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- EMDB-8092: Structure of the quaternary complex of complement C5 with two tic... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8092
タイトルStructure of the quaternary complex of complement C5 with two tick inhibitors (OmCI and RaCI) and a Fab derived from the therapeutic Eculizumab
マップデータNone
試料
  • 複合体: Complex of Complement C5 with two tick inihibitors and Fab fragment derived from Eculizumab
    • タンパク質・ペプチド: complement C5
    • タンパク質・ペプチド: OmCI
    • タンパク質・ペプチド: RaCI
    • タンパク質・ペプチド: Recombinant Fab with Eculizumab variable regions
生物種Human (ヒト) / Rhipicephalus appendiculatus (ダニ) / Synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Lea SM / Elmlund H
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016
タイトル: Structural basis for therapeutic inhibition of complement C5.
著者: Matthijs M Jore / Steven Johnson / Devon Sheppard / Natalie M Barber / Yang I Li / Miles A Nunn / Hans Elmlund / Susan M Lea /
要旨: Activation of complement C5 generates the potent anaphylatoxin C5a and leads to pathogen lysis, inflammation and cell damage. The therapeutic potential of C5 inhibition has been demonstrated by ...Activation of complement C5 generates the potent anaphylatoxin C5a and leads to pathogen lysis, inflammation and cell damage. The therapeutic potential of C5 inhibition has been demonstrated by eculizumab, one of the world's most expensive drugs. However, the mechanism of C5 activation by C5 convertases remains elusive, thus limiting development of therapeutics. Here we identify and characterize a new protein family of tick-derived C5 inhibitors. Structures of C5 in complex with the new inhibitors, the phase I and phase II inhibitor OmCI, or an eculizumab Fab reveal three distinct binding sites on C5 that all prevent activation of C5. The positions of the inhibitor-binding sites and the ability of all three C5-inhibitor complexes to competitively inhibit the C5 convertase conflict with earlier steric-inhibition models, thus suggesting that a priming event is needed for activation.
履歴
登録2016年2月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年4月13日-
マップ公開2016年4月13日-
更新2016年6月15日-
現状2016年6月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.86
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.86
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8092.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8092.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.12 Å/pix.
x 80 pix.
= 329.6 Å		4.12 Å/pix.
x 80 pix.
= 329.6 Å		4.12 Å/pix.
x 80 pix.
= 329.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.86 / ムービー #1: 1.86
最小 - 最大-4.155845 - 22.340123999999999
平均 (標準偏差)0.11045824 (±0.9147426)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-40-40-40
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 329.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.124.124.12
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z329.600329.600329.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-25-77-48
NX/NY/NZ899896
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-40-40-40
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-4.15622.3400.110

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Complement C5 with two tick inihibitors and Fab fragme...

全体名称: Complex of Complement C5 with two tick inihibitors and Fab fragment derived from Eculizumab
要素
  • 複合体: Complex of Complement C5 with two tick inihibitors and Fab fragment derived from Eculizumab
    • タンパク質・ペプチド: complement C5
    • タンパク質・ペプチド: OmCI
    • タンパク質・ペプチド: RaCI
    • タンパク質・ペプチド: Recombinant Fab with Eculizumab variable regions

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超分子 #1: Complex of Complement C5 with two tick inihibitors and Fab fragme...

超分子名称: Complex of Complement C5 with two tick inihibitors and Fab fragment derived from Eculizumab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量実験値: 266 KDa

