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- PDB-5hj8: Bacterial sodium channel neck 3G mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hj8
タイトルBacterial sodium channel neck 3G mutant
要素Ion transport protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Voltage gated sodium channel
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Helix Hairpins - #70 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Alkalilimnicola ehrlichii (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Rohaim, A. / Minor, D.L.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Unfolding of a Temperature-Sensitive Domain Controls Voltage-Gated Channel Activation.
著者: Arrigoni, C. / Rohaim, A. / Shaya, D. / Findeisen, F. / Stein, R.A. / Nurva, S.R. / Mishra, S. / Mchaourab, H.S. / Minor, D.L.
履歴
登録2016年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
C: Ion transport protein
D: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3175
ポリマ－69,2774
非ポリマー401
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10370 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area23990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.310, 153.350, 165.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALAA153 - 27817 - 142
21VALVALBB153 - 27817 - 142
12ARGARGAA153 - 28317 - 147
22ARGARGCC153 - 28317 - 147
13ARGARGAA153 - 28317 - 147
23ARGARGDD153 - 28317 - 147
14VALVALBB150 - 27814 - 142
24VALVALCC150 - 27814 - 142
15VALVALBB150 - 27814 - 142
25VALVALDD150 - 27814 - 142
16GLYGLYCC150 - 28614 - 150
26GLYGLYDD150 - 28614 - 150

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Ion transport protein / sodium channel


分子量: 17319.223 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 143-288 / 変異: A112G, E113G, D114G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alkalilimnicola ehrlichii (紅色硫黄細菌)
遺伝子: Mlg_0322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0ABW0
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: 30% PEG400, 20 mM MES, pH 5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 190 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月12日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→50 Å / Num. obs: 19966 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Net I/σ(I): 8.91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: PDB entry 4LTO

4lto


解像度: 3.7→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 120.236 / SU ML: 0.697 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.194 / ESU R Free: 0.527 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30409 958 5.1 %RANDOM
Rwork0.27844 ---
obs0.2798 17894 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 299.182 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.76 Å20 Å20 Å2
2---4.75 Å20 Å2
3---13.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3739 0 1 3 3743
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.023830
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0110.023586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4291.9455222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.80538131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6315481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.02522.955132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.4415562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.144159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2630
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02913
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.41622.5941957
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.41222.5951956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it14.14733.8462427
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other14.14533.8462428
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.24122.8221873
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.23922.8221874
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other12.75734.0292796
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined29.3394999
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other29.3365000
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A62300.09
12B62300.09
21A63150.09
22C63150.09
31A62410.09
32D62410.09
41B61170.1
42C61170.1
51B61110.11
52D61110.11
61C63090.1
62D63090.1
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.515 56 -
Rwork0.485 1274 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.81571.30050.92662.10821.49311.0780.2468-0.2997-0.00780.3144-0.2767-0.05430.0692-0.30880.02991.86750.0567-0.41951.3899-0.39810.2033166.134523.3616203.4326
20.9961.37071.88841.95172.6933.9837-0.15360.12260.16710.02980.1820.1436-0.16240.4183-0.02841.1268-0.0348-0.26541.1455-0.33230.4935176.559422.427188.0258
31.43520.40940.43560.1360.10380.1625-0.2437-0.1556-0.00810.02270.1326-0.0572-0.3075-0.10490.11121.8625-0.119-0.28471.3467-0.3590.1576168.085237.388182.3811
43.86293.95963.56314.06913.64883.4050.2906-0.2848-0.1220.3559-0.223-0.18280.305-0.1599-0.06761.34750.0225-0.38050.9041-0.49850.5622156.633537.388196.1567
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A150 - 284
2X-RAY DIFFRACTION2B150 - 279
3X-RAY DIFFRACTION3C150 - 286
4X-RAY DIFFRACTION4D150 - 286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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