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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5haa | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mpy-RNase J, an archaeal RNase J from Methanolobus psychrophilus R15 | ||||||
要素 | Ribonuclease J | ||||||
キーワード | HYDROLASE / exoribonuclease / beta-CASP / MBL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 5'-3' RNA exonuclease activity / RNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanolobus psychrophilus R15 (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.904 Å | ||||||
データ登録者 | Feng, N. / Li, D.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Molecular insights into catalysis and processive exonucleolytic mechanisms of prokaryotic RNase J revealing striking parallels with that of eukaryotic Xrn1 著者: Zheng, X. / Feng, N. / Li, D.F. / Li, J. / Dong, X.Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5haa.cif.gz | 374.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5haa.ent.gz | 312 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5haa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/5haa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/5haa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52180.453 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-448 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanolobus psychrophilus R15 (古細菌) 遺伝子: rnj, Mpsy_0886 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: K4MAF9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.25 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: The crystal was grown in the solution containing 2M (NH4)2SO4 and 2%-5% glycerol. PH範囲: 7.0-8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月23日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 31664 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 39 % / Biso Wilson estimate: 92.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 38.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 41.1 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3ZQ4 解像度: 2.904→39.033 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.68 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.904→39.033 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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