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- PDB-5hoo: Crystal structure of the Mos1 Strand Transfer Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hoo
タイトルCrystal structure of the Mos1 Strand Transfer Complex
要素
  • Mariner Mos1 transposase
  • Mos1 IR DNA NTS
  • Mos1 IR TS joined to Target DNA,Mos1 IR TS joined to Target DNA
  • Target DNA
キーワードDNA / protein-DNA complex / DNA transposase / recombinase / integrase / helix-turn-helix / base flipping
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic DNA integrity checkpoint signaling / DNA topoisomerase binding / DNA double-strand break processing / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / histone H3K36 methyltransferase activity / histone H3K4 methyltransferase activity / replication fork processing / condensed chromosome / DNA integration / double-strand break repair via nonhomologous end joining ...mitotic DNA integrity checkpoint signaling / DNA topoisomerase binding / DNA double-strand break processing / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / histone H3K36 methyltransferase activity / histone H3K4 methyltransferase activity / replication fork processing / condensed chromosome / DNA integration / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #1450 / Transposase, type 1 / Mos1 transposase, HTH domain / Transposase (partial DDE domain) / HTH domain in Mos1 transposase / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribonuclease H superfamily ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #1450 / Transposase, type 1 / Mos1 transposase, HTH domain / Transposase (partial DDE domain) / HTH domain in Mos1 transposase / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribonuclease H superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Mariner Mos1 transposase
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila mauritiana (ハエ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
Model detailsrepresents the Mos1 transposition machinery after transposon integration into target DNA
データ登録者Richardson, J.M. / Morris, E.R.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: A bend, flip and trap mechanism for transposon integration.
著者: Morris, E.R. / Grey, H. / McKenzie, G. / Jones, A.C. / Richardson, J.M.
履歴
登録2016年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mariner Mos1 transposase
B: Mariner Mos1 transposase
C: Mos1 IR DNA NTS
D: Mos1 IR TS joined to Target DNA,Mos1 IR TS joined to Target DNA
E: Mos1 IR DNA NTS
F: Mos1 IR TS joined to Target DNA,Mos1 IR TS joined to Target DNA
G: Target DNA
H: Target DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,41610
ポリマ－125,3678
非ポリマー492
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27950 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area49820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)256.340, 58.830, 110.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.910, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Mariner Mos1 transposase / Transposable element Mos1 transposase


分子量: 40865.316 Da / 分子数: 2 / 断片: full-length Mos1 transposase / 変異: T216A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Drosophila mauritiana (ハエ) / 遺伝子: mariner / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7JQ07, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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DNA鎖 , 3種, 6分子 CEDFGH

#2: DNA鎖 Mos1 IR DNA NTS


分子量: 7768.030 Da / 分子数: 2 / 断片: Mos1 IR DNA NTS / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 Mos1 IR TS joined to Target DNA,Mos1 IR TS joined to Target DNA


分子量: 11044.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA
由来: (合成) synthetic construct (人工物), (合成) Drosophila mauritiana (ハエ)
#4: DNA鎖 Target DNA


分子量: 3005.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.73 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% (v/v) MPD, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5,0.2 M magnesium acetate tetrahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→86.99 Å / Num. obs: 25201 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 3.29→3.52 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.152 / % possible all: 99.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HOS

3hos


解像度: 3.3→60.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 90.635 / SU ML: 0.582 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.55
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2739 1239 5 %RANDOM
Rwork0.2319 ---
obs0.2339 23767 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 145 Å2 / Biso mean: 73.034 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.01 Å20 Å2-9.43 Å2
2--10.82 Å2-0 Å2
3----8.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→60.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5591 2895 2 2 8490
Biso mean--145 145 -
残基数----813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0168991
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.027003
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2551.6412743
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.467316217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4495667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.6923.333309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.031151026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1581554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028152
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022120
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 108 -
Rwork0.318 1701 -
all-1809 -
obs--99.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.15630.33620.58440.70260.29950.9979-0.1148-0.05170.02290.13880.0404-0.1731-0.06850.27310.07440.3459-0.0878-0.08221.01510.06050.134946.5871-13.10796.101
20.643-0.28280.39350.4630.03592.9158-0.097-0.14940.09380.1840.14610.0206-0.05750.0717-0.04920.2669-0.0657-0.08090.91550.06960.083725.624-20.250617.1368
31.0808-0.15591.181.2966-0.35822.3703-0.040.03650.02270.04630.08330.118-0.28550.289-0.04320.1477-0.1819-0.05070.91170.10370.060620.771-16.9117-15.9502
43.48760.7624-0.76241.3141-1.10271.0145-0.2437-0.3086-0.07070.29420.2983-0.0657-0.0770.0179-0.05460.8618-0.047-0.39491.8769-0.01950.208853.1407-16.674943.406
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 345
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 345
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 28
4X-RAY DIFFRACTION3D29 - 56
5X-RAY DIFFRACTION3E4 - 28
6X-RAY DIFFRACTION3F29 - 56
7X-RAY DIFFRACTION4D0 - 7
8X-RAY DIFFRACTION4F0 - 7
9X-RAY DIFFRACTION4G-10 - -1
10X-RAY DIFFRACTION4H-10 - -1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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