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- PDB-5hi3: Binding site elucidation and structure guided design of macrocycl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hi3
タイトルBinding site elucidation and structure guided design of macrocyclic IL-17A antagonists
要素
  • (CAT-2000 FAB ...) x 2
  • Interleukin-17A
  • synthetic IL-17A peptide inhibitor
キーワードIMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / IL-17A / psoriasis / MD simulation / sulfonyl fluoride / inhibitor / macrocycle / IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / interleukin-17A-mediated signaling pathway / cell death / negative regulation of inflammatory response to wounding / intestinal epithelial structure maintenance / positive regulation of interleukin-23 production / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production ...positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / interleukin-17A-mediated signaling pathway / cell death / negative regulation of inflammatory response to wounding / intestinal epithelial structure maintenance / positive regulation of interleukin-23 production / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway / positive regulation of bicellular tight junction assembly / fibroblast activation / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / keratinocyte proliferation / cellular response to interleukin-1 / defense response to fungus / keratinocyte differentiation / Notch signaling pathway / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-1 beta production / cytokine activity / response to wounding / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell-cell signaling / gene expression / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / immune response / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / innate immune response / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-17, chordata / Interleukin-17 family / Interleukin-17 / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-63O / Interleukin-17A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Liu, S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Binding site elucidation and structure guided design of macrocyclic IL-17A antagonists.
著者: Liu, S. / Dakin, L.A. / Xing, L. / Withka, J.M. / Sahasrabudhe, P.V. / Li, W. / Banker, M.E. / Balbo, P. / Shanker, S. / Chrunyk, B.A. / Guo, Z. / Chen, J.M. / Young, J.A. / Bai, G. / Starr, ...著者: Liu, S. / Dakin, L.A. / Xing, L. / Withka, J.M. / Sahasrabudhe, P.V. / Li, W. / Banker, M.E. / Balbo, P. / Shanker, S. / Chrunyk, B.A. / Guo, Z. / Chen, J.M. / Young, J.A. / Bai, G. / Starr, J.T. / Wright, S.W. / Bussenius, J. / Tan, S. / Gopalsamy, A. / Lefker, B.A. / Vincent, F. / Jones, L.H. / Xu, H. / Hoth, L.R. / Geoghegan, K.F. / Qiu, X. / Bunnage, M.E. / Thorarensen, A.
履歴
登録2016年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-17A
B: Interleukin-17A
C: CAT-2000 FAB heavy chain
D: CAT-2000 FAB light chain
H: CAT-2000 FAB heavy chain
I: synthetic IL-17A peptide inhibitor
L: CAT-2000 FAB light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,8678
ポリマ－128,2627
非ポリマー6051
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.110, 68.320, 100.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 CHDL

#2: 抗体 CAT-2000 FAB heavy chain


分子量: 25053.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 CAT-2000 FAB light chain


分子量: 23006.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABI

#1: タンパク質 Interleukin-17A / IL-17A / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 8 / CTLA-8


分子量: 15146.124 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL17A, CTLA8, IL17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16552
#4: タンパク質・ペプチド synthetic IL-17A peptide inhibitor


分子量: 1849.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 142分子

#5: 化合物 ChemComp-63O / N-(4-{2-[({1-[2-(dimethylamino)-2-oxoethyl]cyclopentyl}acetyl)amino]ethyl}phenyl)-2-fluoro-Nalpha-[(1-methyl-1H-pyrazol-5-yl)carbonyl]-L-phenylalaninamide


分子量: 604.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H41FN6O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 10% 2-propanol, 20-24% PEG 6K, 0.1 M sodium acetate pH=4.0-5.0
PH範囲: 4-5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→47.8 Å / Num. obs: 63945 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 37.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / % possible all: 74

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
autoPROCデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VXS

2vxs


解像度: 2.15→47.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9341 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9178 / SU R Cruickshank DPI: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.216 / SU Rfree Blow DPI: 0.177 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.183
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2311 3146 4.93 %RANDOM
Rwork0.1969 ---
obs0.1985 63751 94.55 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5882 Å20 Å2-3.5735 Å2
2---1.2146 Å20 Å2
3----0.3736 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.282 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→47.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8114 0 44 141 8299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018418HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1411490HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2761SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes165HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1279HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8418HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.65
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.14
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1113SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9020SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2537 157 4.35 %
Rwork0.2048 3454 -
all0.2069 3611 -
obs--72.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5649-0.1563-0.29111.4219-1.22673.0468-0.01860.046-0.3364-0.1382-0.0031-0.10230.8167-0.05750.02170.0506-0.04680.0769-0.2701-0.0952-0.174868.1648-40.1144-48.9687
22.9914-0.1732-1.08531.79460.08073.8325-0.06160.1014-0.4282-0.1198-0.0005-0.46850.47920.66620.0621-0.14950.03080.073-0.0984-0.0626-0.175774.6001-31.0675-42.1508
31.0470.3388-0.68270.7363-0.37790.8935-0.0013-0.14550.07360.1386-0.0596-0.0003-0.0131-0.02880.061-0.0647-0.0167-0.0039-0.0721-0.0343-0.031581.9317-23.4397-84.7967
41.02630.9867-0.9521.0347-1.63172.62970.2587-0.08670.29510.29910.0570.3074-0.3887-0.1903-0.3158-0.08610.02960.0808-0.1998-0.0549-0.042875.9102-7.1548-87.9151
51.05720.1207-1.01960.5965-0.24181.1449-0.0371-0.0131-0.0947-0.117-0.01670.10130.05140.07980.0538-0.0859-0.0106-0.0212-0.0798-0.02490.003250.4696-30.0596-8.1348
6-0.0215-1.70470.75031.6521.58760.0776-0.0054-0.1786-0.1187-0.0470.0001-0.04440.05250.13760.00530.18270.30720.1194-0.35160.07630.112876.7868-60.707-40.1914
70.6936-0.0197-0.80790.3855-0.02171.89640.03250.0690.0185-0.0130.008-0.0065-0.1391-0.1442-0.0405-0.08210.0115-0.0067-0.08420.0006-0.028140.7918-15.6048-9.7323
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ H|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ I|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ L|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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