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- PDB-5hmq: xylose isomerase-like TIM barrel/4-hydroxyphenylpyruvate dioxygen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hmq
タイトルxylose isomerase-like TIM barrel/4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase fusion protein
要素4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
キーワードLYASE / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / Xylose isomerase-like TIM barrel / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


shikimate catabolic process / 3-dehydroshikimate dehydratase / 3-dehydroshikimate dehydratase activity / 3,4-dihydroxybenzoate biosynthetic process / quinate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
3-dehydroshikimate dehydratase / : / Hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, HPPD, N-terminal / : / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, N-terminal / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain ...3-dehydroshikimate dehydratase / : / Hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, HPPD, N-terminal / : / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, N-terminal / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Xylose isomerase-like superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-dehydroshikimate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.371 Å
データ登録者Peek, J. / Christendat, D.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a putative xylose isomerase-like TIM barrel/4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase fusion protein from Pseudomonas putida at 2.4 Angstroms resolution.
著者: Peek, J. / Christendat, D.
履歴
登録2016年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
B: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
C: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
D: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
E: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
F: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)426,93918
ポリマ－426,6486
非ポリマー29212
水19,5281084
1
A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
C: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,3136
ポリマ－142,2162
非ポリマー974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7000 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area48010 Å2
手法PISA
2
B: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
F: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,3136
ポリマ－142,2162
非ポリマー974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7100 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area47970 Å2
手法PISA
3
D: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
E: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,3136
ポリマ－142,2162
非ポリマー974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7090 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area47810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)262.503, 262.503, 139.644
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質
4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 3-dehydroshikimate dehydratase


分子量: 71107.961 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440 / 遺伝子: quiC, PP_2554 / 詳細 (発現宿主): pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q88JU3, 3-dehydroshikimate dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1084 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 Tris pH 7.5, 0.1 M LiSO4, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97936 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月17日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97936 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→39.18 Å / Num. obs: 220967 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 18.83
反射 シェル解像度: 2.37→2.46 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.371→40.44 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2293 21648 4.96 %
Rwork0.2041 --
obs0.2054 436379 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.371→40.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29102 0 12 1084 30198
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00429739
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74440275
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.02717689
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0524353
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045376
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3711-2.3980.33757260.310713848X-RAY DIFFRACTION100
2.398-2.42630.31427640.304813791X-RAY DIFFRACTION100
2.4263-2.45580.32868080.300513778X-RAY DIFFRACTION100
2.4558-2.48690.337140.288213784X-RAY DIFFRACTION100
2.4869-2.51960.28437200.282613871X-RAY DIFFRACTION100
2.5196-2.55410.30246180.277413894X-RAY DIFFRACTION100
2.5541-2.59060.28437370.264613832X-RAY DIFFRACTION100
2.5906-2.62930.28737060.263613832X-RAY DIFFRACTION100
2.6293-2.67040.31596520.265513783X-RAY DIFFRACTION100
2.6704-2.71410.29187380.269113839X-RAY DIFFRACTION100
2.7141-2.76090.28686480.262113908X-RAY DIFFRACTION100
2.7609-2.81110.29026780.250913909X-RAY DIFFRACTION100
2.8111-2.86520.26547480.240313750X-RAY DIFFRACTION100
2.8652-2.92360.27918340.237613747X-RAY DIFFRACTION100
2.9236-2.98720.25367340.233713780X-RAY DIFFRACTION100
2.9872-3.05670.26427140.237813853X-RAY DIFFRACTION100
3.0567-3.13310.25667720.235313793X-RAY DIFFRACTION100
3.1331-3.21780.2597700.227913763X-RAY DIFFRACTION100
3.2178-3.31240.27267260.227613831X-RAY DIFFRACTION100
3.3124-3.41930.25876660.217813929X-RAY DIFFRACTION100
3.4193-3.54140.23726440.209113855X-RAY DIFFRACTION100
3.5414-3.68310.21677500.199613793X-RAY DIFFRACTION100
3.6831-3.85060.20627080.18713795X-RAY DIFFRACTION100
3.8506-4.05340.19727370.174513824X-RAY DIFFRACTION100
4.0534-4.30710.18887160.165313880X-RAY DIFFRACTION100
4.3071-4.63920.19617300.160613787X-RAY DIFFRACTION100
4.6392-5.10530.17748040.160813730X-RAY DIFFRACTION100
5.1053-5.84210.19736740.177913891X-RAY DIFFRACTION100
5.8421-7.35330.21056940.181713847X-RAY DIFFRACTION100
7.3533-40.44620.17067180.154213814X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 110.3502 Å / Origin y: 133.5949 Å / Origin z: 59.1206 Å
111213212223313233
T0.3365 Å20.0456 Å2-0.0492 Å2-0.2895 Å20.0145 Å2--0.3538 Å2
L0.0693 °20.0317 °2-0.0499 °2--0.001 °2-0.0277 °2--0.206 °2
S-0.0321 Å °-0.0117 Å °-0 Å °-0.0015 Å °0.0055 Å °-0.0079 Å °-0.0057 Å °0.0183 Å °0.0278 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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