[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5hip: Crystal Structure of PQS Response Protein PqsE in Complex with 2-... -
+
Open data
-
Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5hip | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of PQS Response Protein PqsE in Complex with 2-(pyridin-3-yl)benzoic acid | ||||||
Components | PqsE | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / quorum sensing / pqs / pqsE / inhibitor / pseudomonas | ||||||
| Function / homology | Function and homology information2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase / secondary metabolite biosynthetic process / hydrolase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.992 Å | ||||||
Authors | Witzgall, F. / Blankenfeldt, W. | ||||||
Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2016Title: Dissecting the Multiple Roles of PqsE in Pseudomonas aeruginosa Virulence by Discovery of Small Tool Compounds. Authors: Zender, M. / Witzgall, F. / Drees, S.L. / Weidel, E. / Maurer, C.K. / Fetzner, S. / Blankenfeldt, W. / Empting, M. / Hartmann, R.W. | ||||||
| History |
|
-
Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
|---|
-
Downloads & links
-
Download
| PDBx/mmCIF format | 5hip.cif.gz | 195.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5hip.ent.gz | 155.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5hip.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5hip_validation.pdf.gz | 438 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5hip_full_validation.pdf.gz | 439.3 KB | Display | |
| Data in XML | 5hip_validation.xml.gz | 14.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 5hip_validation.cif.gz | 21.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/5hip ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/5hip | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5hioC ![]() 5hiqC ![]() 5hisC ![]() 2q0iS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
| Deposited unit | ![]()
| ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||
| Unit cell |
|
-
Components
| #1: Protein | Mass: 34545.492 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Gene: PA1000 / Production host: ![]() | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| #2: Chemical | | #3: Chemical | ChemComp-61O / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.5 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 100 mM HEPES, 200 mM MgCl2, 31% PEG400 / PH range: 7.5-8.0 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 28, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.99→49.961 Å / Num. obs: 22719 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 19.3 % / Biso Wilson estimate: 34.34 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 20.8 / Num. measured all: 439051 / Scaling rejects: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-
Processing
| Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESISStarting model: 2Q0I Resolution: 1.992→49.961 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.05 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 140.57 Å2 / Biso mean: 45.7383 Å2 / Biso min: 21.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.992→49.961 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Citation













PDBj





