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- PDB-5hbu: Structure of the E. coli nucleoid occlusion protein SlmA bound to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hbu
タイトルStructure of the E. coli nucleoid occlusion protein SlmA bound to DNA and the C-terminal tail of the cytoskeletal cell division protein FtsZ
要素
  • DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*C)-3')
  • FtsZ CTT peptide
  • Nucleoid occlusion factor SlmA
キーワードCELL CYCLE/DNA / SlmA / nucleoid occlusion / FtsZ / cytokinesis / CELL CYCLE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein polymerization / division septum site selection / negative regulation of division septum assembly / divisome complex / bacterial nucleoid / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / protein polymerization / sequence-specific DNA binding ...negative regulation of protein polymerization / division septum site selection / negative regulation of division septum assembly / divisome complex / bacterial nucleoid / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / protein polymerization / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / GTPase activity / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoid occlusion factor SlmA / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ ...Nucleoid occlusion factor SlmA / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Cell division protein FtsZ / Nucleoid occlusion factor SlmA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Zeng, W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structures of the nucleoid occlusion protein SlmA bound to DNA and the C-terminal domain of the cytoskeletal protein FtsZ.
著者: Schumacher, M.A. / Zeng, W.
履歴
登録2016年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 1.22016年5月18日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoid occlusion factor SlmA
B: Nucleoid occlusion factor SlmA
C: Nucleoid occlusion factor SlmA
D: Nucleoid occlusion factor SlmA
E: Nucleoid occlusion factor SlmA
F: Nucleoid occlusion factor SlmA
G: Nucleoid occlusion factor SlmA
H: Nucleoid occlusion factor SlmA
W: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*C)-3')
Z: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*C)-3')
R: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*C)-3')
T: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*C)-3')
K: FtsZ CTT peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,96113
ポリマ－196,96113
非ポリマー00
水5,459303
1
A: Nucleoid occlusion factor SlmA
B: Nucleoid occlusion factor SlmA
C: Nucleoid occlusion factor SlmA
D: Nucleoid occlusion factor SlmA
W: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*C)-3')
Z: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,8696
ポリマ－97,8696
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11530 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area34200 Å2
手法PISA
2
E: Nucleoid occlusion factor SlmA
F: Nucleoid occlusion factor SlmA
G: Nucleoid occlusion factor SlmA
H: Nucleoid occlusion factor SlmA
R: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*C)-3')
T: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*C)-3')
K: FtsZ CTT peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,0927
ポリマ－99,0927
非ポリマー00
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12570 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area34050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.114, 158.893, 200.201
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Nucleoid occlusion factor SlmA / Protein Ttk / Synthetically lethal with a defective Min system protein A


分子量: 22636.059 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 7-198 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: slmA, ttk, yicB, b3641, JW5641 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C093
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*C)-3')


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質・ペプチド FtsZ CTT peptide


分子量: 1223.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P0A9A6*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.3 M NaCl, 0.1 M TRis pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→100.1 Å / Num. obs: 67564 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2 % / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GCL

