PDB-5hlm: Crystal structure of avidin complex with a ferrocene biotin derivative

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hlm

タイトル

Crystal structure of avidin complex with a ferrocene biotin derivative

要素

Avidin

キーワード

BIOTIN-BINDING PROTEIN / glycoprotein / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / antibacterial humoral response / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Strzelczyk, P. / Bujacz, G.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Chempluschem / 年: 2016
タイトル: Ferrocene-Biotin Conjugates: Synthesis, Structure, Cytotoxic Activity and Interaction with Avidin
著者: Blauz, A. / Rychlik, B. / Makal, A. / Szulc, K. / Strzelczyk, P. / Bujacz, G. / Zakrzewski, J. / Wozniak, K. / Plazuk, D.

履歴

登録	2016年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hlm.cif.gz	200.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hlm.ent.gz	162.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hlm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hlm_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hlm_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	5hlm_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	5hlm_validation.cif.gz	26.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/5hlm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/5hlm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vgwS 1vyo 4i60 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3mm0-3 1y53-1 3mm0-4 6llx-d 3mm0-1 2fhn-1 3vgw-1 1gti-3 1ldo-1 2uyw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Avidin

B: Avidin

C: Avidin

D: Avidin

ヘテロ分子

60 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.200, 74.910, 76.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.17, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 123 / Label seq-ID: 3 - 123

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質

Avidin

分子量: 14361.149 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P02701

#2: 化合物

ChemComp-B9F / [(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl]{(1,2,3,4,5-eta)-1-[1-hydroxy-5-(2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentyl]cyclopentadienyl}iron

分子量: 414.343 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₆FeN₂O₂S

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.32 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M potassium thiocyanate, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5 and 22% w/v polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.07106 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07106 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 14959 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 2.93 % / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 12.57
反射シェル	冗長度: 2.53 % / R_merge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 2.86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VGW

3vgw

解像度: 2.5→37.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 28.308 / SU ML: 0.306 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.344 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25354	749	5 %	RANDOM
R_work	0.2018	-	-	-
obs	0.20444	14210	91.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.478 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.23 Å²	-0 Å²	-5.3 Å²
2-	-	1.62 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→37.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3620	0	160	36	3816

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	3898
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.02	3609
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.026	1.863	5225
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.792	3	8288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.637	5	451
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.971	24.037	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.81	15	635
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.159	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	605
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4259
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	955
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.784	2.619	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.784	2.619	1833
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.058	3.912	2275
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.058	3.913	2276
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.663	3.198	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.663	3.2	2065
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.35	4.562	2951
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.85	21.257	3919
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.849	21.27	3920
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11326	0.1
1	2	B	11326	0.1
2	1	A	11798	0.11
2	2	C	11798	0.11
3	1	A	11866	0.1
3	2	D	11866	0.1
4	1	B	11098	0.1
4	2	C	11098	0.1
5	1	B	11306	0.08
5	2	D	11306	0.08
6	1	C	12046	0.11
6	2	D	12046	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	57	-
R_work	0.327	1061	-
obs	-	-	93.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7276	0.0804	-1.7412	4.9051	-1.2352	6.2714	-0.0676	-0.9587	0.2025	0.7531	0.07	-0.044	-0.2355	-0.5545	-0.0024	0.3569	0.0827	0.0775	0.5783	-0.0311	0.0404	-2.081	41.255	33.628
2	3.0109	0.72	1.8634	7.751	0.8274	4.3403	-0.1688	-0.49	0.4465	-0.1419	-0.0754	0.2467	-0.5934	-0.5088	0.2442	0.3525	0.2053	0.0731	0.3717	-0.045	0.1293	-4.483	52.108	21.386
3	4.2741	-0.4354	2.1203	4.5846	0.6257	8.6516	0.1873	0.2514	-0.008	-0.502	0.0726	-0.1584	0.1809	0.0785	-0.2599	0.2437	-0.0312	0.1823	0.0876	-0.0241	0.1775	6.616	33.624	5.106
4	4.7916	-1.6679	1.0041	6.982	0.003	4.701	0.2252	-0.2973	-0.4159	0.2008	0.0272	-0.2592	0.6705	-0.0768	-0.2524	0.3382	-0.1092	0.0535	0.1687	0.0259	0.2079	1.183	22.38	15.481

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 46
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	47 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	96 - 123
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 46
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	47 - 95
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	96 - 123
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 46
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	47 - 95
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	96 - 123
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 46
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	47 - 95
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	96 - 123

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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