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- PDB-4r79: Mos1 transposase paired-end complex with left transposon end -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r79
タイトルMos1 transposase paired-end complex with left transposon end
要素
  • (left Inverted repeat ...) x 3
  • Mariner Mos1 transposase
キーワードRecombination/DNA / transposase / protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / transpososome / Rnase-H like catalytic fold Helix-turn-helix / DNA transposition / DNA cleavage / DNA integration / transposon (トランスポゾン) / inverted repeats / Recombination-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / endonuclease activity / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #1450 / Transposase, type 1 / Mos1 transposase, HTH domain / Transposase (partial DDE domain) / HTH domain in Mos1 transposase / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribonuclease H superfamily ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #1450 / Transposase, type 1 / Mos1 transposase, HTH domain / Transposase (partial DDE domain) / HTH domain in Mos1 transposase / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribonuclease H superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Mariner Mos1 transposase
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila mauritiana (ハエ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Richardson, J.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for the Inverted Repeat Preferences of mariner Transposases.
著者: Trubitsyna, M. / Grey, H. / Houston, D.R. / Finnegan, D.J. / Richardson, J.M.
履歴
登録2014年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: left Inverted repeat NTS
D: left Inverted repeat TS
E: left Inverted repeat NTS
F: left Inverted repeat TS
G: left Inverted repeat NTS
H: left Inverted repeat NTS H
A: Mariner Mos1 transposase
B: Mariner Mos1 transposase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,66212
ポリマ－130,3608
非ポリマー3024
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.783, 86.885, 132.379
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22E
13D
23F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A4 - 345
2112B4 - 345
1121C4 - 28
2121E4 - 28
1131D29 - 56
2131F29 - 56

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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Left Inverted repeat ... , 3種, 6分子 CEGDFH

#1: DNA鎖 left Inverted repeat NTS


分子量: 7834.055 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesised by IDT / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 left Inverted repeat TS


分子量: 8485.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesised by IDT / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 left Inverted repeat NTS H


分子量: 8156.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesised by IDT / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#4: タンパク質 Mariner Mos1 transposase / Transposable element Mos1 transposase


分子量: 40865.316 Da / 分子数: 2 / Mutation: T216A, K243R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Drosophila mauritiana (ハエ) / 遺伝子: mariner\T, T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7JQ07, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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非ポリマー , 3種, 9分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細AUTHOR STATES THAT ENTRY SEQUENCE OF 4R79 IS CORRECT FOR MOS1. THE REFERENCE J7JQ07 ACTUALLY REFERS ...AUTHOR STATES THAT ENTRY SEQUENCE OF 4R79 IS CORRECT FOR MOS1. THE REFERENCE J7JQ07 ACTUALLY REFERS TO THE PEACH ELEMENT RATHER THAN MOS1. THE ENTRY SEQUENCE HAS 4 DIFFERENCES AGAINST J7JQ07, AS INDICATED IN FIGURE 2 OF THE PAPER BY MEDHORA ET AL IN GENETICS 128:311-318 JUNE,1991. PMCID:PMC1204469. THESE 4 DIFFERENCES SEEM TO MATCH WITH THE VARIANTS HIGHLIGHTED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.43 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 100 mM Sodium Citrate pH 5.8, 100 mM Ammonium Acetate, 450 mM KCl, and 5 mM MnCl2, hanging drop, temperature 290K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月10日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. all: 48795 / Num. obs: 48795 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
直接法位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HOS

3hos


解像度: 3.1→29.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 21.722 / SU ML: 0.352 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.646 / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27009 2444 5 %RANDOM
Rwork0.22719 ---
obs0.22937 46335 99.4 %-
all-48795 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.457 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.81 Å20 Å2-5.48 Å2
2--7.36 Å20 Å2
3----9.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5606 3230 12 5 8853
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0169382
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8511.6213360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8785668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.77623.355310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.903151030
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2291554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0216123
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.8176.8712684
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other10.3226.4122691
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.37610.2843348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.6767.7736698
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A3526MEDIUM POSITIONAL0.080.5
1A1986TIGHT THERMAL7.370.5
1A3526MEDIUM THERMAL8.712
2C707TIGHT THERMAL6.470.5
3D878TIGHT THERMAL6.70.5
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 157 -
Rwork0.411 3314 -
obs--98.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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