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- PDB-5hgv: Structure of an O-GlcNAc transferase point mutant, D554N in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hgv
タイトルStructure of an O-GlcNAc transferase point mutant, D554N in complex with peptide
要素
  • TYR-PRO-GLY-GLY-SER-THR-PRO-VAL-SER-SER-ALA-ASN-MET-MET
  • UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit
キーワードTRANSFERASE/PEPTIDE / Point mutant / Glycosyltransferase / OGT / TRANSFERASE-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of non-canonical inflammasome complex assembly / protein N-acetylglucosaminyltransferase complex / protein O-acetylglucosaminyltransferase activity / RNA polymerase II C-terminal domain S5 O-GlcNAc transferase activity / RNA polymerase II C-terminal domain S7 O-GlcNAc transferase activity / regulation of insulin receptor signaling pathway / protein O-GlcNAc transferase / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / acetylglucosaminyltransferase activity / regulation of Rac protein signal transduction ...negative regulation of non-canonical inflammasome complex assembly / protein N-acetylglucosaminyltransferase complex / protein O-acetylglucosaminyltransferase activity / RNA polymerase II C-terminal domain S5 O-GlcNAc transferase activity / RNA polymerase II C-terminal domain S7 O-GlcNAc transferase activity / regulation of insulin receptor signaling pathway / protein O-GlcNAc transferase / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / acetylglucosaminyltransferase activity / regulation of Rac protein signal transduction / regulation of necroptotic process / negative regulation of stem cell population maintenance / protein O-linked glycosylation / NSL complex / regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / regulation of glycolytic process / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of gluconeogenesis / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Receptor Mediated Mitophagy / regulation of synapse assembly / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Synthesis of PC / Maturation of hRSV A proteins / Sin3-type complex / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / positive regulation of stem cell population maintenance / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / hemopoiesis / positive regulation of proteolysis / negative regulation of apoptotic signaling pathway / histone acetyltransferase complex / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of lipid biosynthetic process / mitophagy / : / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of TORC1 signaling / response to nutrient / negative regulation of cell migration / positive regulation of translation / Signal transduction by L1 / cell projection / response to insulin / Hsp90 protein binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression / mitochondrial membrane / cellular response to glucose stimulus / protein processing / PML body / chromatin DNA binding / Regulation of necroptotic cell death / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / positive regulation of protein catabolic process / kinase activity / UCH proteinases / KEAP1-NFE2L2 pathway / rhythmic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / double-strand break repair / chromatin organization / HATs acetylate histones / positive regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of cell growth / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / negative regulation of translation / protein stabilization / protein phosphorylation / protein serine kinase activity
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #150 / UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110kDa subunit / Rossmann fold - #11380 / O-GlcNAc transferase, C-terminal / Glycosyl transferase family 41 / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / TPR repeat / Tetratricopeptide repeat / Casein Kinase 2, subunit alpha / Tetratricopeptide repeat ...Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #150 / UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110kDa subunit / Rossmann fold - #11380 / O-GlcNAc transferase, C-terminal / Glycosyl transferase family 41 / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / TPR repeat / Tetratricopeptide repeat / Casein Kinase 2, subunit alpha / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Tetratricopeptide repeat / Glycogen Phosphorylase B; / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit / Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Janetzko, J. / Lazarus, M.B. / Walker, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094263 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: How the glycosyltransferase OGT catalyzes amide bond cleavage.
著者: Janetzko, J. / Trauger, S.A. / Lazarus, M.B. / Walker, S.
履歴
登録2016年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit
B: TYR-PRO-GLY-GLY-SER-THR-PRO-VAL-SER-SER-ALA-ASN-MET-MET
C: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit
D: TYR-PRO-GLY-GLY-SER-THR-PRO-VAL-SER-SER-ALA-ASN-MET-MET
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,68611
ポリマ－164,1484
非ポリマー1,5397
水13,908772
1
A: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit
B: TYR-PRO-GLY-GLY-SER-THR-PRO-VAL-SER-SER-ALA-ASN-MET-MET
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8916
ポリマ－82,0742
非ポリマー8174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area28780 Å2
手法PISA
2
C: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit
D: TYR-PRO-GLY-GLY-SER-THR-PRO-VAL-SER-SER-ALA-ASN-MET-MET
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,7955
ポリマ－82,0742
非ポリマー7213
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area27970 Å2
手法PISA
3
A: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit
B: TYR-PRO-GLY-GLY-SER-THR-PRO-VAL-SER-SER-ALA-ASN-MET-MET
ヘテロ分子

A: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit
B: TYR-PRO-GLY-GLY-SER-THR-PRO-VAL-SER-SER-ALA-ASN-MET-MET
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,78312
ポリマ－164,1484
非ポリマー1,6358
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area11420 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area52730 Å2
手法PISA
4
C: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit
D: TYR-PRO-GLY-GLY-SER-THR-PRO-VAL-SER-SER-ALA-ASN-MET-MET
ヘテロ分子

