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- PDB-5hk3: Crystal structure of M. tuberculosis MazF-mt3 T52D-F62D mutant in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hk3
タイトルCrystal structure of M. tuberculosis MazF-mt3 T52D-F62D mutant in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*UP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*UP*C)-3')
  • Endoribonuclease MazF6
キーワードhydrolase/dna / Toxin-antitoxin system / MazF / hydrolase-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of growth / symbiont-mediated perturbation of host process / negative regulation of growth / rRNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity / RNA endonuclease activity / DNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #110 / mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Endoribonuclease MazF6
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Yen, T.J. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of M. tuberculosis MazF-mt3 T52D-F62D mutant in complex with DNA
著者: Yen, T.J. / Brennan, R.G.
履歴
登録2016年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease MazF6
B: Endoribonuclease MazF6
C: DNA (5'-D(*AP*GP*UP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*UP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7193
ポリマ－27,7193
非ポリマー00
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.311, 64.244, 73.915
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 2 - 114 / Label seq-ID: 2 - 114

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

-
要素

#1: タンパク質 Endoribonuclease MazF6 / Toxin MazF6 / mRNA interferase MazF-mt3


分子量: 12257.037 Da / 分子数: 2 / 変異: T52D, F62D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: mazF6, mazF-mt3, Rv1991c, MTCY39.28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WII3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*UP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*UP*C)-3')


分子量: 3205.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris 0.1 M Ammonium acetate 17% PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→50 Å / Num. obs: 32174 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 1.199 / Net I/av σ(I): 14.809 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 105841
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.56-1.592.60.40714050.7780.290.5030.68887.7
1.59-1.623.10.38415910.7740.2640.4690.68298.2
1.62-1.653.30.35116120.8370.2330.4230.679100
1.65-1.683.30.31916140.90.2080.3830.67499.9
1.68-1.723.40.26615900.9160.1720.3180.74100
1.72-1.763.40.22616180.9370.1450.270.81499.9
1.76-1.83.40.19716070.9570.1270.2350.84199.9
1.8-1.853.40.16116370.9680.1030.1920.901100
1.85-1.93.40.14616170.9770.0920.1731.00399.9
1.9-1.973.40.12416210.9780.0790.1481.147100
1.97-2.043.40.11416120.980.0720.1361.293100
2.04-2.123.40.10716210.9810.0670.1261.37499.9
2.12-2.213.50.10116350.9840.0640.121.48499.9
2.21-2.333.40.09216340.9840.0580.1091.488100
2.33-2.483.50.08816440.9830.0550.1041.47999.9
2.48-2.673.40.07916410.9830.050.0941.45499.8
2.67-2.943.40.08116590.9840.0510.0971.68599.8
2.94-3.363.30.07416620.9860.0480.0891.60499.7
3.36-4.2330.07416500.9870.0510.091.78898.1
4.23-502.60.07815040.9820.0570.0972.32283.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MazF-mt3

解像度: 1.56→26.526 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2069 1998 6.22 %
Rwork0.1915 30113 -
obs0.1926 32111 97.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.72 Å2 / Biso mean: 24.4332 Å2 / Biso min: 9.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.56→26.526 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1636 95 0 182 1913
Biso mean---36.8 -
残基数----221
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061762
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.072427
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006298
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.618652
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A847X-RAY DIFFRACTION10.539TORSIONAL
12B847X-RAY DIFFRACTION10.539TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5599-1.59890.26081250.21671881200686
1.5989-1.64210.25611410.209821392280100
1.6421-1.69050.25181460.192721802326100
1.6905-1.7450.23161410.189921452286100
1.745-1.80740.2091440.18921602304100
1.8074-1.87970.20341430.194121642307100
1.8797-1.96520.19051450.187621722317100
1.9652-2.06880.20311440.171921902334100
2.0688-2.19840.2141450.182521762321100
2.1984-2.3680.21791460.18122042350100
2.368-2.60610.19571450.186421852330100
2.6061-2.98280.22991470.19622172364100
2.9828-3.75630.18271480.18392231237999
3.7563-26.52990.20221380.20492069220788

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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