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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hkg
タイトルTotal chemical synthesis, refolding and crystallographic structure of a fully active immunophilin: calstabin 2 (FKBP12.6).
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B
キーワードISOMERASE / Synthetic protein / Refolding / immunophilin
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of sequestering of calcium ion / negative regulation of calcium-mediated signaling / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / neuronal action potential propagation / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / response to redox state / 'de novo' protein folding / negative regulation of heart rate / FK506 binding ...positive regulation of sequestering of calcium ion / negative regulation of calcium-mediated signaling / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / neuronal action potential propagation / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / response to redox state / 'de novo' protein folding / negative regulation of heart rate / FK506 binding / smooth muscle contraction / T cell proliferation / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / calcium channel inhibitor activity / Ion homeostasis / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / release of sequestered calcium ion into cytosol / calcium channel complex / sarcoplasmic reticulum membrane / protein maturation / peptidylprolyl isomerase / calcium channel regulator activity / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / Stimuli-sensing channels / calcium-mediated signaling / Z disc / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein refolding / transmembrane transporter binding / signaling receptor binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #40 / : / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RAPAMYCIN IMMUNOSUPPRESSANT DRUG / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Sirigu, S. / Huet, T. / Bacchi, M. / Jullian, M. / Fould, B. / Ferry, G. / Vuillard, L. / Chavas, L. / Puget, K. / Nosjean, O. / Boutin, J.A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016
タイトル: Total chemical synthesis, refolding, and crystallographic structure of fully active immunophilin calstabin 2 (FKBP12.6).
著者: Bacchi, M. / Jullian, M. / Sirigu, S. / Fould, B. / Huet, T. / Bruyand, L. / Antoine, M. / Vuillard, L. / Ronga, L. / Chavas, L.M. / Nosjean, O. / Ferry, G. / Puget, K. / Boutin, J.A.
履歴
登録2016年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月30日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9369
ポリマ－11,6671
非ポリマー1,2698
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area6180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.200, 48.610, 53.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B / PPIase FKBP1B / 12.6 kDa FK506-binding protein / FKBP-12.6 / FK506-binding protein 1B / FKBP-1B / ...PPIase FKBP1B / 12.6 kDa FK506-binding protein / FKBP-12.6 / FK506-binding protein 1B / FKBP-1B / Immunophilin FKBP12.6 / Rotamase / h-FKBP-12


分子量: 11667.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1B, FKBP12.6, FKBP1L, FKBP9, OTK4 / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P68106, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-RAP / RAPAMYCIN IMMUNOSUPPRESSANT DRUG


分子量: 914.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H79NO13 / コメント: 免疫抑制剤, 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 16 % PEG 8K, 10% Glycerol, 500 mM KCl, 100 mM Hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 19433 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.6 % / Biso Wilson estimate: 18.26 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 28.08
反射 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 5.25 % / Rsym value: 0.141 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1C9H

1c9h


解像度: 1.5→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9619 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9508 / SU R Cruickshank DPI: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.076 / SU Rfree Blow DPI: 0.073 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.068
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1936 967 5 %RANDOM
Rwork0.1723 ---
obs0.1733 19339 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2273 Å20 Å20 Å2
2--0.6733 Å20 Å2
3----1.9006 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.167 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数818 0 84 147 1049
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01948HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.191283HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d374SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes21HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes145HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it948HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.39
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.93
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion131SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1231SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2222 139 5.01 %
Rwork0.1712 2638 -
all0.1736 2777 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.3976 Å / Origin y: -1.8703 Å / Origin z: -8.3455 Å
111213212223313233
T-0.0405 Å2-0.0029 Å2-0.0053 Å2--0.0284 Å20.0023 Å2---0.0312 Å2
L1.2929 °2-0.5441 °2-0.5416 °2-1.2501 °20.5095 °2--1.6738 °2
S-0.0501 Å °-0.1122 Å °-0.0293 Å °0.007 Å °0.0477 Å °0.021 Å °0.0389 Å °-0.0368 Å °0.0024 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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