C: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit
D: TYR-PRO-GLY-GLY-SER-THR-PRO-VAL-SER-SER-ALA-ASN-MET-MET
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,59010
ポリマ－164,1484
非ポリマー1,4436
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area10980 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area51240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.350, 137.190, 153.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.050, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 6分子 ACBD

#1: タンパク質 UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit / O-GlcNAc transferase subunit p110 / O-linked N-acetylglucosamine transferase 110 kDa subunit / OGT


分子量: 80675.219 Da / 分子数: 2 / 変異: D554N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OGT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15294, protein O-GlcNAc transferase
#2: タンパク質・ペプチド TYR-PRO-GLY-GLY-SER-THR-PRO-VAL-SER-SER-ALA-ASN-MET-MET


分子量: 1398.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68400*PLUS
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 777分子

#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 772 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.6 M Lithium Sulfate, 0.1 M Bis Tris Propane pH 7.0
PH範囲: 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.09999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.09999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→40.93 Å / Num. obs: 117637 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.976 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 313938 / Scaling rejects: 140
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.05-2.092.30.3241.91233452710.5210.24386.3
11.23-40.933.20.07810.824937810.9890.04997.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA0.5.12データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
CBASSデータ収集
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PE4

3pe4


解像度: 2.05→40.925 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2374 5893 5.02 %
Rwork0.2172 111524 -
obs0.2182 117417 94.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.28 Å2 / Biso mean: 32.3017 Å2 / Biso min: 9.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→40.925 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11018 0 93 772 11883
Biso mean--21.8 33.6 -
残基数----1397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411462
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66115576
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451718
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8566983
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.07330.28611610.25493366352787
2.0733-2.09770.26691520.24173348350085
2.0977-2.12330.26061810.23093362354386
2.1233-2.15020.26751790.23013380355988
2.1502-2.17840.25041780.22583478365689
2.1784-2.20830.27441880.23183412360088
2.2083-2.23980.24281790.23543464364389
2.2398-2.27330.26292120.23263494370690
2.2733-2.30880.28141910.23723565375691
2.3088-2.34660.22511750.23113626380193
2.3466-2.38710.29611990.23563662386194
2.3871-2.43050.25352010.23733714391595
2.4305-2.47720.28172280.24423730395896
2.4772-2.52780.2521880.24333786397497
2.5278-2.58270.25392170.24183794401198
2.5827-2.64280.30571850.23693851403698
2.6428-2.70890.30871720.24943887405999
2.7089-2.78210.26731950.247138984093100
2.7821-2.8640.27031970.237539294126100
2.864-2.95640.23532160.22763890410699
2.9564-3.0620.23852150.22383836405199
3.062-3.18460.25841970.226339224119100
3.1846-3.32940.24382120.21413851406398
3.3294-3.50490.21072200.20263841406199
3.5049-3.72430.20292220.19183856407899
3.7243-4.01170.1881940.18133924411899
4.0117-4.41490.19932100.17473877408798
4.4149-5.05280.20591820.18443913409599
5.0528-6.36210.22082270.21893902412999
6.3621-40.93320.23342200.23423966418699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1007-0.94582.21044.19570.3192.6633-0.1882-0.39120.1665-0.89460.30041.020.0233-1.0527-0.15860.70150.0508-0.3380.70960.17630.6763-12.791835.6321-36.4893
21.34020.22650.61963.66150.10613.10570.02370.23670.0218-0.33090.06170.3921-0.0709-0.1291-0.09260.19030.0493-0.01090.36070.01120.2289-2.510135.9428-22.8402
33.69581.0313-3.75360.6758-0.57024.60230.13450.14570.2391-0.0159-0.01320.0482-0.2389-0.0749-0.1230.24920.05210.06240.18980.04550.2355-11.797547.8391-3.7452
44.84340.38211.17775.41040.54582.01330.09170.46220.2914-0.69040.08330.3435-0.2377-0.04-0.1660.33070.0885-0.02370.28030.04890.2689-28.135942.2839-6.7159
51.0547-0.22180.042.0648-0.23671.51820.08650.27520.022-0.567-0.06660.26510.1562-0.0985-0.01610.33530.0557-0.05510.2257-0.02150.1979-25.611916.4683-3.6429
67.0996-0.5336-0.70992.7426-1.6054.8387-0.2001-1.24510.51451.1157-0.4210.6303-0.3998-0.23550.56170.5780.05290.1050.4384-0.00890.2892-19.441923.379938.5965
