PDB-5hei: Structure of B. megaterium NfrA2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hei

タイトル

Structure of B. megaterium NfrA2

要素

NfrA2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Nitroreductase enzyme / dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

FMN reductase (NADPH) / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus megaterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.84 Å

データ登録者

Vigouroux, A. / Morera, S.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: Functional and structural characterization of two Bacillus megaterium nitroreductases biotransforming the herbicide mesotrione.
著者: Carles, L. / Besse-Hoggan, P. / Joly, M. / Vigouroux, A. / Morera, S. / Batisson, I.

履歴

登録	2016年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月1日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hei.cif.gz	786.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hei.ent.gz	654.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hei.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/5hei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/5hei	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hdjC 1zchS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7cd2-4 3nt0-d 1zch-1 7cd2-5 2yar-d 4ai7-d 3ahx-3 5yhs-1 5kjb-1 2xvb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NfrA2

B: NfrA2

C: NfrA2

D: NfrA2

E: NfrA2

F: NfrA2

G: NfrA2

H: NfrA2

ヘテロ分子

229 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NfrA2

B: NfrA2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: NfrA2

D: NfrA2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: NfrA2

F: NfrA2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: NfrA2

H: NfrA2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.440, 158.190, 103.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.21, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	NfrA2 分子量: 28096.627 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Histidine Tag (expression Tag): residue 248 to 253 由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア) 遺伝子: nfrA2 / プラスミド: pEXP5-CT/TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Star pLysS / 参照: UniProt: A0A0K0VJM8
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Ammonium Sulfate, Mes pH6.5, MPD / PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97942 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.84→50 Å / Num. all: 45685 / Num. obs: 44446 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 58.6 Å² / R_sym value: 0.245 / Net I/σ(I): 4.88
反射シェル	解像度: 2.84→3.01 Å / 冗長度: 2.84 % / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.0	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ZCH

1zch

解像度: 2.84→28.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9054 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.847 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.407

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2472	2220	5 %	RANDOM
R_work	0.2027	-	-	-
obs	0.2049	44407	97.18 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.2767 Å²	0 Å²	1.1346 Å²
2-	-	7.7006 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4239 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.45 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.84→28.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15296	0	289	248	15833

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	15866	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.05	21528	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		5576	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		448	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2447	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		15866	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.04
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	21.58
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		2121	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		18355	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.84→2.91 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3352	143	4.98 %
R_work	0.2368	2731	-
all	0.2416	2874	-
obs	-	-	97.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0011	0.3454	0.0594	2.5384	-0.0629	1.9421	0.0397	0.079	0.0421	0.0691	-0.1146	-0.2007	0.0304	0.1948	0.0749	-0.6089	-0.0051	0.0457	-0.5562	-0.0391	0.4638	13.3323	-10.5296	99.6074
2	1.7095	0.4338	0.1698	1.5057	-0.7225	1.3455	-0.0038	-0.1498	-0.0354	0.2007	-0.0411	0.0581	-0.0589	-0.1579	0.0449	-0.4182	0.0134	0.0221	-0.3959	-0.0284	0.4736	-1.4568	-12.101	104.8794
3	1.9311	-0.4414	0.1027	2.7189	0.0152	1.1647	0.1699	-0.0589	-0.288	0.0781	-0.0641	0.2692	-0.0953	-0.1694	-0.1058	-0.5618	0.0261	0.047	-0.4455	-0.0066	0.5474	-17.0834	-27.3404	53.24
4	1.0035	-0.0979	-0.3739	2.1859	-0.2198	1.2142	0.0995	0.0889	-0.1739	-0.1865	-0.0767	-0.1031	-0.1756	0.2402	-0.0228	-0.53	0.037	-0.0071	-0.4353	0.0187	0.5222	-2.2852	-28.9313	47.9998
5	2.713	0.9356	-0.5196	3.4719	0.8209	1.4783	0.1449	0.0767	0.1783	0.1099	-0.2175	0.4708	0.124	-0.3191	0.0726	-0.2764	0.0028	-0.0074	-0.1975	-0.0254	0.648	-28.3226	-53.4578	99.736
6	1.8941	0.3108	0.2998	2.4238	0.0672	1.5538	0.108	-0.1666	0.0099	0.2255	-0.1436	-0.1163	0.0975	0.1697	0.0356	-0.2224	-0.0328	-0.0325	-0.2541	-0.0049	0.5628	-13.5342	-51.8434	104.9957
7	1.3911	-0.4624	-0.4307	2.0284	0.0228	1.4456	0.1546	-0.0816	0.3158	0.0382	-0.1233	-0.3277	-0.0572	0.1613	-0.0313	-0.5176	0.0089	0.0116	-0.4402	0.0772	0.5827	24.8969	-70.3226	53.1741
8	0.9526	-0.3492	0.0489	2.3721	-0.1673	1.3562	0.1112	0.096	0.0209	-0.2872	-0.1725	0.1255	0.0761	-0.187	0.0614	-0.5121	0.0176	-0.0185	-0.4171	-0.0073	0.5028	10.1213	-68.7202	47.8742

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }

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関連情報:EMDBヘッダ

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