PDB-5haq: OXa-48 beta-lactamase mutant - S70G

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5haq

タイトル

OXa-48 beta-lactamase mutant - S70G

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / serine beta-lactamase

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Stojanoski, V. / Adamski, C.J. / Hu, L. / Mehta, S.C. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.G.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI32956	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI55449	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Removal of the Side Chain at the Active-Site Serine by a Glycine Substitution Increases the Stability of a Wide Range of Serine beta-Lactamases by Relieving Steric Strain.
著者: Stojanoski, V. / Adamski, C.J. / Hu, L. / Mehta, S.C. / Sankaran, B. / Zwart, P. / Prasad, B.V. / Palzkill, T.

履歴

登録	2015年12月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月29日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2025年4月2日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5haq.cif.gz	215.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5haq.ent.gz	172.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5haq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5haq_validation.pdf.gz	441.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5haq_full_validation.pdf.gz	443.5 KB	表示
XML形式データ	5haq_validation.xml.gz	24.4 KB	表示
CIF形式データ	5haq_validation.cif.gz	32.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/5haq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/5haq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5haiC 5hapC 5harC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6p96-d 5dts-2 4s2j-1 5dts-4 4s2k-1 4wmc-1 1389 6q5b-1 4s2k-2 5fat-d 5dtk-1 6v1o-2 6v1o-1 5fas-d 6goa-1 4s2p-d 5oe0-d 5hfo-d 6goa-2 5dtk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

56.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.660, 73.611, 106.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 27938.631 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-265 / 変異: S70G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, KPE71T_00045 / プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.67 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M sodium formate, 0.1M cadmium chloride, and 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.997 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月29日
放射	モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.997 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→60 Å / Num. obs: 32095 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.14→2.22 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 2.14→60 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.14 / 位相誤差: 23.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2113	1623	5.09 %	Random selection
R_work	0.184	-	-	-
obs	0.1854	32095	99.7 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14→60 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3944	0	10	191	4145

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4064
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.893	5481
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.391	2371
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	575
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	704

