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- PDB-5h9u: Crystal structure of a thermostable methionine adenosyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h9u
タイトルCrystal structure of a thermostable methionine adenosyltransferase
要素S-adenosylmethionine synthase
キーワードTRANSFERASE / tetramer / complex / methionine adenosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain ...GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain / S-adenosylmethionine synthase signature 1. / S-adenosylmethionine synthase signature 2. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-adenosylmethionine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.667 Å
データ登録者Feng, Y. / Wang, W.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31400635 中国
Beijing Natural Science Foundation5154031 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a thermostable methionine adenosyltransferase
著者: Feng, Y. / Wang, W.
履歴
登録2015年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: S-adenosylmethionine synthase
A: S-adenosylmethionine synthase
B: S-adenosylmethionine synthase
D: S-adenosylmethionine synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,7894
ポリマ－180,7894
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12930 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area53950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)230.024, 77.053, 96.792
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
S-adenosylmethionine synthase / AdoMet synthase / MAT / Methionine adenosyltransferase


分子量: 45197.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
株: HB27 / 遺伝子: metK, TT_C1279 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72I53, methionine adenosyltransferase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.01M Iron chloride hexahydrate, 0.1M Sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.6, 10% Jeffamine M-600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.667→43.2397 Å / Num. obs: 44867 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 11.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PHASER位相決定
HKL-2000データ収集
精密化解像度: 2.667→43.2397 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 24.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2327 2264 5.05 %
Rwork0.1729 --
obs0.1759 44810 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.667→43.2397 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12140 0 0 0 12140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00612380
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25616832
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.154644
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521932
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072196
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6671-2.72510.29041200.21542496X-RAY DIFFRACTION95
2.7251-2.78850.29041370.20462640X-RAY DIFFRACTION100
2.7885-2.85820.27441460.20352690X-RAY DIFFRACTION100
2.8582-2.93540.28211360.20512624X-RAY DIFFRACTION100
2.9354-3.02180.30061270.20862711X-RAY DIFFRACTION100
3.0218-3.11930.28521480.21962617X-RAY DIFFRACTION100
3.1193-3.23070.25941690.18732624X-RAY DIFFRACTION100
3.2307-3.36010.24631410.17592663X-RAY DIFFRACTION100
3.3601-3.51290.2251320.17262660X-RAY DIFFRACTION100
3.5129-3.6980.27241420.17152672X-RAY DIFFRACTION100
3.698-3.92960.23581230.16482676X-RAY DIFFRACTION100
3.9296-4.23270.21381430.15592668X-RAY DIFFRACTION100
4.2327-4.65830.20331470.14642680X-RAY DIFFRACTION100
4.6583-5.33130.18131620.14512670X-RAY DIFFRACTION100
5.3313-6.71280.24021470.18532693X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 450.7248 Å / Origin y: -42.6442 Å / Origin z: 104.0213 Å
111213212223313233
T0.1205 Å20.0411 Å2-0.0157 Å2-0.0579 Å2-0.0451 Å2--0.0848 Å2
L0.345 °20.0403 °20.0022 °2-0.6065 °2-0.3664 °2--0.4241 °2
S0.0092 Å °0.011 Å °0.0134 Å °-0.0461 Å °0.0633 Å °0.1533 Å °-0.009 Å °-0.0921 Å °0.0185 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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