PDB-5heo: Pentameric ligand-gated ion channel ELIC mutant P254G

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5heo

タイトル

Pentameric ligand-gated ion channel ELIC mutant P254G

要素

Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Pentameric ligand-gated ion channels / Membrane protein / Ligand-gated ion channel

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Dickeya dadantii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Bertozzi, C. / Dutzler, R.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2016
タイトル: Signal Transduction at the Domain Interface of Prokaryotic Pentameric Ligand-Gated Ion Channels.
著者: Bertozzi, C. / Zimmermann, I. / Engeler, S. / Hilf, R.J. / Dutzler, R.

履歴

登録	2016年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月16日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5heo.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5heo_validation.pdf.gz	512.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5heo_full_validation.pdf.gz	564.4 KB	表示
XML形式データ	5heo_validation.xml.gz	102.7 KB	表示
CIF形式データ	5heo_validation.cif.gz	132.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/5heo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/5heo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5hegC 5hehC 5hejC 5heuC 5hewC 2yn6S 2vlo S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hej-1 5heu-2 5lid-2 3rqu-1 2yoe-2 3rqu-2 4twh-2 4a97-1 6hk0-1 2yoe-1 6v0b-d 3uq4-2 3uq7-1 3uq5-2 3uq4-1 4a98-1 5sxv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (5) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

B: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

C: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

D: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

E: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

F: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

G: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

H: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

I: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

J: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

368 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

B: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

C: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

D: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

E: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

ソフトウェアが定義した集合体
184 kDa, 5 ポリマー
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2

F: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

G: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

H: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

I: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

J: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	104.950, 266.570, 110.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.33, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1 分子量: 36838.938 Da / 分子数: 10 / 変異: P254G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dickeya dadantii (strain 3937) (バクテリア) 株: 3937 / 遺伝子: Dda3937_00520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0SJQ4

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.99 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 4000 ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 85863 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.4 % / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 3.3→3.4 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2yn6

2yn6

解像度: 3.3→29.895 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2518	4327	5.05 %
R_work	0.2205	-	-
obs	0.2221	85727	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→29.895 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25020	0	0	0	25020

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	25690
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.632	35000
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.896	15000
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	3890
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4460