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分子 #1: complement C5

分子名称: complement C5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト) / 組織: Serum
配列文字列: MGLLGILCFL IFLGKTWGQE QTYVISAPKI FRVGASENIV IQVYGYTEAF DATISIKSYP DKKFSYSSG HVHLSSENKF QNSAILTIQP KQLPGGQNPV SYVYLEVVSK HFSKSKRMPI T YDNGFLFI HTDKPVYTPD QSVKVRVYSL NDDLKPAKRE TVLTFIDPEG ...文字列:
MGLLGILCFL IFLGKTWGQE QTYVISAPKI FRVGASENIV IQVYGYTEAF DATISIKSYP DKKFSYSSG HVHLSSENKF QNSAILTIQP KQLPGGQNPV SYVYLEVVSK HFSKSKRMPI T YDNGFLFI HTDKPVYTPD QSVKVRVYSL NDDLKPAKRE TVLTFIDPEG SEVDMVEEID HI GIISFPD FKIPSNPRYG MWTIKAKYKE DFSTTGTAYF EVKEYVLPHF SVSIEPEYNF IGY KNFKNF EITIKARYFY NKVVTEADVY ITFGIREDLK DDQKEMMQTA MQNTMLINGI AQVT FDSET AVKELSYYSL EDLNNKYLYI AVTVIESTGG FSEEAEIPGI KYVLSPYKLN LVATP LFLK PGIPYPIKVQ VKDSLDQLVG GVPVTLNAQT IDVNQETSDL DPSKSVTRVD DGVASF VLN LPSGVTVLEF NVKTDAPDLP EENQAREGYR AIAYSSLSQS YLYIDWTDNH KALLVGE HL NIIVTPKSPY IDKITHYNYL ILSKGKIIHF GTREKFSDAS YQSINIPVTQ NMVPSSRL L VYYIVTGEQT AELVSDSVWL NIEEKCGNQL QVHLSPDADA YSPGQTVSLN MATGMDSWV ALAAVDSAVY GVQRGAKKPL ERVFQFLEKS DLGCGAGGGL NNANVFHLAG LTFLTNANAD DSQENDEPC KEILRPRRTL QKKIEEIAAK YKHSVVKKCC YDGACVNNDE TCEQRAARIS L GPRCIKAF TECCVVASQL RANISHKDMQ LGRLHMKTLL PVSKPEIRSY FPESWLWEVH LV PRRKQLQ FALPDSLTTW EIQGVGISNT GICVADTVKA KVFKDVFLEM NIPYSVVRGE QIQ LKGTVY NYRTSGMQFC VKMSAVEGIC TSESPVIDHQ GTKSSKCVRQ KVEGSSSHLV TFTV LPLEI GLHNINFSLE TWFGKEILVK TLRVVPEGVK RESYSGVTLD PRGIYGTISR RKEFP YRIP LDLVPKTEIK RILSVKGLLV GEILSAVLSQ EGINILTHLP KGSAEAELMS VVPVFY VFH YLETGNHWNI FHSDPLIEKQ KLKKKLKEGM LSIMSYRNAD YSYSVWKGGS ASTWLTA FA LRVLGQVNKY VEQNQNSICN SLLWLVENYQ LDNGSFKENS QYQPIKLQGT LPVEAREN S LYLTAFTVIG IRKAFDICPL VKIDTALIKA DNFLLENTLP AQSTFTLAIS AYALSLGDK THPQFRSIVS ALKREALVKG NPPIYRFWKD NLQHKDSSVP NTGTARMVET TAYALLTSLN LKDINYVNP VIKWLSEEQR YGGGFYSTQD TINAIEGLTE YSLLVKQLRL SMDIDVSYKH K GALHNYKM TDKNFLGRPV EVLLNDDLIV STGFGSGLAT VHVTTVVHKT STSEEVCSFY LK IDTQDIE ASHYRGYGNS DYKRIVACAS YKPSREESSS GSSHAVMDIS LPTGISANEE DLK ALVEGV DQLFTDYQIK DGHVILQLNS IPSSDFLCVR FRIFELFEVG FLSPATFTVY EYHR PDKQC TMFYSTSNIK IQKVCEGAAC KCVEADCGQM QEELDLTISA ETRKQTACKP EIAYA YKVS ITSITVENVF VKYKATLLDI YKTGEAVAEK DSEITFIKKV TCTNAELVKG RQYLIM GKE ALQIKYNFSF RYIYPLDSLT WIEYWPRDTT CSSCQAFLAN LDEFAEDIFL NGC

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分子 #2: OmCI

分子名称: OmCI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhipicephalus appendiculatus (ダニ)
配列文字列:
MLVLVTLIFS FSANIAYADS ESDCTGSEPV DAFQAFSEGK EAYVLVRSTD PKARDCLKGE PAGEKQDNT LPVMMTFKNG TDWASTDWTF TLDGAKVTAT LGNLTQNREV VYDSQSHHCH V DKVEKEVP DYEMWMLDAG GLEVEVECCR QKLEELASGR NQMYPHLKDC

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分子 #3: RaCI

分子名称: RaCI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhipicephalus appendiculatus (ダニ)
配列文字列:
EEVKTTPIPN HQCVNATCER KLDALGNAVI TKCPQGCLCV VRGASNIVPA NGTCFQLATT KPPMAPGDNK DNKEEESN

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分子 #4: Recombinant Fab with Eculizumab variable regions

分子名称: Recombinant Fab with Eculizumab variable regions / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synthetic construct (人工物)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYIFS NYWIQWVRQA PGQGLEWMGE ILPGSGSTEY TENFKDRVTM TRDTSTSTVY ME LSSLRSE DTAVYYCARY FFGSSPNWYF DVWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV TVSWNS GAL ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYIFS NYWIQWVRQA PGQGLEWMGE ILPGSGSTEY TENFKDRVTM TRDTSTSTVY ME LSSLRSE DTAVYYCARY FFGSSPNWYF DVWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV TVSWNS GAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVHHHHHHHH HH DIQMTQS PSSLSASVGD RVTITCGASE NIYGALNWYQ RKPGKAPKLL IYGATNLADG VPSRFSGSGS GTDFTLTISS LQPEDFAT Y YCQNVLNTPL TFGQGTKLEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS GNSQESVTEQ DSK DSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTHQGLSSPV TKSFNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PRIME
詳細: Low-pass limited refinement at 20 ? gave 16 ? using the FSC=0.143 criterion. Perhaps you should give low-pass limited refinement as an option given that it works as well as gold-standard ...詳細: Low-pass limited refinement at 20 ? gave 16 ? using the FSC=0.143 criterion. Perhaps you should give low-pass limited refinement as an option given that it works as well as gold-standard refinement for eliminating overfitting?
使用した粒子像数: 5587
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: PRIME (ver. 2.0)
詳細: Probabilistic projection matching using the PRIME algorithm
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: PRIME (ver. 2.0)
詳細: Probabilistic projection matching using the PRIME algorithm

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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