PDB-5hmq: xylose isomerase-like TIM barrel/4-hydroxyphenylpyruvate dioxygen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hmq

タイトル

xylose isomerase-like TIM barrel/4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase fusion protein

要素

4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

キーワード

LYASE / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / Xylose isomerase-like TIM barrel / OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

shikimate catabolic process / 3-dehydroshikimate dehydratase / 3-dehydroshikimate dehydratase activity / 3,4-dihydroxybenzoate biosynthetic process / quinate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.371 Å

データ登録者

Peek, J. / Christendat, D.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a putative xylose isomerase-like TIM barrel/4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase fusion protein from Pseudomonas putida at 2.4 Angstroms resolution.
著者: Peek, J. / Christendat, D.

履歴

登録	2016年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hmq.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hmq.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hmq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hmq_validation.pdf.gz	479 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hmq_full_validation.pdf.gz	507.7 KB	表示
XML形式データ	5hmq_validation.xml.gz	131.3 KB	表示
CIF形式データ	5hmq_validation.cif.gz	183.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/5hmq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/5hmq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2po4-d 1ofd-2 1ofe-1 4ff1-1 6co1-d 3c46-2 1ea0-2 3rmb-2 1ofd-1 4c75-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

B: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

C: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

D: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

E: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

F: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

ヘテロ分子

427 kDa, 6 ポリマー
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1

A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

C: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
142 kDa, 2 ポリマー
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2

B: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

F: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
142 kDa, 2 ポリマー
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3

D: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

E: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
142 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	262.503, 262.503, 139.644
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 3-dehydroshikimate dehydratase 分子量: 71107.961 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440 / 遺伝子: quiC, PP_2554 / 詳細 (発現宿主): pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q88JU3, 3-dehydroshikimate dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1084 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.22 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 Tris pH 7.5, 0.1 M LiSO4, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97936 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月17日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97936 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→39.18 Å / Num. obs: 220967 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.054 / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 18.83
反射シェル	解像度: 2.37→2.46 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.371→40.44 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2293	21648	4.96 %
R_work	0.2041	-	-
obs	0.2054	436379	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.371→40.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29102	0	12	1084	30198

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	29739
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.744	40275
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.027	17689
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	4353
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	5376

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3711-2.398	0.3375	726	0.3107	13848	X-RAY DIFFRACTION	100
2.398-2.4263	0.3142	764	0.3048	13791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4263-2.4558	0.3286	808	0.3005	13778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4558-2.4869	0.33	714	0.2882	13784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4869-2.5196	0.2843	720	0.2826	13871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5196-2.5541	0.3024	618	0.2774	13894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5541-2.5906	0.2843	737	0.2646	13832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5906-2.6293	0.2873	706	0.2636	13832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6293-2.6704	0.3159	652	0.2655	13783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6704-2.7141	0.2918	738	0.2691	13839	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7141-2.7609	0.2868	648	0.2621	13908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7609-2.8111	0.2902	678	0.2509	13909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8111-2.8652	0.2654	748	0.2403	13750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8652-2.9236	0.2791	834	0.2376	13747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9236-2.9872	0.2536	734	0.2337	13780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9872-3.0567	0.2642	714	0.2378	13853	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0567-3.1331	0.2566	772	0.2353	13793	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1331-3.2178	0.259	770	0.2279	13763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2178-3.3124	0.2726	726	0.2276	13831	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3124-3.4193	0.2587	666	0.2178	13929	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4193-3.5414	0.2372	644	0.2091	13855	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5414-3.6831	0.2167	750	0.1996	13793	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6831-3.8506	0.2062	708	0.187	13795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8506-4.0534	0.1972	737	0.1745	13824	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0534-4.3071	0.1888	716	0.1653	13880	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3071-4.6392	0.1961	730	0.1606	13787	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6392-5.1053	0.1774	804	0.1608	13730	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1053-5.8421	0.1973	674	0.1779	13891	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8421-7.3533	0.2105	694	0.1817	13847	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3533-40.4462	0.1706	718	0.1542	13814	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 110.3502 Å / Origin y: 133.5949 Å / Origin z: 59.1206 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3365 Å²	0.0456 Å²	-0.0492 Å²	-	0.2895 Å²	0.0145 Å²	-	-	0.3538 Å²
L	0.0693 °²	0.0317 °²	-0.0499 °²	-	-0.001 °²	-0.0277 °²	-	-	0.206 °²
S	-0.0321 Å °	-0.0117 Å °	-0 Å °	-0.0015 Å °	0.0055 Å °	-0.0079 Å °	-0.0057 Å °	0.0183 Å °	0.0278 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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