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.14-2.1734	0.3334	113	0.2777	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1734-2.2091	0.266	150	0.2675	2606	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2091-2.2472	0.2895	163	0.2541	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2472-2.288	0.3117	140	0.2491	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.288-2.332	0.3212	122	0.2437	2614	X-RAY DIFFRACTION	99
2.332-2.3796	0.2671	158	0.235	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3796-2.4314	0.2438	146	0.2168	2633	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4314-2.4879	0.2602	95	0.2101	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4879-2.5502	0.285	110	0.2141	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5502-2.6191	0.279	133	0.2132	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6191-2.6962	0.2364	160	0.2049	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6962-2.7832	0.2544	144	0.1847	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7832-2.8827	0.2187	140	0.1898	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8827-2.9981	0.2246	144	0.2009	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9981-3.1345	0.2265	154	0.201	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1345-3.2998	0.1737	144	0.178	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2998-3.5065	0.2214	176	0.1731	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5065-3.7772	0.1956	141	0.1581	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7772-4.1572	0.1865	95	0.1404	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1572-4.7586	0.1466	176	0.1369	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7586-5.9945	0.1747	138	0.1627	2574	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9945-60.0201	0.1638	144	0.1672	2616	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6843	0.0988	0.8283	0.0246	0.1313	1.0673	-0.1015	-0.2543	0.2777	0.2024	0.0879	0.0886	-0.1558	-0.4228	0.0089	0.3651	0.0327	0.0885	0.1899	-0.0123	0.3369	-21.5103	38.6746	-1.2088
2	0.3329	0.0157	-0.0531	0.325	0.0122	0.2649	0.2965	-0.0891	0.4172	0.1193	-0.1195	0.0756	-0.4907	0.1072	0.013	0.3526	0.041	0.0622	0.2448	-0.0075	0.2888	-15.592	36.6122	-8.7503
3	0.1966	0.2172	-0.1123	0.4011	0.1776	0.4356	0.1155	-0.097	-0.0026	-0.0258	-0.0433	-0.0593	-0.1966	0.1405	0.0044	0.2271	-0.02	0.0097	0.1813	-0.027	0.2026	-5.0804	29.7981	-5.5261
4	0.5921	0.1896	-0.0647	0.3035	0.195	0.1339	0.0583	-0.5317	-0.462	-0.0142	-0.2262	-0.0194	0.1893	0.0772	-0.0005	0.3573	-0.0097	0.0024	0.3995	0.1043	0.3394	-2.2079	6.7223	-4.8323
5	0.0375	0.0344	-0.0335	0.0731	0.0255	0.0854	0.0651	-0.2537	0.0467	-0.0605	0.0095	0.2241	0.3216	-0.0759	0	0.2756	-0.0511	0.0129	0.2363	0.0339	0.2899	-7.5018	9.4129	-6.195
6	0.5081	-0.367	-0.1995	0.3254	0.0724	0.2215	0.2453	-0.1928	0.0893	0.1209	-0.095	-0.0564	0.0071	0.2198	0.0007	0.217	-0.0322	-0.0263	0.2766	0.0116	0.2543	7.1047	19.454	-6.3752
7	1.0394	-0.4028	-0.416	0.2758	0.3191	0.5115	0.1607	-0.0107	0.1338	-0.0164	-0.1071	-0.1658	-0.03	0.0965	-0	0.256	-0.0523	0.0036	0.1911	0.0067	0.2388	-0.2112	26.6637	-9.8999
8	1.2462	-0.1227	-0.2818	0.1075	0.1011	0.0437	0.1211	-0.0649	-0.0313	0.0818	-0.0973	0.1406	-0.1424	-0.0608	0	0.2289	0.0004	0.0241	0.2206	-0.0089	0.2101	-16.3749	26.7654	-6.0068
9	0.2808	0.0621	-0.1095	0.1505	-0.1592	0.2156	0.2682	0.0791	-0.2281	0.169	-0.4263	0.3555	0.7541	-0.9288	-0.0201	0.4019	-0.3038	0.1099	0.8602	-0.117	0.7171	-32.4085	-5.1448	-23.7102
10	0.6273	-0.0067	-0.025	0.3596	-0.2833	0.2462	-0.3695	-0.0367	-0.1358	0.3296	-0.199	0.1851	0.5305	-0.6641	-0.1794	0.3772	-0.1006	0.0279	0.4266	-0.1253	0.4259	-22.9888	-2.7485	-24.2722
11	0.9737	-0.5085	-0.0609	0.8536	0.4736	0.6836	0.188	0.2899	-0.1567	-0.157	-0.3748	0.1412	-0.026	-0.5595	-0.0556	0.2399	-0.075	-0.051	0.3256	-0.1412	0.2413	-19.9326	4.3941	-34.7512
12	0.5444	0.0641	-0.2174	0.1407	-0.0267	0.5131	0.2231	0.4129	0.9968	-0.4688	-0.2716	-0.0824	-0.3653	0.0498	0.0491	0.4356	0.1424	-0.1413	0.2963	0	0.3928	-19.5612	27.627	-37.2711
13	0.1902	0.1504	-0.1229	0.1352	-0.1392	0.1069	0.1582	-0.0338	0.1376	0.1307	-0.2809	0.5688	-0.5007	-0.2631	-0.0181	0.3708	0.1633	-0.0561	0.3299	-0.0978	0.4301	-21.4064	24.7258	-32.0747
14	0.4889	0.1487	-0.0706	0.1501	0.1767	0.1777	-0.0577	0.4408	-0.2291	-0.3475	-0.1881	0.1179	-0.3657	-0.057	-0.0013	0.4304	0.0649	-0.0288	0.3723	0.0172	0.2701	-12.7809	15.5249	-44.3158
15	0.435	0.3143	-0.1587	0.2128	-0.0355	0.1879	0.1691	0.4092	-0.203	-0.5203	-0.2941	0.1281	-0.0636	-0.2244	-0.0001	0.4226	0.0962	-0.0717	0.3882	-0.0815	0.3064	-18.5771	7.3387	-44.7739
16	0.1251	0.1884	-0.0833	0.2425	-0.0226	0.2159	-0.0773	0.2115	-0.5124	-0.0824	-0.0311	-0.2699	0.1998	0.0887	0.0018	0.3155	0.0109	-0.0007	0.2484	-0.0408	0.338	-10.6604	3.9496	-30.5695
17	0.7846	0.1857	-0.5251	0.7402	0.6233	1.069	0.0894	0.0624	0.0016	-0.0039	-0.2513	0.1895	-0.0662	-0.3116	-0.0052	0.1854	0.0166	-0.0234	0.3426	-0.0652	0.2618	-21.3254	9.1354	-26.9613
18	0.1721	0.126	0.1191	0.468	0.5254	1.1631	0.0636	-0.3308	-0.081	0.1585	-0.2458	0.7415	-0.1973	-0.9503	-0.1216	0.2359	-0.1063	0.0611	0.8076	-0.1738	0.5134	-30.6222	5.2573	-20.8303

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 52 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 53 through 83 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 84 through 105 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 106 through 119 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 120 through 142 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 143 through 194 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 195 through 265 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 25 through 38 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 39 through 52 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 53 through 83 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 84 through 105 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 106 through 119 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 120 through 141 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 142 through 165 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 166 through 184 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 185 through 243 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 244 through 265 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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