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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hk6 | ||||||
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Title | Bacterial sodium channel neck 3G mutant, SAD | ||||||
![]() | Ion transport protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Bacterial voltage gated sodium channel | ||||||
Function / homology | ![]() voltage-gated sodium channel complex / membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel activity / identical protein binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rohaim, A. / Minor, D.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Unfolding of a Temperature-Sensitive Domain Controls Voltage-Gated Channel Activation. Authors: Arrigoni, C. / Rohaim, A. / Shaya, D. / Findeisen, F. / Stein, R.A. / Nurva, S.R. / Mishra, S. / Mchaourab, H.S. / Minor, D.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 203 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 173.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 453.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 465.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 26.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 17600.592 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 143-288 / Mutation: A112G, E113G, D114G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 6.44 Å3/Da / Density % sol: 80.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.6 / Details: 30% PEG400, 100 mM MES, pH 6.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 190 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 13, 2014 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 5.5→50 Å / Num. all: 5848 / Num. obs: 5848 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 280.736 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 5.5→15 Å
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Refine LS restraints |
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