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- PDB-5hhd: Crystal Structure of Chemically Synthesized Heterochiral {RFX037 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hhd
タイトルCrystal Structure of Chemically Synthesized Heterochiral {RFX037 plus VEGF-A} Protein Complex in space group P21
要素
  • D-Peptide RFX037.D
  • D-Vascular endothelial growth factor
  • L-Peptide RFX037.L
  • Vascular endothelial growth factor A
キーワードDE NOVO PROTEIN / HETEROCHIRAL PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / D-PROTEIN ANTAGONIST / GROWTH FACTOR-INHIBITOR COMPLEX / RACEMIC CRYSTALLOGRAPHY
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions ...basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / negative regulation of adherens junction organization / post-embryonic camera-type eye development / positive regulation of mast cell chemotaxis / lymph vessel morphogenesis / primitive erythrocyte differentiation / negative regulation of blood-brain barrier permeability / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / coronary vein morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / lymphangiogenesis / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / positive regulation of epithelial tube formation / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / motor neuron migration / positive regulation of trophoblast cell migration / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / endothelial cell chemotaxis / lung vasculature development / vascular wound healing / positive regulation of protein localization to early endosome / eye photoreceptor cell development / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / camera-type eye morphogenesis / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of protein autophosphorylation / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / neuropilin binding / induction of positive chemotaxis / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / positive regulation of vascular permeability / commissural neuron axon guidance / dopaminergic neuron differentiation / tube formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of blood vessel branching / platelet-derived growth factor receptor binding / surfactant homeostasis / retinal ganglion cell axon guidance / sprouting angiogenesis / cell migration involved in sprouting angiogenesis / extracellular matrix binding / endothelial cell proliferation / epithelial cell maturation / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of positive chemotaxis / cardiac muscle cell development / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / artery morphogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of fat cell differentiation / positive chemotaxis / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / mesoderm development / outflow tract morphogenesis / monocyte differentiation / fibronectin binding / positive regulation of cell division / positive regulation of receptor internalization / macrophage differentiation / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mammary gland alveolus development / positive regulation of focal adhesion assembly / neuroblast proliferation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / heart morphogenesis / vasculogenesis / cell maturation / ovarian follicle development / lactation / positive regulation of endothelial cell proliferation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / epithelial cell differentiation / extracellular matrix / homeostasis of number of cells within a tissue
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family ...Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / polypeptide(D) (> 100) / Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Uppalapati, M. / LEE, D.J. / Mandal, K. / Kent, S.B.H. / Sidhu, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)RR-15301 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: A Potent d-Protein Antagonist of VEGF-A is Nonimmunogenic, Metabolically Stable, and Longer-Circulating in Vivo.
著者: Uppalapati, M. / Lee, D.J. / Mandal, K. / Li, H. / Miranda, L.P. / Lowitz, J. / Kenney, J. / Adams, J.J. / Ault-Riche, D. / Kent, S.B. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2016年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vascular endothelial growth factor A
B: Vascular endothelial growth factor A
C: D-Peptide RFX037.D
D: D-Peptide RFX037.D
E: D-Vascular endothelial growth factor
F: D-Vascular endothelial growth factor
G: L-Peptide RFX037.L
H: L-Peptide RFX037.L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,49713
ポリマ－79,0238
非ポリマー4745
水6,179343
1
A: Vascular endothelial growth factor A
B: Vascular endothelial growth factor A
C: D-Peptide RFX037.D
D: D-Peptide RFX037.D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7897
ポリマ－39,5124
非ポリマー2763
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6170 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area17100 Å2
手法PISA
2
E: D-Vascular endothelial growth factor
F: D-Vascular endothelial growth factor
G: L-Peptide RFX037.L
H: L-Peptide RFX037.L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7086
ポリマ－39,5104
非ポリマー1982
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area16830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.290, 87.240, 81.344
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質 Vascular endothelial growth factor A / VEGF-A / Vascular permeability factor / VPF


分子量: 11948.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical Synthesis / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15692
#2: タンパク質 D-Peptide RFX037.D


分子量: 7807.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 D-Vascular endothelial growth factor