4gcl


解像度: 2.6→100.1 Å / FOM work R set: 0.7687 / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.18 / 位相誤差: 29.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2698 2000 2.88 %
Rwork0.2262 128371 -
obs0.2275 67564 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.633 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 222.48 Å2 / Biso mean: 55.46 Å2 / Biso min: 1.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.134 Å20 Å2-0 Å2
2--23.4457 Å20 Å2
3----15.3117 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→100.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12435 972 0 303 13710
Biso mean---40.59 -
残基数----1580
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313684
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5918596
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0382115
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5925370
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.69290.38743850.319127651315099
2.6929-2.80080.36563790.30381288213261100
2.8008-2.92820.38743840.29651283413218100
2.9282-3.08260.35153830.27081285113234100
3.0826-3.27580.27943750.24751287613251100
3.2758-3.52870.28393820.22631289013272100
3.5287-3.88380.26663740.21531288613260100
3.8838-4.44580.23153850.18081281613201100
4.4458-5.60120.21323750.1835128321320799
5.6012-100.17470.20723870.2046127391312699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.01010.0074-0.0358-0.0166-0.00750.0087-0.00460.0757-0.2235-0.04660.4150.3852-0.20810.2731-0-0.1360.1760.70510.5654-0.4031-1.31129.3401-34.309267.3068
20.00160.0019-0.01260.00410.0011-00.2204-0.06550.2337-0.0380.42930.17960.11050.2880-0.34220.7341-0.1441-0.4147-0.06270.06436.1606-44.409583.2595
3-0.0401-0.0695-0.0359-0.02220.02030.00850.0014-0.4059-0.80060.2039-0.1423-0.10460.2924-0.113200.261.0470.1456-0.7249-0.7088-0.17133.9139-57.653887.2041
4-0.00130.0160.00240.01330.01670.01480.2744-0.15960.2840.0790.07140.13460.11950.1112-00.29570.0884-0.02730.15380.00810.1229-2.5128-42.173190.6947
50-0.002-0.0012-0.0030.0014-0.0008-0.0069-0.0060.0006-0.03520.01960.04460.0041-0.011100.9541-0.01060.11751.2883-0.00661.087-36.581-38.306763.9527
60.00730.00940.0174-0.0039-0.01220.02260.08220.03280.0566-0.15580.051-0.14810.0436-0.10600.36290.03620.02741.1248-0.09490.2812-22.4635-39.125365.9723
70.0606-0.04450.002-0.0277-0.04380.00340.1585-0.0194-0.0086-0.0863-0.38080.03160.0354-0.380400.3137-0.09890.04430.3123-0.06210.2335-19.6016-41.498588.1655
80.0297-0.00440.0096-0.00080.00880.00430.1045-0.2178-0.0873-0.02130.02630.01150.1043-0.0401-00.452-0.02510.00620.16720.01780.3029-10.7417-48.880390.3298
90.0347-0.0027-0.0165-0.01110.01520.01890.0307-0.1542-0.6959-0.05060.1044-0.082-0.132-0.284900.1670.04320.09030.2317-0.0551-0.2274-9.7278-34.392733.9581
100.0418-0.0533-0.029-0.0077-0.00140.0233-0.1183-0.09740.0765-0.01810.00740.1239-0.0427-0.038-00.05090.0256-0.0180.046-0.020.0838-5.5566-45.673118.3
11-0.01420.00220.015-0.00310.0101-0.0045-0.22780.0554-0.18740.1829-0.02980.0015-0.04380.018800.0617-0.1848-0.0228-0.6581-0.08510.1214-5.4152-60.35039.3255
120.047-0.01540.02530.0164-0.0093-0.02770.0262-0.0753-0.0101-0.11670.023-0.04150.3058-0.1644-0-0.46040.4244-0.0081-0.36940.00980.13493.0613-45.19249.0046
13-0.0022-0.02080.02960.023-0.00070.0004-0.0255-0.1064-0.05460.0722-0.06210.25190.05130.189200.2323-0.0465-0.02760.8594-0.11130.089322.7193-37.120537.996
140.02120.0534-0.0206-0.01960.01610.020.0195-0.4662-0.207-0.2075-0.13930.0273-0.19780.40320-0.0269-0.0293-0.0366-0.0584-0.04810.070420.6319-39.96816.8772
15-0.0034-0.0029-0.0051-0.01870.0056-0.0012-0.03940.04060.09380.2550.02830.2204-0.1219-0.04520-0.4611-0.27560.0715-0.0650.04060.031820.8258-39.4278-3.6619
160.0534-0.0153-0.0088-0.00950.0306-0.0055-0.01330.0525-0.0344-0.17380.04080.1507-0.19490.09160-1.3246-0.5445-0.0021-0.44210.02390.083211.6383-48.477110.52
170.0013-0.0033-0.0012-0.00130.0002-0.00040.0168-0.0055-0.01970.01480.0028-0.05090.02120.025200.6051-0.1481-0.03680.62550.02050.657917.74276.338950.0523
18-0.00940.005-0.0135-0.0028-0.0010.0016-0.15970.02110.04160.02140.03930.008-0.14320.0248-00.2851-0.01120.03010.0979-0.06280.21196.75078.659246.5759
