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万見
- PDB-5ha6: Crystal structure of human syncytin-1 fusion subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ha6
タイトルCrystal structure of human syncytin-1 fusion subunit
要素Syncytin-1
キーワードCELL ADHESION / glycoprotein / human / fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


syncytium formation by plasma membrane fusion / syncytium formation / myoblast fusion / anatomical structure morphogenesis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ENV polyprotein (coat polyprotein) / TLV/ENV coat polyprotein / Helix Hairpins - #210 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.0006 Å
データ登録者Aydin, H. / Lee, J.E.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)CIHR MOP-115066 カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and functional characterization of the human Syncytin 1 fusion protein
著者: Aydin, H. / Thavalingam, A. / Bikopoulos, G. / Sultana, A. / Lee, J.E.
履歴
登録2015年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Syncytin-1
B: Syncytin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7074
ポリマ－26,6362
非ポリマー712
水1,31573
1
A: Syncytin-1
ヘテロ分子

A: Syncytin-1
ヘテロ分子

A: Syncytin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0606
ポリマ－39,9543
非ポリマー1063
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area9450 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area12730 Å2
手法PISA
2
B: Syncytin-1
ヘテロ分子

B: Syncytin-1
ヘテロ分子

B: Syncytin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0606
ポリマ－39,9543
非ポリマー1063
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area8320 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area11340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.118, 48.118, 378.911
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

CL

21B-501-

CL

31A-638-

HOH

41A-666-

HOH

詳細Trimer determined by size exclusion chromatography

-
要素

#1: タンパク質 Syncytin-1 / Endogenous retrovirus group W member 1 / Env-W / Envelope polyprotein gPr73 / Enverin / HERV-7q ...Endogenous retrovirus group W member 1 / Env-W / Envelope polyprotein gPr73 / Enverin / HERV-7q Envelope protein / HERV-W envelope protein / HERV-W_7q21.2 provirus ancestral Env polyprotein / Syncytin


分子量: 13317.877 Da / 分子数: 2 / 変異: C405S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERVW-1, ERVWE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UQF0
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 22.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 5% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Sodium Acetate-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.84592 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.84592 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→42.1 Å / Num. obs: 12052 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 20.9 / Num. measured all: 126807
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2-2.058.80.751372028220.780.25796.1
8.95-42.18.10.0354.214531800.9990.0199.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.8データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JF3

4jf3


解像度: 2.0006→41.422 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2331 576 4.78 %random selection
Rwork0.1988 11466 --
obs0.2005 12042 99.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 155.21 Å2 / Biso mean: 43.2713 Å2 / Biso min: 13.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.0006→41.422 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1317 0 2 73 1392
Biso mean--38.03 39.6 -
残基数----172
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131334
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2661798
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053212
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006238
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.815497
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0006-2.20190.23361390.18452765290499
2.2019-2.52050.23031330.181928332966100
2.5205-3.17540.2481500.208328533003100
3.1754-41.43050.22751540.202330153169100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1373-0.0745-0.05130.97050.80125.3874-0.0754-0.0893-0.04750.1-0.04820.03640.046-0.31360.14990.1511-0.00760.01170.14340.01480.213519.2009-12.81345.8834
22.7286-1.068-2.71531.86421.82943.109-0.0260.1835-0.3563-0.2269-0.0579-0.03820.503-0.28670.21240.2837-0.0125-0.01460.2406-0.02340.275822.8816-24.8589-12.91
32.5406-0.5959-0.44864.58663.24528.0011-0.1648-0.29570.00190.4459-0.13050.21470.2608-0.78390.4040.1821-0.00920.02710.2912-0.00340.257411.9457-16.342121.1999
41.76450.43-0.16831.9912-0.65740.4421-0.3178-0.36230.1980.42080.0444-0.169-0.46860.4265-0.08110.630.0888-0.06010.6431-0.00460.3065.24630.812651.6148
56.69812.28682.77313.7146-3.08026.6795-0.867-0.0795-0.0622-0.29690.1980.41573.62630.30640.59160.97210.1043-0.05070.6230.11810.541.6089-9.155170.9838
63.40882.9621-0.78846.4103-1.97375.2601-0.6851-0.5252-0.35660.1520.1569-0.79320.1451-0.21740.56670.52140.13190.00240.54470.02030.333511.0164-4.932141.6041
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 395 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 396 through 410 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 411 through 434 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 388 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 389 through 410 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 411 through 434 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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