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- PDB-5hjq: Crystal structure of the TBC domain of Skywalker/TBC1D24 from Dro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hjq
タイトルCrystal structure of the TBC domain of Skywalker/TBC1D24 from Drosophila melanogaster in complex with inositol(1,4,5)triphosphate
要素LD10117p
キーワードSIGNALING PROTEIN / TBC / RabGAP
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of synaptic vesicle recycling / synaptic vesicle recycling via endosome / synaptic vesicle endosomal processing / vesicle-mediated transport in synapse / negative regulation of neurotransmitter secretion / neuromuscular synaptic transmission / GTPase activator activity / neuromuscular junction / terminal bouton / neuron projection development ...negative regulation of synaptic vesicle recycling / synaptic vesicle recycling via endosome / synaptic vesicle endosomal processing / vesicle-mediated transport in synapse / negative regulation of neurotransmitter secretion / neuromuscular synaptic transmission / GTPase activator activity / neuromuscular junction / terminal bouton / neuron projection development / synaptic vesicle membrane / chemical synaptic transmission / endosome membrane / postsynapse / lipid binding / synapse / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TLDc domain / TLDc domain / TLDc domain profile. / domain in TBC and LysM domain containing proteins / Domain in Tre-2, BUB2p, and Cdc16p. Probable Rab-GAPs. / Rab-GTPase-TBC domain / Rab-GTPase-TBC domain superfamily / Rab-GTPase-TBC domain / TBC/rab GAP domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / GTPase-activating protein skywalker
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fischer, B. / Paesmans, J. / Versees, W.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Skywalker-TBC1D24 has a lipid-binding pocket mutated in epilepsy and required for synaptic function.
著者: Fischer, B. / Luthy, K. / Paesmans, J. / De Koninck, C. / Maes, I. / Swerts, J. / Kuenen, S. / Uytterhoeven, V. / Verstreken, P. / Versees, W.
履歴
登録2016年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22016年11月16日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Advisory / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LD10117p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5172
ポリマ－43,0971
非ポリマー4201
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area450 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area14080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.720, 87.720, 97.097
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 LD10117p / Skywalker / isoform A / isoform B / isoform H


分子量: 43096.793 Da / 分子数: 1 / 断片: TBC domain, residues 1-353 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Contains a N-terminal His-Tag
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: sky, CG9339, Dmel_CG9339 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9VIH7
#2: 化合物 ChemComp-I3P / D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / イノシト-ル1,4,5-トリスりん酸


分子量: 420.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15O15P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 1500, sucinate/phosphate/glycine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→39.23 Å / Num. obs: 17353 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 18.18
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.802

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HJN

5hjn


解像度: 2.3→39.23 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 36.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2572 858 4.99 %
Rwork0.23 --
obs0.2314 17209 98.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2308 0 24 30 2362
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042394
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8063254
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.848878
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029363
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004399
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2987-2.44270.34211360.31192574X-RAY DIFFRACTION96
2.4427-2.63120.3331390.28712661X-RAY DIFFRACTION98
2.6312-2.8960.34221370.28192677X-RAY DIFFRACTION98
2.896-3.31480.34131440.2672723X-RAY DIFFRACTION99
3.3148-4.17560.23011470.21972789X-RAY DIFFRACTION100
4.1756-39.23530.21971550.1992927X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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