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- PDB-5hee: Crystal structure of the TK2203 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hee
タイトルCrystal structure of the TK2203 protein
要素Putative uncharacterized protein, TK2203 protein
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Putative / Dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ferrous iron binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Protocatechuate 4,5-dioxygenase; Chain B / LigB-like / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class III enzyme, subunit B / Catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LigB domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Nishitani, Y. / Miki, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
The Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology of Japan26291012 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the TK2203 protein from Thermococcus kodakarensis, a putative extradiol dioxygenase
著者: Nishitani, Y. / Simons, J.R. / Kanai, T. / Atomi, H. / Miki, K.
履歴
登録2016年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein, TK2203 protein
B: Putative uncharacterized protein, TK2203 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3758
ポリマ－58,9552
非ポリマー4196
水9,800544
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.373, 42.543, 143.506
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1315-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein, TK2203 protein


分子量: 29477.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
株: KOD1 / 遺伝子: TK2203 / プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q5JHM2
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Imidazole, Ca acetate, PEG 1000 / PH範囲: 7.5-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→50 Å / Num. obs: 83940 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 1.41→1.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 89.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000data processing
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.41→47.69 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.186 4233 5.04 %Random
Rwork0.1633 ---
obs0.1644 83930 96.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→47.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4152 0 11 544 4707
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074309
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.095853
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9691612
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074630
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005756
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4105-1.42650.29451230.27852418X-RAY DIFFRACTION87
1.4265-1.44330.28311290.25612386X-RAY DIFFRACTION90
1.4433-1.46090.26331310.2562498X-RAY DIFFRACTION92
1.4609-1.47940.28031230.23842610X-RAY DIFFRACTION94
1.4794-1.49880.23881240.23212543X-RAY DIFFRACTION95
1.4988-1.51940.25331440.21242659X-RAY DIFFRACTION96
1.5194-1.54110.24861320.2072610X-RAY DIFFRACTION96
1.5411-1.56410.20941370.19132621X-RAY DIFFRACTION97
1.5641-1.58850.20061540.18922664X-RAY DIFFRACTION96
1.5885-1.61460.20681360.19132595X-RAY DIFFRACTION97
1.6146-1.64240.22441360.1812702X-RAY DIFFRACTION97
1.6424-1.67230.20631430.17822567X-RAY DIFFRACTION97
1.6723-1.70440.21031510.17832685X-RAY DIFFRACTION97
1.7044-1.73920.17191100.17752649X-RAY DIFFRACTION97
1.7392-1.7770.19871640.17522686X-RAY DIFFRACTION97
1.777-1.81840.19661200.17382644X-RAY DIFFRACTION98
1.8184-1.86390.21311570.17252718X-RAY DIFFRACTION98
1.8639-1.91430.23211350.17262624X-RAY DIFFRACTION98
1.9143-1.97060.22021480.16392673X-RAY DIFFRACTION98
1.9706-2.03420.18441210.16282741X-RAY DIFFRACTION98
2.0342-2.10690.20181240.16362700X-RAY DIFFRACTION98
2.1069-2.19130.17851580.1582666X-RAY DIFFRACTION99
2.1913-2.2910.19761430.15862721X-RAY DIFFRACTION99
2.291-2.41180.19521520.16192719X-RAY DIFFRACTION99
2.4118-2.56290.15391480.16422741X-RAY DIFFRACTION99
2.5629-2.76070.16691610.16972704X-RAY DIFFRACTION99
2.7607-3.03850.22281470.1632767X-RAY DIFFRACTION99
3.0385-3.47810.16071610.14852740X-RAY DIFFRACTION100
3.4781-4.38150.14971510.12782788X-RAY DIFFRACTION100
4.3815-47.71720.16341700.1492858X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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