190.06810.05770.0885-0.0143-0.04810.05590.0452-0.1716-0.0253-0.0559-0.00220.0835-0.01660.2596-00.16430.0492-0.01680.1735-0.08240.18323.6418-7.665966.6011
200.01210.0012-0.0052-0.0004-0.00120.00990.1160.0290.10310.04880.02620.02130.0695-0.032600.18940.00120.02590.4684-0.12130.1988-1.705-2.088679.1042
210.00660.02040.00540.0077-0.01670.0053-0.05070.0701-0.1672-0.03540.112-0.12810.0947-0.2281-00.1750.010.00750.61160.04760.094-22.93461.762245.2958
220.01620.0037-0.0306-0.0049-0.00240.00470.05360.023-0.1407-0.0238-0.0471-0.10550.0024-0.173100.18530.02970.00430.2078-0.08210.1606-24.6119-4.345370.4291
230.0242-0.0393-0.0265-0.0387-0.0407-0.0018-0.2348-0.15980.0208-0.2254-0.10640.0886-0.1040.0064-00.22430.05640.01750.1968-0.08220.2087-17.32564.328569.8567
240.032-0.0096-0.01230.0093-0.01890.00590.0642-0.1908-0.2640.0417-0.1808-0.0191-0.1058-0.024200.05550.06210.0348-0.0439-0.15510.0281-11.6618-7.952272.6342
250.00610.00150.01170.00770.01720.0090.032-0.0020.01010.05730.123-0.1183-0.1812-0.1098-00.2720.05360.02240.46210.03410.2255-9.27177.029917.5284
260.07280.027-0.0448-0.09610.10570.0314-0.01140.0514-0.010.1258-0.02160.13690.04930.006900.0137-0.08830.0322-0.09170.11330.0492-5.9265-7.99372.5912
27-0.00130.01630.0227-0.00050.012-0.0091-0.0341-0.0006-0.13370.09990.144-0.0907-0.07030.02600.1649-0.0208-0.01440.17140.040.26950.7308-15.5063-7.9797
280.0088-0.0023-0.00430.008-0.01420.0017-0.00480.1024-0.08490.1693-0.0449-0.0078-0.2655-0.0138-00.2036-0.0076-0.0240.27790.06560.20452.0156-2.7835-11.5125
290.00870.00840.01560.01890.00390.0066-0.0405-0.09760.04630.0210.06460.10560.1950.210300.158-0.00660.01180.1844-0.05110.157923.53211.311618.2589
300.0375-0.00270.001-0.0101-0.01010.02670.06080.08480.02320.0291-0.0871-0.0468-0.03680.3002-00.1075-0.0177-0.00150.01150.07390.255920.2373-2.4122-1.5209
310.001-0.0035-0.00440.0005-0.00250.0029-0.15460.03710.01810.1226-0.01250.0155-0.06460.00300.1874-0.0735-0.01250.4070.08150.232520.806-1.1235-21.0819
320.0436-0.00840.00920.02290.03190.00850.02580.1098-0.12990.079-0.07270.0439-0.18760.0361-00.05860.0025-0.00960.10480.03720.183811.6579-10.2144-6.8459
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 9:73)A9 - 73
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 74:120)A74 - 120
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 121:157)A121 - 157
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 158:198)A158 - 198
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 3:14)B3 - 14
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 15:72)B15 - 72
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 73:148)B73 - 148
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 149:198)B149 - 198
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 9:68)C9 - 68
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 69:129)C69 - 129
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 130:149)C130 - 149
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 150:198)C150 - 198
13X-RAY DIFFRACTION13(chain D and resid 10:59)D10 - 59
14X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 60:134)D60 - 134
15X-RAY DIFFRACTION15(chain D and resid 135:149)D135 - 149
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 150:198)D150 - 198
17X-RAY DIFFRACTION17(chain E and resid 9:17)E9 - 17
18X-RAY DIFFRACTION18(chain E and resid 18:56)E18 - 56
19X-RAY DIFFRACTION19(chain E and resid 57:179)E57 - 179
20X-RAY DIFFRACTION20(chain E and resid 180:198)E180 - 198
21X-RAY DIFFRACTION21(chain F and resid 10:63)F10 - 63
22X-RAY DIFFRACTION22(chain F and resid 64:106)F64 - 106
23X-RAY DIFFRACTION23(chain F and resid 107:149)F107 - 149
24X-RAY DIFFRACTION24(chain F and resid 150:198)F150 - 198
25X-RAY DIFFRACTION25(chain G and resid 9:56)G9 - 56
26X-RAY DIFFRACTION26(chain G and resid 57:137)G57 - 137
27X-RAY DIFFRACTION27(chain G and resid 138:176)G138 - 176
28X-RAY DIFFRACTION28(chain G and resid 177:198)G177 - 198
29X-RAY DIFFRACTION29(chain H and resid 9:68)H9 - 68
30X-RAY DIFFRACTION30(chain H and resid 69:134)H69 - 134
31X-RAY DIFFRACTION31(chain H and resid 135:149)H135 - 149
32X-RAY DIFFRACTION32(chain H and resid 150:198)H150 - 198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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