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- PDB-5hnk: Crystal structure of T5Fen in complex intact substrate and metal ions. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hnk
タイトルCrystal structure of T5Fen in complex intact substrate and metal ions.
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*C)-3')
  • Exodeoxyribonuclease
キーワードHYDROLASE / enzyme-DNA complex / flap endonuclease / metalloenzyme.
機能・相同性
機能・相同性情報


viral replication complex / exodeoxyribonuclease (lambda-induced) / late viral transcription / DNA replication, Okazaki fragment processing / double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / double-stranded DNA endonuclease activity / DNA exonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / viral DNA genome replication / 5'-3' exonuclease activity ...viral replication complex / exodeoxyribonuclease (lambda-induced) / late viral transcription / DNA replication, Okazaki fragment processing / double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / double-stranded DNA endonuclease activity / DNA exonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / viral DNA genome replication / 5'-3' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA exonuclease activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flap endonuclease D15-like / Flap endonuclease / 5'-nuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 ...Flap endonuclease D15-like / Flap endonuclease / 5'-nuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Flap endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage T5 (ファージ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Almalki, F.A. / Feng, M. / Zhang, J. / Sedelnikova, S.E. / Rafferty, J.B. / Sayers, J.R. / Artymiuk, P.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Direct observation of DNA threading in flap endonuclease complexes.
著者: AlMalki, F.A. / Flemming, C.S. / Zhang, J. / Feng, M. / Sedelnikova, S.E. / Ceska, T. / Rafferty, J.B. / Sayers, J.R. / Artymiuk, P.J.
履歴
登録2016年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22016年6月22日Group: Database references
改定 1.32016年7月20日Group: Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
X: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*C)-3')
Y: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*C)-3')
A: Exodeoxyribonuclease
B: Exodeoxyribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0928
ポリマ－69,9124
非ポリマー1804
水4,035224
1
X: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*C)-3')
Y: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*C)-3')
B: Exodeoxyribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8167
ポリマ－38,6363
非ポリマー1804
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area16690 Å2
手法PISA
2
X: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*C)-3')
Y: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*C)-3')
A: Exodeoxyribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7246
ポリマ－38,6363
非ポリマー883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area17480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.720, 109.940, 127.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 / タンパク質 , 2種, 4分子 XYAB

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 3680.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Exodeoxyribonuclease / 5'-exonuclease / T5FEN / D15 exonuclease


分子量: 31275.475 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 20-291 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Corresponds to residues 20-291 of Uniprot P06229 but with mutation D153K
由来: (組換発現) Escherichia phage T5 (ファージ) / 遺伝子: D15 / プラスミド: pJONEX4
詳細 (発現宿主): pUC19 derivative carrying a lambda promoter.
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M72
参照: UniProt: P06229, exodeoxyribonuclease (lambda-induced)

-
非ポリマー , 4種, 228分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.06 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: The concentration of both oligonucleotides was adjusted to 1.1 mM for the duplex molecule by dissolving each one in 10 mM MES pH 6.5 and 50 mM KCl. They were annealed by heating to 367K for ...詳細: The concentration of both oligonucleotides was adjusted to 1.1 mM for the duplex molecule by dissolving each one in 10 mM MES pH 6.5 and 50 mM KCl. They were annealed by heating to 367K for 10 minutes and allowed to cool to room temperature. Crystals with oligonucleotide 5ov4 were grown at 290K with the D153K variant of T5Fen. The resulting T5FenD153K:5ov4 structure was determined from crystals grown in 0.2 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris buffer pH 5.5, 25% w/v PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月16日
詳細: Please check which detector was in place at that date
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→44.72 Å / Num. all: 31727 / Num. obs: 31727 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.7 % / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.094 / Rsym value: 0.079 / Net I/av σ(I): 7.049 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 182387
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.22-2.283.10.6540.9672621770.4050.6542.294.8
2.28-2.343.70.5241.2819522380.3120.5242.998.2
2.34-2.414.40.4521.4958021890.2490.4523.799.9
2.41-2.485.50.3981.61186821390.1980.3984.999.8
2.48-2.566.40.3321.91303620520.1530.3326.199.9
2.56-2.656.70.2742.31354720230.1240.2747.5100
2.65-2.756.60.2432.61283519470.1110.2438.6100
2.75-2.876.40.1943.31180818540.0910.19410.199.9
2.87-2.996.40.15941168918350.0750.15911.999.9
2.99-3.146.60.1185.61126417010.0540.11814.9100
3.14-3.316.50.097.11061416420.0440.0918.199.9
3.31-3.516.20.0748.7965315660.0360.07420.6100
3.51-3.756.20.0669.9923614820.0310.06623.299.9
3.75-4.056.50.06110.7901613820.0280.06125.699.9
4.05-4.446.30.05511.5796412710.0260.05527.1100
4.44-4.966.10.05211.5719911730.0250.05228.1100
4.96-5.736.50.04813.4662810270.0220.04828.3100
5.73-7.025.90.0491352648900.0230.04926.699.8
7.02-9.935.80.0413.941617130.020.0429.9100
9.93-44.724.90.03515.721044260.0190.03528.698.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EXN

1exn


解像度: 2.22→42.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.2347 / WRfactor Rwork: 0.1834 / FOM work R set: 0.8335 / SU B: 14.251 / SU ML: 0.175 / SU R Cruickshank DPI: 0.3029 / SU Rfree: 0.2192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2344 1595 5 %RANDOM
Rwork0.1826 ---
obs0.1851 30073 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 154.83 Å2 / Biso mean: 48.335 Å2 / Biso min: 21.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---0.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.22→42.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4407 490 9 224 5130
Biso mean--65.84 46.85 -
残基数----568
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0185050
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024573
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0661.8596913
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.947310527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3055542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.87324.211228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.92515813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.0841530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2742
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6593.0612174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6593.062173
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9974.5812714
LS精密化 シェル解像度: 2.22→2.278 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 117 -
Rwork0.264 2045 -
all-2162 -
obs--94.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.764-0.6541.62120.7861-0.16663.72490.0126-0.182-0.42940.10440.16460.04820.2536-0.7765-0.17720.2067-0.0295-0.02510.2202-0.02510.162711.708512.842232.2433
20.3145-0.5901-0.50871.33561.75113.6330.0261-0.0439-0.14190.02920.0240.17630.2294-0.1989-0.05010.1421-0.0235-0.03670.1491-0.01290.140714.397616.33144.5373
30.908-0.33310.21512.57380.81131.8822-0.05640.05840.0985-0.3430.0197-0.1226-0.3270.0880.03670.1079-0.00320.00840.01730.00490.023617.559410.064810.26
40.48330.15280.04841.1710.10331.01010.1337-0.0145-0.0743-0.0611-0.1206-0.02080.0099-0.0552-0.01320.04620.0014-0.02160.13040.02140.110619.795829.366845.3881
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1X1 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2Y1 - 12
3X-RAY DIFFRACTION3A20 - 291
4X-RAY DIFFRACTION4B20 - 291

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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