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- PDB-5k58: Structure of the K. pneumonia SlmA-DNA complex bound to the C-ter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k58
タイトルStructure of the K. pneumonia SlmA-DNA complex bound to the C-terminal of the cell division protein FtsZ
要素
  • DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*C)-3')
  • Nucleoid occlusion factor SlmA
  • Octapeptide
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / SlmA / DNA / FtsZ / nucleoid occlusion / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum site selection / negative regulation of division septum assembly / negative regulation of protein polymerization / divisome complex / bacterial nucleoid / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / protein polymerization / sequence-specific DNA binding ...division septum site selection / negative regulation of division septum assembly / negative regulation of protein polymerization / divisome complex / bacterial nucleoid / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / protein polymerization / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / GTPase activity / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoid occlusion factor SlmA / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ ...Nucleoid occlusion factor SlmA / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nucleoid occlusion factor SlmA / Cell division protein FtsZ / Nucleoid occlusion factor SlmA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O139:H28 (大腸菌)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.772 Å
データ登録者Schumacher, M.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016
タイトル: Structures of the nucleoid occlusion protein SlmA bound to DNA and the C-terminal domain of the cytoskeletal protein FtsZ.
著者: Schumacher, M.A. / Zeng, W.
履歴
登録2016年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Nucleoid occlusion factor SlmA
F: Nucleoid occlusion factor SlmA
A: Nucleoid occlusion factor SlmA
B: Nucleoid occlusion factor SlmA
R: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*C)-3')
T: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*C)-3')
L: Octapeptide
K: Octapeptide
N: Octapeptide
M: Octapeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,09110
ポリマ－99,09110
非ポリマー00
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15940 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area36200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.800, 84.800, 161.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
Nucleoid occlusion factor SlmA


分子量: 21996.338 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 9-198 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (大腸菌)
株: E24377A / ETEC / 遺伝子: slmA, EcE24377A_4142 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7ZTJ2, UniProt: P0C093*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*C)-3')


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質・ペプチド
Octapeptide


分子量: 945.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: LEU-ASP-ILE-PRO-ALA-PHE-LEU-ARG / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P0A9A6*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 29% PEG 3000, 0.1 M Tris HCl pH 7.0, 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.36
反射解像度: 2.77→43.435 Å / Num. obs: 32384 / % possible obs: 98.15 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル最高解像度: 2.77 Å / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.772→43.435 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 39.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2675 2006 6.19 %
Rwork0.2466 --
obs0.2453 32384 98.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 112.88 Å2 / Biso mean: 57.21 Å2 / Biso min: 25.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.772→43.435 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6418 486 0 70 6974
Biso mean---47.88 -
残基数----814
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057046
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9239574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0331090
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041160
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1352762
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7794-2.84880.32831500.31182148229890
2.8488-2.92580.31261500.30082194234494
2.9258-3.01190.26011440.27012178232294
3.0119-3.1090.29151420.28072198234094
3.109-3.220.2781540.25842194234893
3.22-3.34890.2381460.21872200234694
3.3489-3.50110.21681400.20852188232894
3.5011-3.68550.40461360.35182078221488
3.6855-3.91610.49671390.45612033217289
3.9161-4.21790.25361270.24812128225590
4.2179-4.64130.18961400.17582198233894
4.6413-5.31070.18641450.17552214235994
5.3107-6.68210.21241430.20152175231894
6.6821-33.43180.1851480.1682192234094

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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