[日本語] English
万見
- PDB-5ho8: DISCOVERY OF NOVEL 7-AZAINDOLES AS PDK1 INHIBITORS -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ho8
タイトルDISCOVERY OF NOVEL 7-AZAINDOLES AS PDK1 INHIBITORS
要素3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / PDK1 inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / Activation of AKT2 / regulation of mast cell degranulation / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / type B pancreatic cell development / positive regulation of phospholipase activity / hyperosmotic response / RSK activation / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation ...3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / Activation of AKT2 / regulation of mast cell degranulation / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / type B pancreatic cell development / positive regulation of phospholipase activity / hyperosmotic response / RSK activation / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / phospholipase activator activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / phospholipase binding / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / GPVI-mediated activation cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway / T cell costimulation / cellular response to epidermal growth factor stimulus / activation of protein kinase B activity / Integrin signaling / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / VEGFR2 mediated vascular permeability / VEGFR2 mediated cell proliferation / cell projection / peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of protein localization to plasma membrane / calcium-mediated signaling / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / CLEC7A (Dectin-1) signaling / cellular response to insulin stimulus / FCERI mediated NF-kB activation / positive regulation of angiogenesis / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Regulation of TP53 Degradation / cell migration / Downstream TCR signaling / PIP3 activates AKT signaling / insulin receptor signaling pathway / actin cytoskeleton organization / cytoplasmic vesicle / protein autophosphorylation / postsynaptic density / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PDK1-type, PH domain / PH domain / PDPK1 family / : / PH-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...PDK1-type, PH domain / PH domain / PDPK1 family / : / PH-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-63E / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wucherer-Plietker, M. / Esdar, C. / Knoechel, T. / Hillertz, P. / Heinrich, T. / Buchstaller, H.P. / Greiner, H. / Dorsch, D. / Calderini, M. / Bruge, D. ...Wucherer-Plietker, M. / Esdar, C. / Knoechel, T. / Hillertz, P. / Heinrich, T. / Buchstaller, H.P. / Greiner, H. / Dorsch, D. / Calderini, M. / Bruge, D. / Mueller, T.J.J. / Graedler, U.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Discovery of novel 7-azaindoles as PDK1 inhibitors.
著者: Wucherer-Plietker, M. / Merkul, E. / Muller, T.J. / Esdar, C. / Knochel, T. / Heinrich, T. / Buchstaller, H.P. / Greiner, H. / Dorsch, D. / Finsinger, D. / Calderini, M. / Bruge, D. / Gradler, U.
履歴
登録2016年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0796
ポリマ－35,4281
非ポリマー6525
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area600 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area13740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.993, 122.993, 47.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1 / hPDK1


分子量: 35427.609 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 51-359 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDPK1, PDK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O15530, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-63E / 4-butyl-6-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)pyrimidin-2-amine


分子量: 267.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H17N5
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 / 詳細: 100 mM Tris-HCl, 1.8 M NH4-sulfate / PH範囲: 8.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 10281 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 66.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 36.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OKZ

1okz


解像度: 2.7→37.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.901 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.876 / SU Rfree Blow DPI: 0.303 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.308
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 484 4.71 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.184 10271 89.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2843 Å20 Å20 Å2
2---2.2843 Å20 Å2
3---4.5686 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→37.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2287 0 50 41 2378
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012394HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.173234HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d834SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes52HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes338HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2394HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion295SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2713SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル最高解像度: 2.7 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 -4.79 %
Rwork0.232 1930 -
obs--62.6 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 41.8768 Å / Origin y: 18.8884 Å / Origin z: 13.608 Å
111213212223313233
T-0.0377 Å2-0.0034 Å2-0.0469 Å2--0.1093 Å20.0824 Å2---0.0569 Å2
L0.9352 °20.1726 °2-0.2795 °2-0.8316 °20.253 °2--2.2963 °2
S-0.0646 Å °0.0429 Å °0.1136 Å °-0.0273 Å °0.0868 Å °0.0877 Å °-0.0912 Å °-0.0188 Å °-0.0222 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る