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- PDB-5hce: Ternary complex of human Complement C5 with Ornithodoros moubata ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hce
タイトルTernary complex of human Complement C5 with Ornithodoros moubata OmCI and Rhipicephalus appendiculatus RaCI1
要素
  • (Complement C5) x 2
  • Complement inhibitor
  • Rhipicephalus appendiculatus RaCI1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complement / Inflammation / Inhibitor / Tick
機能・相同性
機能・相同性情報


Terminal pathway of complement / membrane attack complex / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production ...Terminal pathway of complement / membrane attack complex / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / chemotaxis / toxin activity / G alpha (i) signalling events / killing of cells of another organism / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. ...: / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / : / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Immunoglobulin-like fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / Complement inhibitor RaCI1 / Complement C5 / Complement inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Ornithodoros moubata (ダニ)
Rhipicephalus appendiculatus (ダニ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Jore, M.M. / Johnson, S. / Lea, S.M.
資金援助 英国, オランダ, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust100298 英国
Netherlands Organisation for Scientific Research825.11.030 オランダ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016
タイトル: Structural basis for therapeutic inhibition of complement C5.
著者: Matthijs M Jore / Steven Johnson / Devon Sheppard / Natalie M Barber / Yang I Li / Miles A Nunn / Hans Elmlund / Susan M Lea /
要旨: Activation of complement C5 generates the potent anaphylatoxin C5a and leads to pathogen lysis, inflammation and cell damage. The therapeutic potential of C5 inhibition has been demonstrated by ...Activation of complement C5 generates the potent anaphylatoxin C5a and leads to pathogen lysis, inflammation and cell damage. The therapeutic potential of C5 inhibition has been demonstrated by eculizumab, one of the world's most expensive drugs. However, the mechanism of C5 activation by C5 convertases remains elusive, thus limiting development of therapeutics. Here we identify and characterize a new protein family of tick-derived C5 inhibitors. Structures of C5 in complex with the new inhibitors, the phase I and phase II inhibitor OmCI, or an eculizumab Fab reveal three distinct binding sites on C5 that all prevent activation of C5. The positions of the inhibitor-binding sites and the ability of all three C5-inhibitor complexes to competitively inhibit the C5 convertase conflict with earlier steric-inhibition models, thus suggesting that a priming event is needed for activation.
履歴
登録2016年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Complement C5
A: Complement C5
C: Complement inhibitor
D: Rhipicephalus appendiculatus RaCI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,8226
ポリマ－213,2774
非ポリマー5462
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12680 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area83140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.260, 140.725, 210.367
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 BACD

#1: タンパク質 Complement C5 / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 4


分子量: 73518.648 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 19-674 / 由来タイプ: 天然
詳細: Chains A and B are the product of a single gene that is processed into two chains that remain covalently linked via a disulphide.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01031
#2: タンパク質 Complement C5 / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 4


分子量: 112533.906 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 679-1676 / 由来タイプ: 天然
詳細: Chains A and B are the product of a single gene that is processed into two chains that remain covalently linked via a disulphide.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01031
#3: タンパク質 Complement inhibitor


分子量: 18647.588 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-168 / Mutation: N78Q, N102Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ornithodoros moubata (ダニ) / 遺伝子: CI / 発現宿主: Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q5YD59
#4: タンパク質 Rhipicephalus appendiculatus RaCI1


分子量: 8576.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: First 3 residues are the remnant of the Histidine-tag. Mature sequence begins EEVK.
由来: (組換発現) Rhipicephalus appendiculatus (ダニ)
プラスミド: pET-M14 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Shuffle T7 / 参照: UniProt: A0A158RFT5*PLUS

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糖 / 非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 10% PEG 6K, 0.1 M Bicine pH 9.0 / PH範囲: 9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.12→94.1 Å / Num. all: 244388 / Num. obs: 56166 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 73.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.148 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 3.12→3.31 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.953 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CU7, 2CM4

3cu7

2cm4


解像度: 3.12→74.403 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2808 2754 4.94 %Random
Rwork0.2674 ---
obs0.268 55783 98.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 80.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.12→74.403 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14414 0 6 0 14420
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00614742
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74620009
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9858933
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0492278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052546
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.12-3.17380.41281320.42572582X-RAY DIFFRACTION98
3.1738-3.23150.39251350.40352616X-RAY DIFFRACTION99
3.2315-3.29370.4221440.39552605X-RAY DIFFRACTION99
3.2937-3.36090.38811270.38092627X-RAY DIFFRACTION99
3.3609-3.4340.42311350.38232594X-RAY DIFFRACTION99
3.434-3.51390.40731320.36762644X-RAY DIFFRACTION98
3.5139-3.60170.31411370.34022603X-RAY DIFFRACTION100
3.6017-3.69910.34991200.35532599X-RAY DIFFRACTION98
3.6991-3.8080.35051400.31832646X-RAY DIFFRACTION99
3.808-3.93090.34351400.33142589X-RAY DIFFRACTION98
3.9309-4.07140.27891350.28172644X-RAY DIFFRACTION99
4.0714-4.23430.30751250.27612669X-RAY DIFFRACTION100
4.2343-4.4270.28331280.23792662X-RAY DIFFRACTION99
4.427-4.66040.231250.22372667X-RAY DIFFRACTION100
4.6604-4.95230.23691340.2112672X-RAY DIFFRACTION100
4.9523-5.33460.20521610.21492660X-RAY DIFFRACTION99
5.3346-5.87130.25441480.22052705X-RAY DIFFRACTION100
5.8713-6.72040.26621470.23732697X-RAY DIFFRACTION100
6.7204-8.46510.23491550.21282714X-RAY DIFFRACTION99
8.4651-74.42410.19481540.1882834X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8984-0.39680.96131.3096-1.06783.29290.03470.2251-0.2481-0.32270.1747-0.05460.27750.2034-0.12360.6074-0.009-0.03980.7035-0.01060.6878-5.9945-27.0579-5.1183
21.57940.481-0.95721.3383-1.01041.9278-0.05760.2915-0.541-0.2892-0.07630.05590.2116-0.32980.07370.69660.0579-0.21270.8749-0.1050.8862-11.6838-44.137924.8247
31.1689-0.8768-0.23421.43450.02351.21780.0586-0.03310.06290.086-0.01910.0441-0.1768-0.004-0.00690.59230.04230.04350.57050.01780.5208-9.4494-28.234652.1564
43.7938-0.2991.36064.9244-2.08915.1918-0.1492-1.5521-0.43781.5419-0.0485-0.4212-0.2785-0.00670.04211.47150.1503-0.07111.75930.16060.954414.0072-51.478881.8833
56.23171.6149-0.34652.3064-0.18215.1526-0.2139-0.793-0.14290.91670.0429-0.0224-0.11530.36880.07681.26710.28010.11430.8229-0.05250.5673-15.6199-16.022389.6559
60.9781.46110.1532.33130.47273.35670.35240.60880.118-0.2129-0.22950.7428-0.7246-0.8912-0.04930.96060.2412-0.181.08670.0860.7841-31.1-10.819520.399
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 20 through 674 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 679 through 819 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 820 through 1514 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1515 through 1676 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 23 through 168 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 14 through 59 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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