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- PDB-5he3: Bovine GRK2 in complex with Gbetagamma subunits and CCG224411 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5he3
タイトルBovine GRK2 in complex with Gbetagamma subunits and CCG224411
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 2
  • Beta-adrenergic receptor kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / RGS / kinase / PH / WD-40 / inhibitor complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Calmodulin induced events / beta-adrenergic-receptor kinase / negative regulation of the force of heart contraction by chemical signal / negative regulation of relaxation of smooth muscle / Activation of SMO / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / negative regulation of striated muscle contraction ...Calmodulin induced events / beta-adrenergic-receptor kinase / negative regulation of the force of heart contraction by chemical signal / negative regulation of relaxation of smooth muscle / Activation of SMO / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / negative regulation of striated muscle contraction / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of protein localization to cilium / regulation of the force of heart contraction / G protein-coupled receptor internalization / positive regulation of smoothened signaling pathway / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / regulation of signal transduction / cardiac muscle contraction / cell projection / G protein-coupled receptor binding / intracellular protein transport / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / presynapse / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / peptidyl-serine phosphorylation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / postsynapse / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / protein kinase activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein phosphorylation / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1270 / GPCR kinase / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain ...Helix Hairpins - #1270 / GPCR kinase / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / Few Secondary Structures / Irregular / Helix Hairpins / PH-like domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / Roll / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / WD40-repeat-containing domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FF1 / Beta-adrenergic receptor kinase 1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Cato, M.C. / Tesmer, J.J.G.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL071818 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL086865 米国
American Heart AssociationN014938 米国
American Heart Association15PRE22730028 米国
Michigan Economic Development Corporation and Michigan Technology Tri-Corridor Grant085P1000817 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structure-Based Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Highly Selective and Potent G Protein-Coupled Receptor Kinase 2 Inhibitors.
著者: Waldschmidt, H.V. / Homan, K.T. / Cruz-Rodriguez, O. / Cato, M.C. / Waninger-Saroni, J. / Larimore, K.M. / Cannavo, A. / Song, J. / Cheung, J.Y. / Kirchhoff, P.D. / Koch, W.J. / Tesmer, J.J. / Larsen, S.D.
履歴
登録2016年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-adrenergic receptor kinase 1
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,4905
ポリマ－119,9253
非ポリマー5652
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6950 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area45850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.031, 239.412, 208.625
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-adrenergic receptor kinase 1 / Beta-ARK-1 / G-protein-coupled receptor kinase 2


分子量: 74778.086 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-670 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ADRBK1, GRK2 / プラスミド: pFastBacDual / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P21146, beta-adrenergic-receptor kinase

-
Guanine nucleotide-binding protein ... , 2種, 2分子 BG

#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37285.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 / プラスミド: pFastBacDual / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P62873
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / プラスミド: pFastBacDual / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P59768

-
非ポリマー , 3種, 41分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-FF1 / (4~{S})-4-[3-[2-(2,6-dimethylphenyl)ethylcarbamoyl]-4-fluoranyl-phenyl]-~{N}-(1~{H}-indazol-5-yl)-6-methyl-2-oxidanylidene-3,4-dihydro-1~{H}-pyrimidine-5-carboxamide


分子量: 540.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H29FN6O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 50 mM MES, 0.8-1.2 M sodium chloride, 8-16% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月16日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 36395 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 1.652 / Net I/av σ(I): 19.607 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 168944
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
2.8-2.854.50.93618000.7690.4860.82893.5
2.85-2.94.50.84617680.8060.4340.88892.20.956
2.9-2.964.70.71717710.8270.3620.9192.50.807
2.96-3.024.60.58918050.8730.2970.97693.10.662
3.02-3.084.70.50817720.8850.2530.993930.57
3.08-3.154.70.4117850.9290.2051.04792.90.46
3.15-3.234.70.32317740.9460.1621.11592.50.363
3.23-3.324.70.27817850.9590.1391.22892.20.312
3.32-3.424.70.21717800.970.111.34692.20.245
3.42-3.534.70.18117910.9770.0911.43591.80.203
3.53-3.654.70.15917540.980.0811.76910.179
3.65-3.84.70.13317800.9850.0671.95391.70.149
3.8-3.974.70.11117770.9890.0561.9391.20.125
3.97-4.184.70.08917800.9920.046292.40.101
4.18-4.444.60.0818020.9910.0422.17791.80.09
4.44-4.784.50.07418220.9920.0392.45993.40.084
4.78-5.264.50.06918820.9910.0372.395.40.078
5.26-6.024.80.07119490.9930.0362.22297.40.08
6.02-7.564.80.05919740.9960.032.09198.30.067
7.56-304.30.05120440.9960.0263.17496.80.057

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.74→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / WRfactor Rfree: 0.2411 / WRfactor Rwork: 0.1806 / FOM work R set: 0.7788 / SU B: 34.567 / SU ML: 0.306 / SU R Cruickshank DPI: 1.3489 / SU Rfree: 0.3628 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.349 / ESU R Free: 0.363 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2571 1871 5.1 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.1981 34487 90.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 209.52 Å2 / Biso mean: 75.206 Å2 / Biso min: 3.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.65 Å20 Å2-0 Å2
2---5.15 Å2-0 Å2
3---3.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.74→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8166 0 41 39 8246
Biso mean--116.81 40.76 -
残基数----1020
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0198399
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027993
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5671.96311331
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.793318407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.14151022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.34423.756402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.895151522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2781565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21221
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029487
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021985
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9394.5014088
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9364.5014087
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7866.7425108
LS精密化 シェル解像度: 2.74→2.811 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 87 -
Rwork0.339 1582 -
all-1669 -
obs--58.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9399-0.3853-0.47820.47860.63071.0323-0.1891-0.1721-0.1552-0.01220.0020.18110.1071-0.05030.18710.30080.02460.1180.18610.00290.238-44.19643.303330.9108
22.2509-0.2238-0.76171.31691.28891.7088-0.1728-0.24020.0428-0.26750.2793-0.11820.04660.328-0.10650.37420.04770.09540.2163-0.02850.0958-16.413816.716815.3445
31.8984-1.8793-1.00622.6551.83571.49750.1599-1.0680.3994-0.59660.9058-1.0207-0.44410.492-1.06560.2801-0.05190.21460.6206-0.19580.8169-20.912935.594231.8764
40.5424-0.292-0.33512.7644-0.21320.28420.05340.01950.0004-0.236-0.024-0.1517-0.065-0.0334-0.02950.41030.05390.13760.07690.0420.1636-21.6216-22.111315.7635
50.1395-0.37360.12511.4166-0.07990.42320.048-0.0406-0.0694-0.24880.03380.16130.00130.0578-0.08180.3321-0.00260.0970.1577-0.00490.146-24.4665-55.785426.1984
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A30 - 184
2X-RAY DIFFRACTION1A513 - 547
3X-RAY DIFFRACTION2A185 - 270
4X-RAY DIFFRACTION2A493 - 512
5X-RAY DIFFRACTION2A701
6X-RAY DIFFRACTION3A271 - 474
7X-RAY DIFFRACTION4A548 - 668
8X-RAY DIFFRACTION5B2 - 340
9X-RAY DIFFRACTION5G6 - 63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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