70.10710.0961-0.06020.9875-0.82660.6931-0.199-0.4772-0.23551.00360.2280.73830.0688-0.28640.01180.48320.04590.16630.35940.0320.3062-18.802317.742938.7543
81.47670.57461.19790.37540.29241.1617-0.2797-0.47230.50360.33750.3771-0.4345-0.56130.20190.01281.0436-0.21560.01510.9304-0.39310.4491-11.34920.964645.7467
91.2508-0.6245-0.01612.2853-0.54671.03050.0457-0.15040.19240.24450.0095-0.0951-0.14140.0336-0.04170.169-0.00210.04980.1567-0.04340.1603-15.115733.038224.2474
100.1261-0.1120.15681.07250.69881.2910.0352-0.02070.04440.1393-0.03580.42030.0173-0.16260.02450.16950.0270.0750.1938-0.02150.2818-32.543827.865820.5533
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123.429-0.15791.96742.8229-0.9493.25280.3574-0.0565-0.2264-0.1375-0.163-0.480.34050.5879-0.17930.15730.06230.02360.2658-0.01720.1745-8.275827.888911.3
132.82160.50942.88595.3048-1.08153.45080.12010.99860.8955-0.7475-0.1086-0.9073-0.48930.82770.04830.35930.10420.09080.39490.08420.3627-17.06632.2079-4.3305
143.88141.74920.20152.1709-0.81751.2973-0.5076-0.07580.38190.51620.1982-1.1317-0.45080.30210.29580.52180.0088-0.3721.0345-0.18351.131837.6796-22.1541.2321
154.3192-0.1363-1.29794.819-0.87762.63080.0179-0.19060.03930.3283-0.2872-0.5941-0.17811.00440.31770.2992-0.0391-0.00250.54670.08930.250421.045-25.07060.4206
162.02340.7428-2.10330.842-0.13136.2899-0.1159-0.0282-0.1078-0.02420.0234-0.00740.25330.16590.09650.28490.06310.04780.19230.01040.19717.9193-36.37097.7204
172.88930.28021.62352.49660.92262.4834-0.1075-0.0838-0.18520.30920.027-0.38130.22980.20930.06290.27430.06310.03320.22610.07950.23216.1247-32.562825.4142
181.4648-0.05320.00372.0554-0.17121.0030.0067-0.08970.10210.1157-0.0525-0.5469-0.01750.24620.04610.1736-0.0036-0.01860.19210.03590.28936.3142-5.199924.8557
196.1216-0.4710.79924.3485-1.37958.11840.1647-0.7069-0.50140.1938-0.25981.31710.7368-1.00170.09690.3534-0.00860.17030.35230.00370.5549-36.2253-13.307824.2784
202.5702-1.2092-0.77673.38640.82411.19730.0227-0.33530.12740.81630.03610.6343-0.1143-0.4185-0.07360.31580.01680.1130.31580.02460.3641-36.2657-5.149622.5898
217.50851.66144.01412.3312-0.25969.3509-0.46670.7355-0.6906-0.41570.55531.17721.0433-1.0995-0.07860.5149-0.15150.06220.5855-0.07330.7456-41.9957-9.006819.5694
221.0581-0.75660.03422.7922-0.57481.2954-0.00460.0474-0.149-0.10280.01260.37660.1956-0.1828-0.02440.1645-0.03970.03630.1529-0.00680.1716-22.996-21.714117.4134
231.3679-0.59930.32291.9683-0.28380.75640.0546-0.1647-0.01160.3272-0.06220.06990.01490.05920.01520.2731-0.01810.04040.19850.03290.1615-12.1786-18.272932.5197
241.69910.5799-0.09831.7089-0.08740.54760.0118-0.3470.20120.534-0.0693-0.00530.08130.0534-0.02020.32570.00070.03020.20640.02040.116-10.3319-10.893537.3668
255.039-2.10813.75993.3124-0.8513.82160.25820.44620.3483-0.5885-0.16270.1256-0.0755-0.1034-0.130.2507-0.01110.03850.2640.04230.1334-10.5224-16.67889.3169
265.095-5.17971.55386.92120.08173.43950.02160.6113-0.581-1.1766-0.1335-0.58010.7260.91780.06950.38490.02060.13050.3359-0.00840.35.9507-21.02216.3292
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 314:339)A314 - 339
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 340:410)A340 - 410
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 411:474)A411 - 474
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 475:515)A475 - 515
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 516:705)A516 - 705
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 706:718)A706 - 718
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 719:766)A719 - 766
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 767:772)A767 - 772
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 773:917)A773 - 917
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 918:1004)A918 - 1004
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 1005:1028)A1005 - 1028
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 13:20)B13 - 20
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 21:26)B21 - 26
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 336:348)C336 - 348
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 349:408)C349 - 408
16X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 409:460)C409 - 460
17X-RAY DIFFRACTION17(chain C and resid 461:515)C461 - 515
18X-RAY DIFFRACTION18(chain C and resid 516:705)C516 - 705
19X-RAY DIFFRACTION19(chain C and resid 706:721)C706 - 721
20X-RAY DIFFRACTION20(chain C and resid 722:763)C722 - 763
21X-RAY DIFFRACTION21(chain C and resid 764:772)C764 - 772
22X-RAY DIFFRACTION22(chain C and resid 773:913)C773 - 913
23X-RAY DIFFRACTION23(chain C and resid 914:958)C914 - 958
24X-RAY DIFFRACTION24(chain C and resid 959:1028)C959 - 1028
25X-RAY DIFFRACTION25(chain D and resid 13:20)D13 - 20
26X-RAY DIFFRACTION26(chain D and resid 21:26)D21 - 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る