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- PDB-5hj9: Crystal structure of Leishmania mexicana arginase in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hj9
タイトルCrystal structure of Leishmania mexicana arginase in complex with inhibitor ABHPE
要素Arginase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / manganese ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ureohydrolase domain / Arginase / Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Arginase; Chain A / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-X7A / Arginase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Hai, Y. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM 49758 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of Leishmania mexicana arginase complexed with alpha , alpha-disubstituted boronic amino-acid inhibitors.
著者: Hai, Y. / Christianson, D.W.
履歴
登録2016年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.journal_abbrev ..._chem_comp.name / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_audit_support / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,12211
ポリマ－36,0341
非ポリマー1,08810
水3,603200
1
A: Arginase
ヘテロ分子

A: Arginase
ヘテロ分子

A: Arginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,36733
ポリマ－108,1033
非ポリマー3,26330
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.092, 89.092, 113.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Arginase


分子量: 36034.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
遺伝子: ARG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6TUJ5, arginase

-
非ポリマー , 7種, 210分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-X7A / [(5R)-5-amino-5-carboxy-7-(piperidin-1-yl)heptyl](trihydroxy)borate(1-)


分子量: 303.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H28BN2O5
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.92 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月24日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→50 Å / Num. obs: 86060 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 29.3
反射 シェル最高解像度: 1.28 Å / 冗長度: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC1/2: 0.51 / Rpim(I) all: 0.509 / Rsym value: 1.202 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.3_1479精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4ITY

4ity


解像度: 1.28→36.529 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.85 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1594 4338 5.04 %
Rwork0.1457 --
obs0.1507 86034 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.28→36.529 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2357 0 63 200 2620
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012541
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3023455
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4978
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005440
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2805-1.30250.36451850.3963756X-RAY DIFFRACTION87
1.3025-1.32620.29962060.35554036X-RAY DIFFRACTION93
1.3262-1.35170.30852330.30094063X-RAY DIFFRACTION95
1.3517-1.37920.27732130.26034083X-RAY DIFFRACTION95
1.3792-1.40920.25282280.23524124X-RAY DIFFRACTION95
1.4092-1.44190.23722330.22754118X-RAY DIFFRACTION95
1.4419-1.47790.22842270.21764042X-RAY DIFFRACTION95
1.4779-1.51780.24061880.20434171X-RAY DIFFRACTION96
1.5178-1.56240.21271530.20014129X-RAY DIFFRACTION96
1.5624-1.61270.20472080.20094132X-RAY DIFFRACTION95
1.6127-1.67020.2261780.1944151X-RAY DIFFRACTION96
1.6702-1.73690.2262210.19374115X-RAY DIFFRACTION95
1.7369-1.81570.20182000.19384121X-RAY DIFFRACTION95
1.8157-1.91110.17551900.18244113X-RAY DIFFRACTION96
1.9111-2.03040.17562130.17514156X-RAY DIFFRACTION95
2.0304-2.18640.17212570.16054047X-RAY DIFFRACTION94
2.1864-2.40490.15412020.15274109X-RAY DIFFRACTION95
2.4049-2.74970.15282710.14534056X-RAY DIFFRACTION94
2.7497-3.45190.1243080.11874020X-RAY DIFFRACTION93
3.4519-12.41870.12382150.07754062X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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