PDB-5hcm: The GLIC pentameric Ligand-Gated Ion Channel 2-21' cross-linked m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hcm

タイトル

The GLIC pentameric Ligand-Gated Ion Channel 2-21' cross-linked mutant complexed to bromoform

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) /

ion channel (イオンチャネル) /

receptor (受容体) / anaesthetic

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane transporter complex /

potassium channel activity /

regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection /

シグナル伝達 / identical protein binding /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Shahsavar, A. / Sauguet, L. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Sites of Anesthetic Inhibitory Action on a Cationic Ligand-Gated Ion Channel.
著者: Laurent, B. / Murail, S. / Shahsavar, A. / Sauguet, L. / Delarue, M. / Baaden, M.

履歴

登録	2016年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月20日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hcm.cif.gz	616.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hcm.ent.gz	541.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hcm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/5hcm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/5hcm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hcjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6f0r-d 6hyx-d 6hz3-d 5l4e-d 3tlw-d 5hcj-d 6hpp-d 6i08-d 6hyr-d 3tlv-d 6f12-d 2xq8-d 3uu8-d 3uu3-d 6hz1-d 6hjb-d 3uu5-d 3uu6-d 5muo-d 4hfh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (7) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

182 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.268, 130.934, 155.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.31, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 36238.688 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 44-359 / 変異: C27S, K33C, N245C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (バクテリア) 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#2: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MBR / TRIBROMOMETHANE / ブロモホルム / ブロモホルム分子量: 252.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHBr₃

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.94 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: PEG 4000 12-15%, 0.1 M Na Acetate pH4, 0.4M NaSCN, 15% glycerol PH範囲: 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.15→48 Å / Num. obs: 60505 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 78.02 Å² / Net I/σ(I): 13

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.4	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

解像度: 3.15→31.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8766 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8703 / SU R Cruickshank DPI: 0.815 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.679 / SU R_free Blow DPI: 0.328 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.345

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2401	3062	5.07 %	RANDOM
R_work	0.2303	-	-	-
obs	0.2308	60453	99.75 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-23.0261 Å²	0 Å²	24.8526 Å²
2-	-	15.9126 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.1135 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.698 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.15→31.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12600	0	16	0	12616

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	12954	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.07	17708	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4284	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		255	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1870	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		12954	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.81
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.72
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1760	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14364	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.15→3.23 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2912	243	5.49 %
R_work	0.2842	4183	-
all	0.2846	4426	-
obs	-	-	99.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6207	-0.1193	1.543	0.6438	-0.0815	2.6916	0.0709	-0.0961	0.1062	-0.1357	-0.0502	0.0784	-0.0263	-0.1237	-0.0207	0.2244	0.0361	-0.1715	-0.2617	-0.0112	-0.2	187.5385	-3.9655	183.4261
2	1.4032	0.1274	1.7225	0.4884	0.3143	2.6846	0.0218	-0.0794	0.0174	0.0719	-0.0507	0.1341	0.0128	-0.1175	0.0289	0.0992	0.0062	-0.118	-0.1174	0.011	-0.1716	177.4677	-26.3911	188.8584
3	0.9583	0.2095	1.0286	0.7471	0.4513	2.4346	0.0202	-0.0053	-0.0806	-0.1488	-0.0296	0.1087	0.0429	0.0379	0.0094	0.2016	0.0282	-0.1935	-0.2416	-0.0015	-0.1522	192.7306	-44.4596	180.6424
4	0.8185	-0.0413	0.9526	0.9995	0.0779	2.9936	-0.0076	0.0727	-0.0709	-0.3145	-0.05	-0.0328	-0.1	0.1571	0.0576	0.1352	0.0245	-0.1437	-0.2207	-0.0355	-0.1708	212.6785	-32.9746	169.519
5	0.7037	-0.2735	0.9239	0.741	-0.6056	2.759	-0.0306	-0.0167	0.0834	-0.1555	0.0189	-0.0668	-0.0848	0.0111	0.0117	0.2588	-0.0414	-0.1568	-0.2383	0.0138	-0.1922	209.3515	-8.1195	171.4426

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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