PDB-5hq5: Crystal structure of fragment bound with Brd4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hq5

タイトル

Crystal structure of fragment bound with Brd4

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / BRD4

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / histone reader activity / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Chen, T.T. / Xu, Y.C.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of fragment bound with Brd4
著者: Chen, T.T.

履歴

登録	2016年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hq5.cif.gz	43.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hq5.ent.gz	28.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hq5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/5hq5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/5hq5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hq6C 5hq7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5f62-d 4men-d 6ft3-d 4uyd-d 6prt-d 5wma-d 6yqz-d 6g0p-d 5o97-d 5lj1-d 3svf-d 6uvm-d 6uvj-d 3zyu-1 4cfl-d 6v0u-d 4o7c-d 6sah-d 6mh1-1 5d24-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.300, 44.140, 77.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 44-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codonplus(DE3) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-64Q / 7-methyl-N-(o-tolyl)-[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyrimidin-5-amine 分子量: 239.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₃N₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 3.6M Naformate, 10% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→39 Å / Num. obs: 17920 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 8.29 Å² / R_merge F obs: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_rim(I) all: 0.062 / Χ²: 1.191 / Net I/σ(I): 17.7 / Num. measured all: 112174

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.64		0.989	0.083	11.15	8273	2457	2442	0.098	99.4
1.64-1.69		0.989	0.078	12.1	8468	2435	2434	0.093	100
1.69-1.74		0.988	0.083	12.24	8239	2398	2395	0.099	99.9
1.74-1.79		0.992	0.069	13.43	7671	2276	2274	0.082	99.9
1.79-1.85		0.991	0.065	13.83	7110	2220	2206	0.078	99.4
1.85-1.91		0.989	0.076	15.31	7319	2170	2122	0.091	97.8
1.91-1.98		0.986	0.072	16.56	6083	2045	1890	0.089	92.4
1.98-2.07		0.993	0.059	17.82	6856	2009	1995	0.07	99.3
2.07-2.16		0.991	0.057	18.78	5850	1918	1845	0.069	96.2
2.16-2.26		0.989	0.056	19.42	5306	1836	1706	0.068	92.9
2.26-2.39		0.994	0.052	20.69	6122	1730	1722	0.061	99.5
2.39-2.53		0.994	0.049	21.46	5839	1637	1637	0.058	100
2.53-2.7		0.993	0.05	21.82	5245	1542	1530	0.06	99.2
2.7-2.92		0.994	0.046	21.99	4730	1451	1439	0.055	99.2
2.92-3.2		0.994	0.047	24.39	4822	1324	1323	0.055	99.9
3.2-3.58		0.994	0.046	24.78	4169	1191	1184	0.055	99.4
3.58-4.13		0.994	0.046	24.21	3184	1056	1018	0.056	96.4
4.13-5.06		0.995	0.044	25.95	3202	889	888	0.052	99.9
5.06-7.16		0.995	0.044	25.16	2423	688	687	0.052	99.9
	7.16	0.995	0.045	25.27	1263	380	375	0.053	98.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XSCALE		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→29.203 Å / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.29 / 位相誤差: 17.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1868	537	3 %
R_work	0.1705	-	-
obs	0.171	17896	98.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.203 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1061	0	18	156	1235

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1111
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.182	1512
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.508	425
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	158
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	194

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5999-1.6843	0.1643	141	0.1365	4628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6843-1.7898	0.1759	145	0.1535	4667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7898-1.928	0.2322	134	0.1944	4488	X-RAY DIFFRACTION	96
1.928-2.1219	0.1984	142	0.19	4511	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1219-2.4288	0.225	137	0.187	4521	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4288-3.0596	0.2068	144	0.1817	4625	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0596-29.208	0.1449	147	0.15	4620	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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