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万見
- PDB-5hj7: Glutamate Racemase Mycobacterium tuberculosis (MurI) with bound D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hj7
タイトルGlutamate Racemase Mycobacterium tuberculosis (MurI) with bound D-glutamate, 2.3 Angstrom resolution, X-ray diffraction
要素Glutamate racemase
キーワードISOMERASE / glutamate racemase tuberculosis drug design dimer kinetics
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) inhibitor activity / glutamate racemase / glutamate racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glutamate racemase / Asp/Glu racemase, active site 2 / Asp/Glu racemase, active site 1 / Aspartate and glutamate racemases signature 1. / Aspartate and glutamate racemases signature 2. / Rossmann fold - #1860 / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / Rossmann fold ...Glutamate racemase / Asp/Glu racemase, active site 2 / Asp/Glu racemase, active site 1 / Aspartate and glutamate racemases signature 1. / Aspartate and glutamate racemases signature 2. / Rossmann fold - #1860 / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-GLUTAMIC ACID / Glutamate racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Poen, S. / Nakatani, Y. / Krause, K.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
University of OtagoDoctoral Scholarship ニュージーランド
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2016
タイトル: Exploring the structure of glutamate racemase from Mycobacterium tuberculosis as a template for anti-mycobacterial drug discovery.
著者: Poen, S. / Nakatani, Y. / Opel-Reading, H.K. / Lasse, M. / Dobson, R.C. / Krause, K.L.
履歴
登録2016年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate racemase
B: Glutamate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0904
ポリマ－57,7962
非ポリマー2942
水5,585310
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.796, 95.796, 61.736
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Glutamate racemase


分子量: 28897.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: murI, Rv1338, MTCY02B10.02, MTCY130.23 / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WPW9, glutamate racemase
#2: 化合物 ChemComp-DGL / D-GLUTAMIC ACID / D-グルタミン酸


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C5H9NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: needle shape
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 10,000, 0.1 M HEPES / PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Ambient temp details: cryocooling stream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→42.8 Å / Num. obs: 24018 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→42.8 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 19.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2075 1220 5.08 %Random selection
Rwork0.1541 ---
obs0.1569 24014 95.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3824 0 20 310 4154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073906
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8675330
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3532360
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053644
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006706
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.39210.23381290.16812434X-RAY DIFFRACTION93
2.3921-2.50090.24361140.17312443X-RAY DIFFRACTION93
2.5009-2.63280.24531310.17232465X-RAY DIFFRACTION94
2.6328-2.79770.28151250.17052509X-RAY DIFFRACTION95
2.7977-3.01370.20711450.16892517X-RAY DIFFRACTION96
3.0137-3.31680.24861420.17012539X-RAY DIFFRACTION97
3.3168-3.79650.18781490.14052590X-RAY DIFFRACTION98
3.7965-4.78220.15621480.12662598X-RAY DIFFRACTION98
4.7822-42.84870.17661370.14632699X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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