909	-0.0777	0.4935	0.7926	0.8954	-0.33	0.4449	0.2243	-0.151	0.6277	-0.0035	0.4914	-11.7626	-5.2168	-22.9301
4	6.3238	-0.0026	1.351	3.1777	0.1157	4.6957	-0.2961	0.4992	0.2068	-0.0555	0.0359	-0.2044	0.2153	0.4152	0.217	0.62	-0.0033	-0.1047	0.3186	0.0907	0.3089	-4.8953	-29.7317	31.3585
5	1.9992	0.0204	-0.4653	3.0216	1.7516	1.2079	0.0917	-0.0843	-0.131	1.2351	-0.3555	0.0837	1.5583	-1.3681	0.1667	0.7122	-0.3555	0.0558	0.7755	0.0113	0.3426	-34.0817	-17.9372	36.428
6	3.4783	1.0605	-0.0936	3.6044	-0.065	1.8916	-0.6481	0.5016	0.4579	-0.6464	0.3038	-0.0452	-0.2664	-0.0546	0.2944	1.0761	-0.2212	-0.2648	0.3908	0.0314	0.4793	5.8342	20.5001	3.6314
7	8.8377	-7.1658	1.9092	5.8173	-1.3779	5.8106	0.4121	0.5581	-0.7824	0.1352	1.0328	-1.3495	1.6652	1.5354	-1.2036	0.623	0.2435	-0.2712	0.9417	-0.2891	1.1196	-25.239	-32.9263	-1.5473
8	5.212	-4.6246	-0.1336	5.248	-0.7166	0.6099	1.0971	1.5957	-0.5234	-0.2685	0.1653	-0.941	0.5088	1.0214	-0.2262	0.5483	0.3378	-0.2969	1.1238	-0.5313	1.2023	-13.0699	-30.2585	2.9384
9	0.4039	-0.8614	0.2277	1.8779	-0.6755	0.8726	0.2536	0.5294	-0.172	-0.3304	-0.3347	-0.3212	0.3889	0.3414	-0.1744	1.0002	0.5661	-0.6169	1.2011	-0.7614	1.9177	-13.8912	-39.83	-0.1517
10	0.6843	0.4223	1.6271	3.0498	2.1123	4.55	-0.1797	0.237	-1.6744	0.2668	-0.0447	-0.4424	1.0426	0.1062	0.1786	1.0836	-0.0647	-0.6094	0.5227	0.039	2.4651	-25.9918	-44.2789	4.7788
11	0.4325	-1.4418	0.3852	5.1873	-1.1245	4.3344	-0.1472	0.1846	-0.1752	-0.0013	-0.1287	0.4937	0.8275	0.3215	0.307	1.0087	0.2409	-0.6228	0.4826	-0.1186	2.6826	-14.1193	-45.743	8.0797
12	0.2851	0.141	-0.6536	0.0793	-0.2824	1.5465	-0.0701	0.1832	-2.2624	0.4687	0.5913	1.1991	1.176	0.303	-0.3591	0.7233	0.0836	-0.2941	0.5217	0.1377	1.8379	-17.3144	-39.6427	11.8619
13	2.6149	-3.8528	-1.7538	7.8307	-0.842	6.6223	0.3054	-0.9061	-1.9297	0.9406	0.9248	-0.6492	0.9983	0.7938	-0.8562	0.9845	0.1315	-0.6762	0.91	0.1052	1.4585	-10.2043	-33.1067	13.3152

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 107 )	A	1 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 1 through 107 )	B	1 - 107
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 2 through 107 )	C	2 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 1 through 107 )	D	1 - 107
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 2 through 107 )	E	2 - 107
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and (resid 2 through 107 )	F	2 - 107
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G' and (resid 28 through 32 )	G	28 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'G' and (resid 33 through 48 )	G	33 - 48
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'G' and (resid 49 through 63 )	G	49 - 63
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'G' and (resid 64 through 76 )	G	64 - 76
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'G' and (resid 77 through 84 )	G	77 - 84
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'G' and (resid 85 through 95 )	G	85 - 95
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'G' and (resid 96 through 103 )	G	96 - 103

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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