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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hjf | ||||||
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Title | The apo form of Dps4 from Nostoc punctiforme | ||||||
![]() | Ferritin, Dps family protein | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / ferredoxin / oxidative stress | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Howe, C. / Moparthi, V.K. / Persson, K. / Stensjo, K. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: On the trail of iron and zinc bindning to Dps4 from N. punctiforme Authors: Howe, C. / Moparthi, V.K. / Persson, K. / Stensjo, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 421 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 352.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 20948.359 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: S2A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.93 % / Description: Long rod-like crystals |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 25% SOKALAN HP 66, 0.1 M HEPES pH 7.0 and 0.2 M NaOAc |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 12, 2014 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.984002 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.59→48.75 Å / Num. obs: 115112 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 18.18 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 19.6 / Num. measured all: 1174206 / Scaling rejects: 56 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 110.08 Å2 / Biso mean: 23.258 Å2 / Biso min: 11.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.59→48.107 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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