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- PDB-5hdj: Structure of B. megaterium NfrA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hdj
タイトルStructure of B. megaterium NfrA1
要素NfrA1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nitroreductase enzyme / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN reductase (NADPH) / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Flavin oxidoreductase Frp family / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NfrA1
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Vigouroux, A. / Morera, S.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: Functional and structural characterization of two Bacillus megaterium nitroreductases biotransforming the herbicide mesotrione.
著者: Carles, L. / Besse-Hoggan, P. / Joly, M. / Vigouroux, A. / Morera, S. / Batisson, I.
履歴
登録2016年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NfrA1
B: NfrA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7917
ポリマ－58,6922
非ポリマー1,0995
水4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12710 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.390, 86.870, 92.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NfrA1


分子量: 29346.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FMN
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: nfrA1 / プラスミド: pEXP5-CT/TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Star pLysS / 参照: UniProt: A0A0K0VJM9
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 4000, Mes pH6.5 / PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→48 Å / Num. all: 36958 / Num. obs: 36741 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 23.59 Å2 / Rsym value: 0.0218 / Net I/σ(I): 7.52
反射 シェル解像度: 1.89→2.01 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3N2S

3n2s


解像度: 1.89→36.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9503 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9308 / SU R Cruickshank DPI: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.162 / SU Rfree Blow DPI: 0.135 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.133
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 1836 5 %RANDOM
Rwork0.1743 ---
obs0.1759 36733 99.01 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5347 Å20 Å20 Å2
2---1.6417 Å20 Å2
3----0.8929 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.204 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.89→36.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3957 0 74 276 4307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014112HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.035554HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1467SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes118HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes628HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4112HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.21
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion538SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5125SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.95 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2985 131 4.97 %
Rwork0.2622 2506 -
all0.2641 2637 -
obs--99.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3523-0.0844-0.02310.2364-0.0010.33370.00980.0034-0.01150.0097-0.00450.05350.0304-0.01-0.0053-0.1438-0.0088-0.0028-0.06760.002-0.114556.378691.8379.9102
20.58350.0645-0.1240.48490.02210.21040.0271-0.03610.01530.0512-0.0121-0.0147-0.00750.062-0.0149-0.1243-0.0028-0.0113-0.03350.0024-0.129170.195697.174815.9315
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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