PDB-5hn8: Crystal structure of Plasmodium vivax geranylgeranylpyrophosphate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hn8

タイトル

Crystal structure of Plasmodium vivax geranylgeranylpyrophosphate synthase complexed with BPH-1182

要素

Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Liu, Y.-L. / Zhang, Y. / Oldfield, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Dynamic Structure and Inhibition of a Malaria Drug Target: Geranylgeranyl Diphosphate Synthase.
著者: G Ricci, C. / Liu, Y.L. / Zhang, Y. / Wang, Y. / Zhu, W. / Oldfield, E. / McCammon, J.A.

履歴

登録	2016年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月21日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hn8.cif.gz	277.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hn8.ent.gz	220.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hn8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hn8_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hn8_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5hn8_validation.xml.gz	51.5 KB	表示
CIF形式データ	5hn8_validation.cif.gz	69.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/5hn8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/5hn8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hn7C 5hn9C 5hnaC 3ldwS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hn7-3 3ph7-2 3ph7-1 6si5-1 3mav-1 4e1e-1 5ahu-d 6w7i-d 6qgy-1 3dyh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

B: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

C: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

D: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

ヘテロ分子

177 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

C: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

D: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.072, 117.220, 92.786
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.200, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	A	1 - 500
2	1	1	3	B	1 - 500
3	1	1	3	C	1 - 500
4	1	1	3	D	1 - 500

#1: タンパク質	Farnesyl pyrophosphate synthase, putative 分子量: 43784.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア病原虫) 株: Salvador I / 遺伝子: PVX_092040 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5K4U6
#2: 化合物	ChemComp-HXK / 2-{[3-hydroxy-5-(octyloxy)benzyl]sulfanyl}benzoic acid / BPH-1182 分子量: 388.520 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₈O₄S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE AUTHORS STATE THAT THEY HAVE DETERMINED THE CONTENT OF THE GENE BY DNA SEQUENCING

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.57 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 200MM LISO4, 20% PEG3350, 100MM TRIS, PH 8.5, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月30日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 43920 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.561 / Rejects: 0 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LDW

3ldw

解像度: 2.7→31.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / SU B: 17.849 / SU ML: 0.364 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.443 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.296	2075	5.1 %	RANDOM
R_work	0.259	-	-	-
obs	0.261	38662	92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.19 Å² / B_iso mean: 47.09 Å² / B_iso min: 6.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0 Å²	-0.21 Å²
2-	-	0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→31.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10497	0	113	161	10771
B_iso mean	-	-	53.3	32.84	-
残基数	-	-	-	-	1315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	10816
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.407	1.964	14635
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.706	5	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.845	24.94	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.512	15	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.561	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8038
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.928	1.5	6517
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.95	2	10423
X-RAY DIFFRACTION	MAIN-CHAIN ANGLE OTHER ATOMS (A**2)
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.005	3	4299
X-RAY DIFFRACTION	SIDE-CHAIN BOND OTHER ATOMS (A**2)
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.307	4.5	4212
X-RAY DIFFRACTION	SIDE-CHAIN ANGLE OTHER ATOMS (A**2)
X-RAY DIFFRACTION	LONG RANGE B REFINED ATOMS (A**2)
X-RAY DIFFRACTION	LONG RANGE B OTHER ATOMS (A**2)
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	1200	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
B	1200	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
C	1200	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
D	1200	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
A	1164	LOOSE POSITIONAL	0.07	5
B	1164	LOOSE POSITIONAL	0.05	5
C	1164	LOOSE POSITIONAL	0.06	5
D	1164	LOOSE POSITIONAL	0.05	5
A	1200	TIGHT THERMAL	0.13	0.5
B	1200	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
C	1200	TIGHT THERMAL	0.12	0.5
D	1200	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
A	1164	LOOSE THERMAL	0.14	10
B	1164	LOOSE THERMAL	0.1	10
C	1164	LOOSE THERMAL	0.12	10
D	1164	LOOSE THERMAL	0.11	10

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.359	155	-
R_work	0.316	2346	-
all	-	2501	-
obs	-	-	76.58 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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