分子量: 11942.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: タンパク質 L-Peptide RFX037.L


分子量: 7812.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 348分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.58 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Proteins were dissolved in 0.01 M HEPES at pH 7.0 and crystallized against reservoir containing 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES (pH 7.0), 11% (v/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 43802 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 33.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 1.625 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HHC

5hhc


解像度: 2.1→49.62 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 2203 5.06 %
Rwork0.222 --
obs0.225 43521 98.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5088 0 31 343 5462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.067279
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5961977
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064779
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005954
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0993-2.14490.36971220.30862274X-RAY DIFFRACTION87
2.1449-2.19480.38071340.29082574X-RAY DIFFRACTION98
2.1948-2.24970.33511340.25932548X-RAY DIFFRACTION98
2.2497-2.31050.2961290.2442595X-RAY DIFFRACTION99
2.3105-2.37850.34161600.23422570X-RAY DIFFRACTION99
2.3785-2.45530.30881500.23212547X-RAY DIFFRACTION99
2.4553-2.5430.33311380.23612620X-RAY DIFFRACTION99
2.543-2.64490.27771240.23482605X-RAY DIFFRACTION99
2.6449-2.76520.31861440.23962589X-RAY DIFFRACTION99
2.7652-2.9110.34881320.24142606X-RAY DIFFRACTION99
2.911-3.09340.34361200.24732616X-RAY DIFFRACTION99
3.0934-3.33210.28971350.23262620X-RAY DIFFRACTION99
3.3321-3.66740.26691460.22932628X-RAY DIFFRACTION99
3.6674-4.19780.2571210.19082635X-RAY DIFFRACTION100
4.1978-5.28790.22421660.17012620X-RAY DIFFRACTION100
5.2879-49.63550.24551480.22012671X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0102-0.00010.00740.00280.00420.0073-0.2526-0.0658-0.07350.1960.0039-0.029-0.22530.21020.00030.3531-0.0026-0.00130.3094-0.00970.3653-23.343110.9035-0.3536
20.0398-0.09790.02790.2208-0.10760.1256-0.0097-0.0329-0.09810.2005-0.02450.0332-0.0825-0.01830.00350.3248-0.2008-0.03650.4593-0.01530.287-16.983320.5624-22.7612
30.0144-0.05430.02950.0147-0.05930.0478-0.29990.2835-0.0123-0.1590.01610.0948-0.1055-0.0329-0.00010.3963-0.12330.00480.3897-0.01110.3495-23.412913.7122-20.2944
40.0841-0.07990.12550.2203-0.17210.2756-0.125-0.01680.0780.12560.23770.09660.0629-0.34520.23860.0923-0.21760.04650.0752-0.06380.2713-35.433711.0859-6.0303
50.0751-0.05130.05240.0361-0.03480.0378-0.06480.04860.0692-0.0308-0.03130.0125-0.0104-0.0001-0.07120.4069-0.3389-0.02720.3466-0.02720.3566-30.9686.7741-25.1474
60.0050.00260.01080.0108-0.00150.011-0.0284-0.0102-0.190.12020.0409-0.00080.1149-0.04760.00010.39270.0640.00650.4248-0.02950.2566-25.49767.873520.0655
70.0068-0.0165-0.00930.03670.03120.0181-0.08760.0577-0.0459-0.0194-0.0711-0.00980.1595-0.00550.00010.3576-0.05440.03130.24350.05140.3071-10.50968.79-48.5194
80.1278-0.1515-0.09620.2010.02010.0796-0.132-0.1755-0.0429-0.04170.1614-0.00440.2505-0.1373-0.00850.3515-0.0647-0.01710.3920.0340.3296-4.6648-16.4566-18.5313
90.1796-0.1716-0.01860.1673-0.04350.26320.2745-0.0729-0.2933-0.0126-0.2820.0879-0.09720.3150.00330.3101-0.0429-0.01080.45310.03120.355213.7857-5.8504-29.3088
100.00780.010.00370.00960.00510.0040.0305-0.0366-0.023-0.0280.09740.1383-0.0554-0.04250.00010.2762-0.08880.04960.38020.18960.38912.758-1.0923-56.9129
110.02590.015-0.01070.00850.00080.0064-0.05330.0466-0.0341-0.0794-0.0690.0103-0.12710.0924-00.3965-0.1024-0.04460.5750.04550.38918.2896-0.1028-62.5049
