PDB-5hq8: Co-crystal Structure of human SMYD3 with a MEKK2 peptide at 2.13A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hq8

タイトル

Co-crystal Structure of human SMYD3 with a MEKK2 peptide at 2.13A

要素

Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3
MEKK2 peptide

キーワード

TRANSFERASE / SMYD3 / methyltransferase / oncology

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3K36 dimethyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / myotube cell development / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / histone H3K4 trimethyltransferase activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II complex binding / MAP kinase kinase kinase activity / cellular response to dexamethasone stimulus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Elkins, P.A. / Bonnette, W.G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structure-Based Design of a Novel SMYD3 Inhibitor that Bridges the SAM-and MEKK2-Binding Pockets.
著者: Van Aller, G.S. / Graves, A.P. / Elkins, P.A. / Bonnette, W.G. / McDevitt, P.J. / Zappacosta, F. / Annan, R.S. / Dean, T.W. / Su, D.S. / Carpenter, C.L. / Mohammad, H.P. / Kruger, R.G.

履歴

登録	2016年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月27日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月18日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details / Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hq8.cif.gz	289.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hq8.ent.gz	230.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hq8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hq8_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hq8_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5hq8_validation.xml.gz	46.3 KB	表示
CIF形式データ	5hq8_validation.cif.gz	65.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/5hq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/5hq8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hi7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pdn-d 3ru0-1 6ijl-d 5ex3-d 6yuh-d 3oxg-d 3oxf-1 6p6g-d 6o9o-d 5hi7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (4) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (2) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3

B: Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3

I: MEKK2 peptide

J: MEKK2 peptide

ヘテロ分子

104 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3

I: MEKK2 peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3

J: MEKK2 peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.109, 118.155, 84.782
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.61, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABIJ

#1: タンパク質	Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3 / SET and MYND domain-containing protein 3 / Zinc finger MYND domain-containing protein 1 分子量: 49542.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMYD3, ZMYND1, ZNFN3A1 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: Q9H7B4, histone-lysine N-methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド	MEKK2 peptide 分子量: 1735.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2U5*PLUS

#1: タンパク質

Histone-lysine N-methyltransferase SMYD3 / SET and MYND domain-containing protein 3 / Zinc finger MYND domain-containing protein 1

分子量: 49542.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMYD3, ZMYND1, ZNFN3A1 / 発現宿主:

unidentified baculovirus (ウイルス) / 株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: Q9H7B4, histone-lysine N-methyltransferase

#2: タンパク質・ペプチド

MEKK2 peptide

分子量: 1735.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成)

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2U5*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 734分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 717 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.28 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Human SMYD3 (1-428) with SAM in the SAM-binding site was concentrated to 11.7 mg/mL in 25 mM Tris-HCl pH 8 and 150 mM NaCl. Peptide (21st Century Biochemical) was solubilized in 100mM water. ...詳細: Human SMYD3 (1-428) with SAM in the SAM-binding site was concentrated to 11.7 mg/mL in 25 mM Tris-HCl pH 8 and 150 mM NaCl. Peptide (21st Century Biochemical) was solubilized in 100mM water. Two ul peptide was added to 200 ul of protein (five fold molar excess of peptide) and allowed to complex with the protein overnight at 4C. Crystals were obtained from a Hampton Index HT broad screen in sitting drops at 22C with condition H7 (0.15 DL-malic acid pH 7.0, 20% w/v PEG 3,350). Crystals were flash frozen in 20 percent ethylene glycol in well solution prior to data collection

結晶

マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.28 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Human SMYD3 (1-428) with SAM in the SAM-binding site was concentrated to 11.7 mg/mL in 25 mM Tris-HCl pH 8 and 150 mM NaCl. Peptide (21st Century Biochemical) was solubilized in 100mM water. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07808 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07808 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.592→50 Å / Num. obs: 138107 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 16.11

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1801	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.72→25.43 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2011	5551	5.03 %
R_work	0.1741	-	-
obs	0.1755	110414	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→25.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6774	0	90	717	7581

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	7104
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.419	9587
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.623	2692
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	1063
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	1234

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.72-1.7395	0.2818	192	0.2493	3473	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7395-1.76	0.3	186	0.2267	3524	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.7815	0.2374	186	0.2228	3462	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7815-1.804	0.2599	193	0.2167	3493	X-RAY DIFFRACTION	100
1.804-1.8277	0.2397	182	0.2125	3500	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8277-1.8528	0.2445	180	0.2072	3469	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8528-1.8792	0.2338	193	0.2055	3505	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8792-1.9073	0.2258	188	0.2061	3488	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9073-1.9371	0.2279	180	0.1941	3466	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9371-1.9688	0.2426	183	0.1937	3542	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9688-2.0027	0.2241	184	0.1959	3442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0027-2.0391	0.2084	206	0.2019	3496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0391-2.0783	0.2192	179	0.1818	3495	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0783-2.1208	0.2191	179	0.1827	3539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1208-2.1668	0.2305	179	0.1843	3445	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1668-2.2172	0.2068	195	0.1776	3510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2172-2.2726	0.1986	193	0.1738	3490	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2726-2.334	0.2141	203	0.1744	3459	X-RAY DIFFRACTION	100
2.334-2.4027	0.2108	183	0.1783	3490	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4027-2.4802	0.2078	177	0.1819	3484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4802-2.5687	0.2103	188	0.1822	3518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5687-2.6715	0.2071	171	0.1862	3507	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6715-2.7929	0.2104	170	0.1816	3545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7929-2.9399	0.2084	184	0.1827	3480	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9399-3.1238	0.2144	193	0.1857	3503	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1238-3.3645	0.2217	182	0.1765	3493	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3645-3.7022	0.178	173	0.1641	3525	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7022-4.2358	0.1588	177	0.1409	3501	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2358-5.3286	0.1481	185	0.1361	3530	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3286-25.4326	0.184	187	0.1531	3489	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4384	0.6538	0.5889	2.0541	1.2407	2.5629	0.0013	-0.0652	0.1977	0.0277	0.175	-0.2142	0.0213	0.2445	-0.137	0.1011	-0.0011	-0.0006	0.1912	-0.0301	0.2413	36.7776	-5.993	40.059
2	0.8928	-0.4682	0.3008	2.5419	0.8578	3.0048	0.0552	-0.0939	0.0123	0.0635	0.0276	0.1253	-0.1333	-0.0052	-0.0955	0.0906	-0.0065	0.0055	0.1695	-0.0516	0.2792	23.5971	-0.0999	43.6186
3	1.3054	0.1691	0.0365	1.368	-0.1689	0.499	-0.102	-0.1027	-0.1675	0.0394	0.0407	-0.1643	-0.0096	0.047	0.0502	0.1038	0.0001	0.0175	0.1568	-0.007	0.1571	33.8138	-27.6944	38.1049

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 3:93)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 94:186)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 187:427)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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