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Yorodumi- PDB-4r86: Crystal Structure of Aminoglycoside/Multidrug Efflux System AcrD ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4r86 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Aminoglycoside/Multidrug Efflux System AcrD from Salmonella typhimurium | ||||||
Components | RND family aminoglycoside/multidrug efflux pump | ||||||
Keywords | PROTEIN TRANSPORT / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta fold | ||||||
Function / homology | Function and homology information xenobiotic transport / efflux transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.001 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of Aminoglycoside/Multidrug Efflux System AcrD from Salmonella typhimurium Authors: Kim, Y. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4r86.cif.gz | 230.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4r86.ent.gz | 195.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4r86.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/4r86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/4r86 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33111.418 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: AcrD domain of UNP residues 35-334 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) Strain: LT2 / Gene: acrD, STM2481 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)gold / References: UniProt: Q8ZN77 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 47.1 % w/v PEG 1000, 150 mM Tris pH 8.0, 30 mM Potassium Bromide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97931 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 19, 2012 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97931 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. all: 14557 / Num. obs: 14557 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 10.6 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.07 Å / Redundancy: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 875 / Rsym value: 0.775 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.001→45.584 Å / Isotropic thermal model: mixed / Cross valid method: throughoout / σ(F): 0 / Phase error: 22.68 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.001→45.584 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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