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万見
- PDB-5hir: SOLUTION STRUCTURE OF RECOMBINANT HIRUDIN AND THE LYS-47 (RIGHT A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hir
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF RECOMBINANT HIRUDIN AND THE LYS-47 (RIGHT ARROW) GLU MUTANT. A NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING STUDY
要素HIRUDIN VARIANT-1
キーワードCOAGULATION INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of serine-type peptidase activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Thrombin Inhibitor (Hirudin); Chain I / Thrombin Inhibitor (Hirudin), subunit I / Thrombin inhibitor hirudin / Hirudin / Proteinase inhibitor I14, hirudin / Hirudin/antistatin / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Hirudo medicinalis (医用ビル)
手法溶液NMR
データ登録者Clore, G.M. / Gronenborn, A.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Solution structure of recombinant hirudin and the Lys-47----Glu mutant: a nuclear magnetic resonance and hybrid distance geometry-dynamical simulated annealing study.
著者: Folkers, P.J. / Clore, G.M. / Driscoll, P.C. / Dodt, J. / Kohler, S. / Gronenborn, A.M.
履歴
登録1990年1月9日処理サイト: BNL
改定 1.01990年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf
Item: _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIRUDIN VARIANT-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9741
ポリマ－6,9741
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 HIRUDIN VARIANT-1


分子量: 6973.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hirudo medicinalis (医用ビル) / 参照: UniProt: P01050

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: THE METHOD USED TO DETERMINE AND REFINE THE STRUCTURE IS THE HYBRID METRIC MATRIX DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING METHOD (M.NILGES, G.M.CLORE, A.M. GRONENBORN, FEBS LETT. 229, ...詳細: THE METHOD USED TO DETERMINE AND REFINE THE STRUCTURE IS THE HYBRID METRIC MATRIX DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING METHOD (M.NILGES, G.M.CLORE, A.M. GRONENBORN, FEBS LETT. 229, 317-324 (1988)) USING THE PROGRAM XPLOR (A.T. BRUENGER, YALE UNIVERSITY, CT 06511). STRUCTURAL STATISTICS RMS DEVIATION FROM EXPERIMENTAL RESTRAINTS *(1)* RESTRAINT TYPE NUMBER OF RESTRAINTS RMS (ANGSTROMS) ALL 701 0.075 INTERRESIDUE SHORT RANGE 242 0.094 INTERRESIDUE LONG RANGE 208 0.057 INTRARESIDUE 235 0.067 HBOND *(2)* 16 0.052 POTENTIAL ENERGY TERMS TYPE ENERGY (KCAL/MOL) F(NOE) *(3)* 196 F(TOR) *(4)* 14 F(REPEL) *(5)* 45 LENNARD-JONES VAN DER WAALS ENERGY (E(L-J)) CALCULATED USING THE *CHARMM* EMPIRICAL ENERGY FUNCTION IS -73 KCAL/MOL. DEVIATIONS FROM IDEALIZED GEOMETRY *(6)* TYPE TOTAL NUMBER RMS DEVIATION BONDS 676 0.012 (ANGSTROMS) ANGLES 1223 1.814 (DEGREES) IMPROPERS 131 0.597 (DEGREES) NOTES. *(1)* THE RMS DEVIATION FROM THE EXPERIMENTAL RESTRAINTS ARE CALCULATED WITH RESPECT TO THE UPPER AND LOWER LIMITS OF THE DISTANCE RESTRAINTS. NONE OF THE STRUCTURES EXHIBITED VIOLATIONS GREATER THAN 0.5 ANGSTROMS. *(2)* FOR EACH BACKBONE HYDROGEN BOND THERE ARE TWO RESTRAINTS - R(NH-O) .LT. 2.3 ANGSTROMS AND R(N-O) .LT. 3.3 ANGSTROMS. THE LOWER LIMITS ARE GIVEN BY THE SUM OF THE VAN DER WAALS RADII OF THE RELEVANT ATOMS. *(3)* THE VALUES OF THE SQUARE-WELL NOE POTENTIAL F(NOE) ARE CALCULATED WITH A FORCE CONSTANT OF 50 KCAL/MOL/ANGSTROM**2. *(4)* THE VALUES OF F(PHI) ARE CALCULATED WITH A FORCE CONSTANT OF 200 KCAL/MOL/RAD**2. F(PHI) IS A SQUARE-WELL DIHEDRAL POTENTIAL WHICH IS USED TO RESTRICT THE RANGES OF 33 PHI ,24 PSI AND 25 CHI1 TORSION ANGLES. *(5)* THE VALUE OF THE VAN DER WAALS REPULSION TERM F(REPEL) IS CALCULATED WITH A FORCE CONSTANT OF 4 KCAL/MOL/ANGSTROM**4 WITH THE HARD SPHERE VAN DER WAALS RADII SET TO 0.8 TIMES THE STANDARD VALUES USED IN THE *CHARMM* EMPIRICAL ENERGY FUNCTION. *(6)* THE IMPROPER TERMS SERVE TO MAINTAIN PLANARITY AND APPROPRIATE CHIRALITY. THEY ALSO MAINTAIN THE PEPTIDE BONDS OF ALL RESIDUES (WITH THE EXCEPTION OF PROLINES) IN THE TRANS CONFORMATION. IN THE DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING CALCULATIONS, THE RESTRAINTS FOR THE DISULFIDE BRIDGES ARE INCLUDED IN THE BOND AND ANGLE TERMS. A TOTAL OF 32 STRUCTURES CONSISTENT WITH THE NMR DATA WERE CALCULATED. THIS ENTRY REPRESENTS THE COORDINATES OBTAINED BY AVERAGING THE COORDINATES OF THE INDIVIDUAL STRUCTURES AND SUBJECTING THE RESULTING COORDINATES TO FURTHER RESTRAINED MINIMIZATION. THE COORDINATES OF THE 32 STRUCTURES ARE GIVEN IN THE PROTEIN DATA BANK ENTRY *2HIR*. THE THERMAL PARAMETERS GIVEN IN THIS ENTRY REPRESENT THE ATOMIC RMS DEVIATION OF THE INDIVIDUAL STRUCTURES ABOUT THE MEAN COORDINATE POSITIONS. ONLY RESIDUES 1-49 ARE WELL DEFINED. RESIDUES 50-65 FORM A DISORDERED C-TERMINAL TAIL.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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