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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hq1 | |||||||||
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タイトル | Comment on S. W. M. Tanley and J. R. Helliwell Structural dynamics of cisplatin binding to histidine in a protein Struct. Dyn. 1, 034701 (2014) regarding the refinement of 4mwk, 4mwm, 4mwn and 4oxe and the method we have adopted. | |||||||||
![]() | Lysozyme C | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() Lactose synthesis / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Helliwell, J.R. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Comment on "Structural dynamics of cisplatin binding to histidine in a protein" [Struct. Dyn. 1, 034701 (2014)]. 著者: Tanley, S.W. / Helliwell, J.R. #1: ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2014 タイトル: Structural dynamics of cisplatin binding to histidine in a protein. 著者: Tanley, S.W. / Helliwell, J.R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5hmvC ![]() 5i5qC ![]() 5iddC ![]() 4mwm S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 14218.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: lysozyme / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 103分子 ![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NO3.gif)
![](data/chem/img/PT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NO3.gif)
![](data/chem/img/PT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-DMS / ![]() | ||||||
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#3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-NO3 / ![]() #5: 化合物 | ChemComp-PT / #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.37 % |
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結晶化![]() | 温度: 294 K / 手法: batch mode / pH: 4.7 詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 40MG HEWL CO-CRYSTALLISED WITH 2.6MG CISPLATIN, WITH THE PLATINUM COMPOUNDS BEING IN A 3-FOLD MOLAR EXCESS TO THE PROTEIN. 462.5 UL OF A 0.02M NAAC SOLUTION ALONG ...詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 40MG HEWL CO-CRYSTALLISED WITH 2.6MG CISPLATIN, WITH THE PLATINUM COMPOUNDS BEING IN A 3-FOLD MOLAR EXCESS TO THE PROTEIN. 462.5 UL OF A 0.02M NAAC SOLUTION ALONG WITH 462.5 UL OF A 0.5M NANO3 SOLUTION WAS USED WITH 75 UL DMSO ADDED, BATCH, TEMPERATURE 294K, PH 4.7, EVAPORATION. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月3日 |
放射 | モノクロメーター: CONFOCAL MIRROR OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1→32.09 Å / Num. obs: 47695 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 2.25 % / Biso Wilson estimate: 7.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0875 / Net I/σ(I): 5.93 |
反射 シェル | 解像度: 1→1.1 Å / 冗長度: 0.81 % / Rmerge(I) obs: 0.2408 / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / % possible all: 79.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 4mwm ![]() 4mwm 解像度: 1→32.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.143 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.704 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1→32.09 Å
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拘束条件 |
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