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- PDB-5hj1: Crystal structure of PDZ domain of pullulanase C protein of type ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hj1
タイトルCrystal structure of PDZ domain of pullulanase C protein of type II secretion system from Klebsiella pneumoniae in complex with fatty acid
要素Pullulanase C protein
キーワードHYDROLASE / GspC protein / Structural Genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性PDZ domain / Pdz3 Domain / Roll / Mainly Beta / VACCENIC ACID / :
機能・相同性情報
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae NTUH-K2044 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of PDZ domain of pullulanase C protein of type II secretion system from Klebsiella pneumoniae in complex with fatty acid
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2016年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pullulanase C protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7122
ポリマ－11,4301
非ポリマー2821
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.636, 47.636, 93.202
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Pullulanase C protein


分子量: 11429.631 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain (UNP residues 181-280) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae NTUH-K2044 (肺炎桿菌)
遺伝子: YP_002917874 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: A0A0M1T516
#2: 化合物 ChemComp-VCA / VACCENIC ACID / (11E)-OCTADEC-11-ENOIC ACID / cis-バクセン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細The ligand was identified based on the electron density maps and was not originally present in ...The ligand was identified based on the electron density maps and was not originally present in protein solution or crystallization conditions. Based on the results described by R. Mejia, et al., 1999 authors concluded that vaccenic acid is likely to bind to a protein.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.04 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4 M Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月14日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 17852 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 27.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 87.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 28.3 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BLU-MAXデータ収集
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
Cootモデル構築
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→42.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.181 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The ligand was identified based on the electron density maps and was not originally present in protein solution or crystallization ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The ligand was identified based on the electron density maps and was not originally present in protein solution or crystallization conditions. Based on the results described by R. Mejia, et al., 1999 authors concluded that vaccenic acid is likely to bind to a protein.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22231 848 4.8 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.1934 16907 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→42.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数759 0 20 78 857
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.019837
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1562.0241129
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02931961
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6045105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.90424.7540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.89815145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.795158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0240.021966
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0190.02186
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2061.989411
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1961.987410
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3762.971519
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3732.972520
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7992.539426
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7972.541427
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3753.627611
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.4219.808898
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.4189.818899
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.502→1.541 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 58 -
Rwork0.204 1229 -
obs--99.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.4067-4.1647-2.19654.4491-0.34771.25330.1475-0.2225-0.0074-0.1951-0.0973-0.0706-0.05180.1328-0.05030.1553-0.00290.07580.04560.04690.134917.737521.378629.7917
25.34380.0698-3.90160.55471.12737.5050.09460.07150.3301-0.104-0.02190.1516-0.2494-0.0976-0.07270.11510.0206-0.02560.02510.02970.11759.621527.891333.0124
32.6349-0.1916-0.9580.88130.21292.7533-0.03410.2398-0.03940.0118-0.0103-0.0114-0.0408-0.05190.04440.0065-0.0067-0.00070.0438-0.02190.049311.502412.390935.9484
47.8689-1.40691.93927.8646-1.22962.82560.03930.98750.5105-0.4034-0.1034-0.63710.2160.01720.06410.05120.02790.03630.2950.07620.102412.817914.010821.3478
50.5318-0.2043-0.76078.72716.23015.19990.10110.20350.17430.00220.1949-0.2099-0.1331-0.0785-0.2960.03960.0324-0.00450.11450.09050.14915.655923.592224.3739
66.417-3.49910.96123.9405-0.57022.4254-0.03260.4789-0.24010.0007-0.10050.18210.0049-0.11330.13310.0068-0.02090.00750.1089-0.02750.08242.918310.855733.9825
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A181 - 187
2X-RAY DIFFRACTION2A188 - 192
3X-RAY DIFFRACTION3A193 - 241
4X-RAY DIFFRACTION4A242 - 251
5X-RAY DIFFRACTION5A252 - 257
6X-RAY DIFFRACTION6A258 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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