120.01810.01370.02740.011-0.00360.06360.21120.0997-0.042-0.0838-0.02050.06630.35350.2422-00.37910.0234-0.04160.3510.00350.29017.2871-5.4334-52.1705
130.1607-0.06990.0220.03060.00090.12780.0615-0.00350.01910.00260.05030.0518-0.0814-0.06830.00770.2820.24460.0160.67110.06770.3472-2.80021.5215-51.1057
140.0226-0.0113-0.00390.03850.01980.0307-0.08020.04740.1101-0.0812-0.0329-0.0481-0.1156-0.0114-0.00010.5423-0.10310.06570.5844-0.01940.402-9.7262-2.49957.7437
150.00920.0031-0.00090.002-0.00180.001-0.0329-0.042-0.0580.09410.05250.0798-0.0260.00060.00010.658-0.07890.05880.5497-0.13440.3755-7.51570.941610.4063
160.0211-0.0164-0.0120.05030.05460.04320.02530.04990.04260.22570.22720.03010.14390.0489-0.00010.51040.0581-0.12010.7285-0.03070.4671-4.4247-6.2322.1907
170.0032-0.00750.00340.0131-0.00990.00780.04380.03910.0033-0.0469-0.00270.0065-0.0436-0.00270.00050.6380.1479-0.01020.33760.01930.3351-6.28715.3598-1.6295
180.006-0.0003-0.00080.02520.01470.05040.1561-0.1114-0.05080.02170.12090.0247-0.002-0.04360.07780.3257-0.22730.00580.4508-0.04230.3522-18.169821.0905-18.3772
190.06350.0007-0.06580.0127-0.01480.06170.1256-0.0458-0.080.1520.0063-0.0265-0.05190.11640.10570.2673-0.2739-0.0140.46850.0120.3093-12.173624.0697-20.952
200.04390.0159-0.00790.01310.00880.02320.0955-0.25360.00950.1006-0.1443-0.1347-0.0372-0.019-0.01750.3415-0.4134-0.04750.5010.03860.4145-12.449324.1891-28.2533
210.0123-0.0042-0.00250.0339-0.02610.0151-0.25810.16350.0836-0.11190.04450.0128-0.0372-0.03760.00010.3366-0.0514-0.05540.2693-0.04030.3562-29.344613.7075-8.9506
220.0355-0.00280.06190.0149-0.02730.1204-0.1145-0.0061-0.090.02470.0541-0.0467-0.09170.1346-00.42510.0096-0.00350.2512-0.02980.3423-25.064111.447412.1404
23-0.0015-0.0036-0.00010.07610.090.0899-0.0184-0.08840.0154-0.0247-0.21260.12050.0660.083900.3925-0.10590.08080.27330.00090.3827-14.875411.4389-41.396
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 10 THROUGH 19 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 39 THROUGH 52 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'B' AND (RESID 10 THROUGH 31 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 59 THROUGH 92 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 93 THROUGH 96 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'C' AND (RESID 10 THROUGH 24 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'D' AND (RESID 10 THROUGH 24 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'E' AND (RESID 51 THROUGH 85 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'F' AND (RESID 51 THROUGH 85 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'G' AND (RESID 10 THROUGH 15 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'G' AND (RESID 16 THROUGH 24 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'G' AND (RESID 30 THROUGH 54 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'G' AND (RESID 55 THROUGH 60 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'H' AND (RESID 10 THROUGH 19 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'H' AND (RESID 20 THROUGH 24 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'H' AND (RESID 30 THROUGH 54 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'H' AND (RESID 55 THROUGH 60 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'A' AND (RESID 20 THROUGH 31 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'A' AND (RESID 59 THROUGH 77 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'A' AND (RESID 78 THROUGH 96 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'B' AND (RESID 40 THROUGH 52 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'C' AND (RESID 30 THROUGH 60 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'D' AND (RESID 30 THROUGH 60 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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