PDB-5hj0: Crystal Structure of Mis18 'Yippee-like' Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hj0

タイトル

Crystal Structure of Mis18 'Yippee-like' Domain

要素

Kinetochore protein mis18

キーワード

LIGASE / Centromere / Mis18

機能・相同性

機能・相同性情報

CENP-A recruiting complex / CENP-A containing chromatin assembly / chromosome, centromeric region / chromosome segregation / kinetochore / cell division / chromatin / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.64 Å

データ登録者

Medina-Pritchard, B. / Subramanian, L. / Allshire, R. / Arockia Jeyaprakash, A.

資金援助

英国, 4件

引用

ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2016
タイトル: Centromere localization and function of Mis18 requires Yippee-like domain-mediated oligomerization.
著者: Subramanian, L. / Medina-Pritchard, B. / Barton, R. / Spiller, F. / Kulasegaran-Shylini, R. / Radaviciute, G. / Allshire, R.C. / Arockia Jeyaprakash, A.

履歴

登録	2016年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月4日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hj0.cif.gz	135.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hj0.ent.gz	106.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hj0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/5hj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/5hj0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5j6p-1 5j6p-2 6i5a-d 4err-d 6r7m-d 1r8i-d 3j06-d 4nkh-5 5lys-1 6sag-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kinetochore protein mis18

B: Kinetochore protein mis18

C: Kinetochore protein mis18

ヘテロ分子

41.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Kinetochore protein mis18

B: Kinetochore protein mis18

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Kinetochore protein mis18

ヘテロ分子

C: Kinetochore protein mis18

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.069, 121.069, 73.211
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	151
Space group name H-M	P3₁12

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 19 - 118 / Label seq-ID: 19 - 118

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	B	B
2	3	C	C

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Kinetochore protein mis18 分子量: 13799.396 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: mis18, SPCC970.12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P802
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.13 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Diffraction quality crystals were obtained using well buffer containing 0.2 M Ammonium chloride/formate/acetate/phosphate and 20% PEG 3350 (with the measured pH of the solution in the range ...詳細: Diffraction quality crystals were obtained using well buffer containing 0.2 M Ammonium chloride/formate/acetate/phosphate and 20% PEG 3350 (with the measured pH of the solution in the range of 6.2 to 8). 15-20 mg/ml protein sample was mixed with the well buffer in a 1:1 ratio. PH範囲: 6.2 - 8

結晶

マシュー密度: 3.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.13 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Diffraction quality crystals were obtained using well buffer containing 0.2 M Ammonium chloride/formate/acetate/phosphate and 20% PEG 3350 (with the measured pH of the solution in the range ...
PH範囲: 6.2 - 8

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Diamond	I03	1	1.2825
シンクロトロン	Diamond	I03	2	0.9763

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS3 6M	1	PIXEL	2014年1月21日
DECTRIS PILATUS3 6M	2	PIXEL	2014年5月29日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.2825	1
2	0.9763	1

反射

解像度: 3.9→47 Å / Num. obs: 5669 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 9.9 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 15.3

反射シェル

解像度: 3.9→4 Å / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
xia2		データ削減
SCALA		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.64→39.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 29.772 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.261 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2603	970	5.4 %	RANDOM
R_work	0.21955	-	-	-
obs	0.22176	17128	99.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 96.108 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.36 Å²	1.18 Å²	0 Å²
2-	-	2.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.64→39.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2361	0	3	10	2374

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.02	2416
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.753	1.946	3266
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.014	5	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.345	24.786	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.336	15	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.59	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	365
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.052	6.321	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.516	9.483	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.095	6.42	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.525	52.695	3470
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	258	0.03
1	2	B	258	0.03
2	1	A	274	0.1
2	2	C	274	0.1
3	1	B	274	0.06
3	2	C	274	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.64→2.708 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	69	-
R_work	0.343	1250	-
obs	-	-	99.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6968	-0.6625	0.1289	3.5315	-1.7635	4.6613	-0.1882	-0.0477	-0.2309	-0.066	-0.0541	0.1626	0.4764	-0.0875	0.2424	0.2892	-0.0384	0.098	0.257	0.055	0.1047	21.7257	-4.3707	81.5389
2	3.1499	-0.767	-1.6047	0.7244	0.1656	5.7436	0.0071	0.0241	0.1669	-0.2426	-0.2495	-0.282	0.0481	0.3259	0.2424	0.317	0.0608	0.1325	0.3364	0.1096	0.1313	36.0118	7.8444	56.0777
3	2.4119	0.4331	-2.8353	3.3714	0.7111	4.8939	0.0635	0.1916	0.1854	-0.0079	0.0663	0.092	-0.518	-0.4235	-0.1298	0.719	0.114	0.3099	0.6078	0.0504	0.2225	50.913	13.3845	24.7615

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	19 - 1001
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	19 - 1001
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	19 - 1001

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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