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- PDB-5hhf: Crystal structure of Aspergillus fumigatus UDP-Galactopyranose mu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hhf
タイトルCrystal structure of Aspergillus fumigatus UDP-Galactopyranose mutase mutant H63A with covalent FAD-Galactopyranose and bound UDP
要素UDP-galactopyranose mutase
キーワードISOMERASE / NUCLEOTIDE BINDING / MUTASE / FLAVIN ADENINE DINUCLEOTIDE BINDING / covalent reaction intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
NAD(P)-binding Rossmann-like domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-62F / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / MESO-ERYTHRITOL / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-galactopyranose mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tanner, J.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM094469 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1506206 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: In Crystallo Capture of a Covalent Intermediate in the UDP-Galactopyranose Mutase Reaction.
著者: Mehra-Chaudhary, R. / Dai, Y. / Sobrado, P. / Tanner, J.J.
履歴
登録2016年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-galactopyranose mutase
B: UDP-galactopyranose mutase
C: UDP-galactopyranose mutase
D: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,97824
ポリマ－228,2464
非ポリマー5,73220
水13,331740
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8280 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area72450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)217.515, 217.515, 319.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 3:40 or (resid 41 and (name...
21(chain B and (resseq 3:59 or (resid 60 and (name...
31(chain C and (resseq 3:40 or (resid 41 and (name...
41(chain D and (resseq 3:59 or (resid 60 and (name...

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
UDP-galactopyranose mutase


分子量: 57061.422 Da / 分子数: 4 / 変異: H63A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (カビ) / 遺伝子: glf, glfA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4W1X2, UDP-galactopyranose mutase

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非ポリマー , 6種, 760分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-MRY / MESO-ERYTHRITOL / エリスリト-ル


分子量: 122.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O4
#4: 化合物 ChemComp-62F / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{S})-5-[5-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanyl)benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate


分子量: 949.706 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C33H45N9O20P2
#5: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#6: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 740 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細AUTHOR STATES THAT A429T IS AN UNINTENDED MUTATION ON THE SURFACE OF THE PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate at pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→61.61 Å / Num. obs: 196082 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.1 % / Biso Wilson estimate: 32.33 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.201 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 4132787
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.3-2.3420.51.4532.519656295800.8140.329100
12.6-61.6118.90.04438.52639114000.9990.0199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.9データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3uth

3uth


解像度: 2.3→61.61 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 20.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2134 3848 1.96 %
Rwork0.1845 192063 -
obs0.1851 195911 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.55 Å2 / Biso mean: 39.5653 Å2 / Biso min: 18.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→61.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15448 0 366 740 16554
Biso mean--54.07 38.78 -
残基数----2015
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00716210
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94522174
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0582453
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062849
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0099452
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8830X-RAY DIFFRACTION6.896TORSIONAL
12B8830X-RAY DIFFRACTION6.896TORSIONAL
13C8830X-RAY DIFFRACTION6.896TORSIONAL
14D8830X-RAY DIFFRACTION6.896TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3-2.32910.3521360.270470087144
2.3291-2.35980.26371270.261170477174
2.3598-2.39210.281300.254170027132
2.3921-2.42630.30951540.243370177171
2.4263-2.46250.25821330.233470467179
2.4625-2.5010.25411680.222870267194
2.501-2.5420.27961410.227770257166
2.542-2.58580.25991310.222370447175
2.5858-2.63280.25441430.219170627205
2.6328-2.68350.25551420.213670297171
2.6835-2.73820.26281420.215970367178
2.7382-2.79780.23861500.213470597209
2.7978-2.86290.27471470.205770887235
2.8629-2.93440.23441490.209570527201
2.9344-3.01380.23681500.201170747224
3.0138-3.10250.22451300.206270817211
3.1025-3.20260.24731400.213571037243
3.2026-3.31710.23821470.206870727219
3.3171-3.44990.20771470.196371297276
3.4499-3.60690.23691080.181471357243
3.6069-3.7970.19371350.16771477282
3.797-4.03480.17971490.156471747323
4.0348-4.34630.15671410.136971737314
4.3463-4.78350.14791420.124172067348
4.7835-5.47530.15811410.140372537394
5.4753-6.89690.21191550.170373317486
6.8969-61.63680.16541700.164376447814
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0535-0.0585-0.2770.04010.09310.3234-0.0140.23610.015-0.048-0.0263-0.11290.0226-0.0110.0350.21430.02790.05380.37120.02090.391271.635377.5921159.9478
20.4285-0.4114-0.01730.7889-0.08470.3965-0.0955-0.09080.03250.21540.05490.062-0.0059-0.02460.04270.28210.05320.02090.224-0.02990.287624.6036103.1147211.9352
31.04560.0102-0.08220.3218-0.02360.5721-0.0170.4285-0.2297-0.11080.04890.00460.09660.0426-0.0280.21980.0089-0.04070.4389-0.09630.312625.744367.7951150.1223
40.5335-0.4779-0.08860.94350.0850.5205-0.115-0.1604-0.16060.36230.13980.19030.0121-0.0512-0.0180.35150.08280.05080.26810.08910.310142.1359.6579222.1907
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and not (resname FDA)A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and not (resname FDA)B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and not (resname FDA)C0
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and not (resname FDA)D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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