[日本語] English
万見
- PDB-5hjz: Structure of M. tuberculosis MazF-mt1 (Rv2801c) in complex with RNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hjz
タイトルStructure of M. tuberculosis MazF-mt1 (Rv2801c) in complex with RNA
要素
  • Endoribonuclease MazF9
  • RNA (5'-R(*CP*AP*UP*C)-D(P*U)-R(P*AP*CP*CP*UP*GP*A)-3')
キーワードhydrolase/rna / toxin-antitoxin system / MazF / hydrolase-rna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation by symbiont of host process / negative regulation of growth / rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding
類似検索 - 分子機能
mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Endoribonuclease MazF9
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.976 Å
データ登録者Yen, T.J. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of M. tuberculosis MazF-mt1 (Rv2801c) in complex with RNA
著者: Yen, T.J. / Brennan, R.G.
履歴
登録2016年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease MazF9
B: Endoribonuclease MazF9
C: RNA (5'-R(*CP*AP*UP*C)-D(P*U)-R(P*AP*CP*CP*UP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3653
ポリマ－29,3653
非ポリマー00
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.799, 68.542, 80.162
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Endoribonuclease MazF9 / Toxin MazF9 / mRNA interferase MazF-mt1


分子量: 12976.825 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: mazF9, mazF-mt1, Rv2801c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P71650, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*AP*UP*C)-D(P*U)-R(P*AP*CP*CP*UP*GP*A)-3')


分子量: 3411.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG1500, 0.1 M MMT buffer

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 15533 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 1.13 / Net I/av σ(I): 21.931 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 90794
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.98-2.015.40.4727740.9480.2220.5230.85299.5
2.01-2.055.60.4227340.9390.1940.4660.87699.9
2.05-2.095.80.3967560.9630.180.4360.849100
2.09-2.135.90.3397720.9620.1520.3720.889100
2.13-2.1860.287740.9780.1260.3080.928100
2.18-2.2360.2667390.9730.1190.2920.939100
2.23-2.2960.2357840.9740.1050.2571100
2.29-2.3560.2117530.9810.0950.2321.002100
2.35-2.4260.27690.9840.0890.220.987100
2.42-2.495.90.1737580.9870.0780.190.978100
2.49-2.5860.1627730.9850.0730.1781.038100
2.58-2.695.90.137650.9910.0580.1431.076100
2.69-2.815.90.1257830.990.0560.1381.123100
2.81-2.965.90.0987750.9940.0440.1071.184100
2.96-3.145.90.0867700.9950.0390.0941.318100
3.14-3.395.90.0797810.9950.0360.0871.601100
3.39-3.735.90.0687910.9970.0310.0741.931100
3.73-4.265.80.057970.9970.0230.0561.577100
4.26-5.375.80.0398060.9990.0180.0431.26100
5.37-505.40.0348790.9990.0160.0381.10299.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: B. subtilis MazF

解像度: 1.976→34.923 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2304 1548 10 %
Rwork0.2061 13930 -
obs0.2085 15478 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 60.96 Å2 / Biso mean: 25.3823 Å2 / Biso min: 11.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.976→34.923 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1751 82 0 150 1983
Biso mean---31.69 -
残基数----234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031857
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.622534
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.192712
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9763-2.04010.27071310.23161180131193
2.0401-2.1130.27631380.221612391377100
2.113-2.19760.26241370.211112441381100
2.1976-2.29760.20921410.209512651406100
2.2976-2.41870.29931380.203512371375100
2.4187-2.57020.22641410.220612641405100
2.5702-2.76860.24251410.211512701411100
2.7686-3.0470.24011400.217512651405100
3.047-3.48760.22761430.215712871430100
3.4876-4.39260.20411450.175912991444100
4.3926-34.92880.21061530.206513801533100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る