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- PDB-5hk0: Crystal structure of M. tuberculosis MazF-mt3 (Rv1991c) in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hk0
タイトルCrystal structure of M. tuberculosis MazF-mt3 (Rv1991c) in complex with RNA
要素
  • Endoribonuclease MazF6
  • RNA (5'-R(*AP*GP*UP*C)-D(P*U)-R(P*CP*CP*UP*UP*UP*C)-3')
キーワードhydrolase/rna / toxin-antitoxin system / MazF / hydrolase-rna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation by symbiont of host process / positive regulation of growth / negative regulation of growth / rRNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity / RNA endonuclease activity / DNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #110 / mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Endoribonuclease MazF6
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Yen, T.J. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of M. tuberculosis MazF-mt3 (Rv1991c) in complex with RNA
著者: Yen, T.J. / Brennan, R.G.
履歴
登録2016年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease MazF6
B: Endoribonuclease MazF6
C: Endoribonuclease MazF6
D: Endoribonuclease MazF6
E: RNA (5'-R(*AP*GP*UP*C)-D(P*U)-R(P*CP*CP*UP*UP*UP*C)-3')
F: RNA (5'-R(*AP*GP*UP*C)-D(P*U)-R(P*CP*CP*UP*UP*UP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8316
ポリマ－55,8316
非ポリマー00
水3,099172
1
A: Endoribonuclease MazF6
B: Endoribonuclease MazF6
E: RNA (5'-R(*AP*GP*UP*C)-D(P*U)-R(P*CP*CP*UP*UP*UP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9153
ポリマ－27,9153
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Endoribonuclease MazF6
D: Endoribonuclease MazF6
F: RNA (5'-R(*AP*GP*UP*C)-D(P*U)-R(P*CP*CP*UP*UP*UP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9153
ポリマ－27,9153
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.338, 68.338, 88.364
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
Endoribonuclease MazF6 / Toxin MazF6 / mRNA interferase MazF-mt3


分子量: 12275.140 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: mazF6, mazF-mt3, Rv1991c, MTCY39.28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WII3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*GP*UP*C)-D(P*U)-R(P*CP*CP*UP*UP*UP*C)-3')


分子量: 3365.011 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.8 M Ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 21890 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 1.019 / Net I/av σ(I): 19.525 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 61859
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.25-2.292.50.4310850.87895.9
2.29-2.332.70.4210770.8599.3
2.33-2.382.70.38411050.86299.6
2.38-2.422.80.32911060.86199.9
2.42-2.482.80.26910690.91100
2.48-2.532.80.24811170.923100
2.53-2.62.80.28910901.44199.9
2.6-2.672.80.21410940.998100
2.67-2.752.80.17310940.894100
2.75-2.832.80.13811180.967100
2.83-2.942.80.10810681.015100
2.94-3.052.90.08410991.074100
3.05-3.192.90.07111070.979100
3.19-3.362.90.05610881.067100
3.36-3.572.90.04310961.087100
3.57-3.852.90.0411021.025100
3.85-4.232.90.03111001.151100
4.23-4.852.90.02610891.16999.9
4.85-6.12.90.02710911.09399.6
6.1-502.90.02310951.06298.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: B. subtilis MazF

解像度: 2.25→49.173 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.31 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2568 1996 9.12 %
Rwork0.2121 19847 -
obs0.2156 21877 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.13 Å2 / Biso mean: 40.1914 Å2 / Biso min: 19.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→49.173 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3248 138 39 172 3597
Biso mean--44.34 40.15 -
残基数----431
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7214729
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027609
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004576
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5711284
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2513-2.30760.36351540.28341397155187
2.3076-2.370.39361420.28951437157991
2.37-2.43970.32681410.27981397153891
2.4397-2.51850.32691340.25681431156591
2.5185-2.60840.33931400.27041428156891
2.6084-2.71280.3381440.25771399154391
2.7128-2.83620.371380.2451439157791
2.8362-2.98570.28431480.23811387153590
2.9857-3.17260.27551310.22721437156892
3.1726-3.41740.26691400.20251453159391
3.4174-3.76090.25641480.19291387153590
3.7609-4.30420.21061390.17261430156991
4.3042-5.41940.16531480.16191402155090
5.4194-34.17290.2341440.20961423156791

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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