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万見
- PDB-5hd3: Femtosecond Structural Dynamics Drives the Trans/Cis Isomerizatio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hd3
タイトルFemtosecond Structural Dynamics Drives the Trans/Cis Isomerization in Photoactive Yellow Protein: Dark structure of photoactive yellow protein
要素Photoactive yellow protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / HOTORECEPTOR Trans Cis Isomerization
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Photoactive yellow-protein / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Photoactive yellow protein
類似検索 - 構成要素
生物種Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Pande, K. / Tenboer, J. / Schmidt, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF-1231306 米国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF-0952643 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Femtosecond structural dynamics drives the trans/cis isomerization in photoactive yellow protein.
著者: Pande, K. / Hutchison, C.D. / Groenhof, G. / Aquila, A. / Robinson, J.S. / Tenboer, J. / Basu, S. / Boutet, S. / DePonte, D.P. / Liang, M. / White, T.A. / Zatsepin, N.A. / Yefanov, O. / ...著者: Pande, K. / Hutchison, C.D. / Groenhof, G. / Aquila, A. / Robinson, J.S. / Tenboer, J. / Basu, S. / Boutet, S. / DePonte, D.P. / Liang, M. / White, T.A. / Zatsepin, N.A. / Yefanov, O. / Morozov, D. / Oberthuer, D. / Gati, C. / Subramanian, G. / James, D. / Zhao, Y. / Koralek, J. / Brayshaw, J. / Kupitz, C. / Conrad, C. / Roy-Chowdhury, S. / Coe, J.D. / Metz, M. / Xavier, P.L. / Grant, T.D. / Koglin, J.E. / Ketawala, G. / Fromme, R. / Srajer, V. / Henning, R. / Spence, J.C. / Ourmazd, A. / Schwander, P. / Weierstall, U. / Frank, M. / Fromme, P. / Barty, A. / Chapman, H.N. / Moffat, K. / van Thor, J.J. / Schmidt, M.
履歴
登録2016年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Experimental preparation
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32018年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photoactive yellow protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0351
ポリマ－14,0351
非ポリマー00
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.900, 66.900, 40.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Photoactive yellow protein / PYP


分子量: 14034.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
遺伝子: pyp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16113
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.5 %
結晶化温度: 295 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7
詳細: 4.45M Sodium malonate (pH7) injected into concentrated protein for a final malonate concentration of 3.2M. Sit for 1 hour at room temperature. Spin in spin concentrator for 2 hours. Sit at ...詳細: 4.45M Sodium malonate (pH7) injected into concentrated protein for a final malonate concentration of 3.2M. Sit for 1 hour at room temperature. Spin in spin concentrator for 2 hours. Sit at room temperature for 4 hours. Crystals are harvested and resuspended in 3.0M malonate.
PH範囲: 6.95-7.05 / Temp details: Ambient room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
Ambient temp details: Crystals injected into vacuum. No temperature control.
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.31 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.31 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→19.31 Å / Num. all: 13060 / Num. obs: 13060 / % possible obs: 98.39 % / 冗長度: 992 % / Net I/σ(I): 10

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
精密化解像度: 1.6→19.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.46 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18119 685 5 %RANDOM
Rwork0.15355 ---
obs0.15492 13060 98.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.796 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å2-0 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→19.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数987 0 0 92 1079
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.021044
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0461.9621410
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06432237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0875124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.88125.81855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.15315181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.079153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1650.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02241
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6121.159499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.611.159498
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5281.738622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5281.738623
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0461.503545
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0461.503545
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8052.105788
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.48310.3481196
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.22110.0211176
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 56 -
Rwork0.287 906 -
obs--96.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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