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3-3.3375	0.3592	190	0.3462	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3375-3.3767	0.3544	99	0.3312	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3767-3.4178	0.3472	187	0.3001	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4178-3.461	0.3432	102	0.2952	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
3.461-3.5065	0.3126	182	0.2846	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5065-3.5544	0.3202	107	0.2799	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5544-3.6051	0.3411	182	0.2837	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6051-3.6588	0.2859	107	0.2906	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6588-3.7159	0.3133	172	0.2682	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7159-3.7767	0.2824	117	0.2628	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7767-3.8417	0.2725	161	0.2438	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8417-3.9114	0.2912	128	0.2473	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9114-3.9865	0.2799	160	0.2408	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9865-4.0677	0.2676	129	0.2338	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0677-4.1559	0.2668	153	0.2317	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1559-4.2523	0.2832	136	0.2182	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2523-4.3583	0.2627	131	0.2111	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3583-4.4758	0.2534	158	0.201	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4758-4.607	0.2322	136	0.1919	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
4.607-4.7552	0.2256	153	0.1912	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7552-4.9244	0.2546	107	0.1923	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9244-5.1206	0.2304	182	0.1957	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1206-5.3524	0.249	72	0.1924	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3524-5.6329	0.2476	216	0.1962	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6329-5.9831	0.2181	66	0.1987	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9831-6.4408	0.2626	222	0.222	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4408-7.0812	0.2482	59	0.2295	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0812-8.0881	0.2698	230	0.2131	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
8.0881-10.124	0.1501	63	0.1591	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
10.124-29.8966	0.1793	220	0.2146	2660	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8075	0.1734	0.9394	0.8531	-0.1259	0.5013	0.9308	-0.2058	-0.4217	0.8715	0.1935	0.3455	1.2199	-0.7559	0.4423	0.4344	-0.2117	-0.3988	0.7615	-0.1304	0.2067	-119.2669	-61.8002	-64.4752
2	0.2779	-0.0256	-0.1195	1.0455	-0.8619	0.6821	0.2107	-0.0773	-0.2141	-0.2063	0.1347	0.2869	0.0599	-0.1979	0.1443	0.5063	-0.0811	-0.2299	0.59	-0.0127	0.4547	-119.963	-57.8158	-64.6048
3	0.0324	-0.0338	0.0113	0.0236	-0.0036	-0.0033	-0.4396	0.1526	0.2649	-0.4759	-0.1963	-0.3958	0.5535	-0.1113	0.0006	1.8469	-0.4245	-0.192	1.1656	-0.0728	1.2265	-119.6209	-67.3118	-42.0253
4	0.8467	0.4948	-0.6334	2.146	0.6204	0.5894	-0.9702	-0.4267	-0.2528	1.1968	-1.1418	2.4031	1.1755	-0.8507	-2.8915	-0.6446	-0.1735	-1.0385	0.609	-0.1463	-0.3179	-129.0199	-53.2928	-54.3706
5	1.4431	0.063	0.7303	1.2004	-0.1748	0.5646	0.0976	-0.1783	-1.2078	0.3589	0.4244	0.4423	-0.1768	-0.2536	0.8695	0.7278	0.0652	0.2733	0.5185	-0.0218	-0.353	-120.3767	-38.6591	-16.819
6	-0.0876	0.028	0.0265	-0.0196	0.0852	-0.0241	-0.6522	-0.6446	-0.886	0.1428	0.2638	0.2671	0.1828	-0.7681	0.015	1.9002	-0.0046	0.3253	1.2901	0.081	0.9183	-132.0864	-38.5461	-7.3676
7	1.6962	-1.0659	-1.3151	1.2261	0.4337	0.8909	-0.1553	-1.1075	0.0114	-0.1193	0.7818	0.0319	0.2577	0.854	0.5374	1.0477	-0.1244	0.1042	-0.2003	-0.0495	0.4662	-94.1553	-68.1879	-60.6884
8	1.7121	0.4528	-0.3374	1.9617	0.1406	0.34	0.0841	0.0472	0.0234	-0.2635	0.1102	-0.2282	-0.1923	0.069	-0.0002	0.5826	0.0587	-0.0424	0.3116	-0.0183	0.4144	-98.1634	-67.4602	-60.3655
9	0.0773	0.0436	-0.0384	0.0387	0.0537	0.0485	-0.121	0.2845	0.2642	-0.2735	-0.8164	-0.1838	-0.0123	-0.2104	-0.0014	1.1053	0.1348	0.013	0.8505	-0.2633	1.2121	-85.77	-65.197	-39.4378
10	-0.0541	-0.8212	0.1786	0.6925	0.5184	-0.0097	-0.1573	-0.277	-0.4747	0.5287	-0.0417	0.2514	0.4746	-0.2462	-0.1639	0.6995	-0.0219	-0.1633	0.6174	0.0085	0.6151	-103.7052	-71.5836	-47.8357
11	1.4109	-0.8892	-0.1427	0.8071	-0.2669	0.2895	-0.2924	-0.1378	-0.2833	0.2901	-0.1377	-0.0299	0.2471	0.2826	-0.0002	0.8735	-0.0306	0.096	0.5381	0.0139	0.3716	-108.9754	-50.1443	-13.1338
12	2.4547	0.0664	-0.3322	-0.0075	-0.0264	0.02	0.349	-2.226	-0.0518	0.3034	-0.0991	-0.1703	0.2158	-0.1541	-0.0755	2.132	0.2035	0.052	1.0178	-0.1982	1.0879	-111.4039	-58.4902	-0.8318
13	1.4911	-0.3193	-0.2863	0.1084	-0.5119	0.4351	0.1609	-0.21	0.1229	-0.1373	-0.2223	-0.5169	-0.4881	0.4015	-0.1963	0.5105	0.1831	0.2178	0.4222	-0.0182	0.4346	-79.6945	-46.7594	-64.2064
14	0.0398	0.1115	0.1739	1.3541	-0.6983	0.8894	0.0104	-0.0497	-0.2761	-0.3092	0.0802	-0.3532	0.2393	-0.3838	0.1113	0.5619	0.0565	0.118	0.4085	-0.029	0.4787	-81.5951	-50.061	-62.794
15	-0.0037	0.0064	-0.0398	0.0703	-0.048	-0.0094	0.1062	0.9941	0.1562	0.5428	0.0596	0.9072	-0.177	0.9235	-0.0024	1.3582	-0.1831	0.5775	0.9796	-0.0558	1.5076	-76.6518	-33.0864	-45.9546
16	1.7409	-0.7671	-1.4963	0.9553	0.0275	1.41	-0.1548	-1.3681	-0.561	0.7645	0.161	-0.7793	0.7938	1.6706	-0.1833	0.4886	0.2878	0.027	0.2068	0.0695	0.8559	-77.4818	-53.6647	-49.4871
17	0.2813	0.6267	-0.343	0.8059	-0.3641	0.2541	0.1071	-0.0741	-0.0259	0.4844	-0.0546	-0.1023	0.1851	0.2576	0.0001	0.7566	0.0242	-0.1239	0.9041	0.0158	0.3748	-94.1215	-43.0095	-13.3572
18	0.2098	-0.1498	0.1727	0.3054	-0.0812	0.1002	-0.3178	-0.3352	-0.7472	0.1717	0.2687	0.3538	-0.0233	0.5476	0.0001	1.2702	0.1172	-0.1394	1.8934	-0.0848	1.1314	-85.1722	-45.2628	-1.4824
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11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 209 through 285 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 286 through 317 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 11 through 55 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 56 through 146 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 147 through 159 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 160 through 208 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 209 through 285 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 286 through 317 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 11 through 55 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 56 through 146 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 147 through 159 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 160 through 208 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 209 through 285 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 286 through 317 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 11 through 55 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 56 through 146 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 147 through 159 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 160 through 208 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 209 through 285 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 286 through 317 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 11 through 55 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 56 through 146 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 147 through 159 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 160 through 208 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 209 through 285 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 286 through 317 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 11 through 55 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 56 through 146 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 147 through 159 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resid 160 through 208 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'G' and (resid 209 through 285 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'G' and (resid 286 through 317 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 11 through 55 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 56 through 146 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 147 through 159 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 160 through 208 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'H' and (resid 209 through 285 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'H' and (resid 286 through 317 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'I' and (resid 11 through 55 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'I' and (resid 56 through 146 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'I' and (resid 147 through 159 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'I' and (resid 160 through 208 )
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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