PDB-5haa: Crystal structure of mpy-RNase J, an archaeal RNase J from Methan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5haa

タイトル

Crystal structure of mpy-RNase J, an archaeal RNase J from Methanolobus psychrophilus R15

要素

Ribonuclease J

キーワード

HYDROLASE / exoribonuclease / beta-CASP / MBL

機能・相同性

機能・相同性情報

5'-3' RNA exonuclease activity / RNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanolobus psychrophilus R15 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.904 Å

データ登録者

Feng, N. / Li, D.F.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular insights into catalysis and processive exonucleolytic mechanisms of prokaryotic RNase J revealing striking parallels with that of eukaryotic Xrn1
著者: Zheng, X. / Feng, N. / Li, D.F. / Li, J. / Dong, X.Z.

履歴

登録	2015年12月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5haa.cif.gz	374.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5haa.ent.gz	312 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5haa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5haa_validation.pdf.gz	466.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5haa_full_validation.pdf.gz	496.5 KB	表示
XML形式データ	5haa_validation.xml.gz	36 KB	表示
CIF形式データ	5haa_validation.cif.gz	47.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/5haa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/5haa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5habC 3zq4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	10208 6loi-d 2zeg-3 4k81-d 4761 3zur-d 2nt1-d 4fme-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonuclease J

B: Ribonuclease J

ヘテロ分子

105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease J

B: Ribonuclease J

ヘテロ分子

A: Ribonuclease J

B: Ribonuclease J

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
211 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.508, 162.508, 180.659
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

#1: タンパク質	Ribonuclease J / RNase J 分子量: 52180.453 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-448 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanolobus psychrophilus R15 (古細菌) 遺伝子: rnj, Mpsy_0886 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: K4MAF9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.25 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: The crystal was grown in the solution containing 2M (NH4)2SO4 and 2%-5% glycerol. PH範囲: 7.0-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月23日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 31664 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 39 % / B_iso Wilson estimate: 92.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 38.3
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 41.1 % / R_merge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1980	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ZQ4

3zq4

解像度: 2.904→39.033 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2737	1994	6.42 %	Random selection
R_work	0.2375	-	-	-
obs	0.2399	31041	98.08 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.904→39.033 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7062	0	49	2	7113

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7229
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.305	9786
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.072	2687
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	1115
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1267

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9037-2.9763	0.3644	138	0.3418	2005	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9763-3.0567	0.2998	140	0.3107	2044	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0567-3.1466	0.3654	142	0.3079	2068	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1466-3.2481	0.3713	143	0.3145	2087	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2481-3.3642	0.3142	141	0.293	2038	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3642-3.4988	0.3397	142	0.2745	2064	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4988-3.6579	0.3008	142	0.2557	2072	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6579-3.8506	0.293	145	0.2448	2094	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8506-4.0916	0.267	143	0.2467	2087	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0916-4.4071	0.2284	144	0.2391	2091	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4071-4.8499	0.271	143	0.1992	2087	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8499-5.55	0.2596	144	0.2264	2106	X-RAY DIFFRACTION	99
5.55-6.9859	0.3069	145	0.2559	2114	X-RAY DIFFRACTION	97
6.9859-39.0367	0.2202	142	0.1926	2090	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2506	-1.7703	-1.2614	4.4488	1.0968	4.0545	-0.202	0.6788	-0.1898	-0.8588	-0.1349	-0.2993	0.0333	0.6664	0.2728	1.0721	-0.2992	0.4187	0.9351	-0.0802	1.0756	-11.4111	71.9058	-39.1961
2	3.0199	1.1999	0.3729	3.5822	0.465	2.4207	-0.0432	0.1566	-0.6356	-0.622	0.1618	-0.6723	0.6146	0.2699	-0.0802	1.0512	-0.1606	0.2682	0.7932	-0.0323	0.9306	-23.0747	57.3143	-29.4673
3	2.6565	0.5753	-1.7209	0.8365	-0.5959	2.4282	0.2547	-1.1401	0.1317	-0.0257	-0.1986	0.0116	-0.0018	0.2131	-0.0515	0.9475	-0.2674	-0.1394	1.0508	0.1272	0.8182	-70.555	43.958	-17.832
4	5.5995	-2.3097	-1.0417	4.5854	-1.5327	4.7587	-0.2709	-1.9887	0.9974	1.5545	-0.0488	0.0085	-0.4843	-0.4694	0.4337	1.4325	-0.3843	-0.1158	1.6563	0.2119	1.1606	-56.0673	51.6458	4.2803
5	6.9043	-0.3797	0.0002	5.8475	-1.3801	2.5848	-0.3777	-2.0324	0.1682	1.0366	0.2723	0.7283	0.0337	-1.1203	0.3151	1.2365	-0.4674	-0.0251	1.8695	0.4484	1.0339	-58.4645	46.4474	4.6839
6	3.6345	0.2566	-0.2636	4.1793	-0.5721	2.1015	0.0683	-1.0523	-0.9586	0.4459	-0.0717	-0.2284	1.5191	0.2098	1.451	1.2579	-0.455	-0.1419	1.1278	0.6817	1.2301	-49.6126	35.825	-4.3049
7	4.3415	0.4106	0.4666	1.8521	0.8433	2.6237	0.5369	-0.6169	-0.5832	-0.0668	-0.2459	-0.6916	0.6415	0.2822	-0.1184	0.9158	-0.2558	-0.1021	0.9709	0.4331	1.061	-32.6108	49.194	-10.4468
8	3.2587	1.6377	-0.2851	3.4303	0.0742	2.9927	0.5181	-1.6468	-1.5653	0.9153	-0.1573	-0.6441	0.4359	0.5043	-0.0608	1.105	-0.1947	-0.25	1.6484	0.5831	1.3935	-27.546	43.785	3.2988
9	3.6871	0.0658	-0.202	6.2397	1.176	3.8945	0.0887	-1.2611	-0.4659	1.5791	0.2122	-0.4212	-0.1482	0.9728	-0.3327	1.2392	-0.3339	-0.2068	1.8668	0.3085	1.1275	-25.3439	53.7113	7.0807
10	2.7216	0.3905	-0.1773	2.1455	1.0002	2.9741	-0.0259	-0.5424	0.449	-0.1942	0.2154	0.0049	-0.7328	0.3468	0.0407	0.8949	-0.2814	-0.1036	1.1405	0.1804	0.938	-31.4776	62.1653	-4.2641
11	2.5591	-1.0785	0.0357	5.0847	1.4769	3.0901	0.2565	0.0234	-0.4	0.0135	-0.2628	0.2796	0.6991	-0.6835	0.0656	0.9181	-0.4987	-0.1529	0.8535	0.2286	0.8423	-58.1615	48.0785	-18.4672

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 143 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 144 through 447 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid -13 through 18 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 19 through 52 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 53 through 105 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 106 through 198 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 199 through 248 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 249 through 282 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 283 through 358 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 359 through 390 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 391 through 448 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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