PDB-5h9k: Crystal of a leukotriene-binding salivary lipocalin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h9k

タイトル

Crystal of a leukotriene-binding salivary lipocalin

要素

Lipocalin AI-4

キーワード

PROTEIN BINDING / lipocalin / Rhodnius prolixus / ligand-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated perturbation of host defenses / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodnius prolixus (カメムシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.352 Å

データ登録者

Andersen, J.F. / Jablonka, W.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure and Ligand-Binding Mechanism of a Cysteinyl Leukotriene-Binding Protein from a Blood-Feeding Disease Vector.
著者: Jablonka, W. / Pham, V. / Nardone, G. / Gittis, A. / Silva-Cardoso, L. / Atella, G.C. / Ribeiro, J.M. / Andersen, J.F.

履歴

登録	2015年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月27日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h9k.cif.gz	74.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h9k.ent.gz	57.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h9k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5h9k_validation.pdf.gz	411.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5h9k_full_validation.pdf.gz	411.2 KB	表示
XML形式データ	5h9k_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	5h9k_validation.cif.gz	14.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/5h9k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/5h9k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5h9lC 5h9nC 5ha0C 5haeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5h9l-d 2rkq-d 4orr-d 2wfi-d 4k7i-3 6qpe-d 2h57-2 2qxu-1 4hpb-d 3o19-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipocalin AI-4

16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.130, 58.700, 35.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.780, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Lipocalin AI-4 分子量: 16904.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / プラスミド: pET17b / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q7YT09
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.79 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 30 % PEG 6000 / PH範囲: 7-8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.35→33 Å / Num. obs: 28694 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 9.33 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.035 / R_rim(I) all: 0.039 / Χ²: 1.018 / Net I/σ(I): 30.48 / Num. measured all: 152423

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.35-1.39		0.985	0.121	10.69	8412	2154	1999	0.136	92.8
1.39-1.43		0.992	0.109	13.97	11286	2136	2075	0.121	97.1
1.43-1.47		0.993	0.095	16.15	10867	2046	1992	0.105	97.4
1.47-1.51		0.995	0.08	18.75	10367	1962	1912	0.088	97.5
1.51-1.56		0.996	0.07	21.17	10246	1924	1890	0.077	98.2
1.56-1.62		0.997	0.061	23.64	10006	1892	1841	0.068	97.3
1.62-1.68		0.997	0.056	26.03	9714	1818	1785	0.062	98.2
1.68-1.75		0.998	0.05	28.64	9156	1710	1691	0.055	98.9
1.75-1.82		0.998	0.045	31.86	8888	1664	1644	0.05	98.8
1.82-1.91		0.998	0.039	35.53	8439	1592	1565	0.044	98.3
1.91-2.02		0.998	0.036	39.92	8069	1538	1513	0.04	98.4
2.02-2.14		0.999	0.033	42.05	7533	1420	1398	0.036	98.5
2.14-2.29		0.999	0.032	43.42	7139	1356	1333	0.036	98.3
2.29-2.47		0.999	0.032	44.64	6649	1264	1243	0.035	98.3
2.47-2.7		0.999	0.03	46.32	6131	1154	1138	0.033	98.6
2.7-3.02		0.999	0.029	48.31	5494	1046	1028	0.032	98.3
3.02-3.49		0.998	0.027	50.84	4987	945	924	0.03	97.8
3.49-4.28		0.998	0.028	51.09	4072	789	771	0.032	97.7
4.28-6.05		0.998	0.029	51.68	3220	619	610	0.033	98.5
	6.05	0.997	0.028	50.04	1748	353	342	0.032	96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.352→32.947 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.55 / 位相誤差: 17.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1801	1447	5.08 %
R_work	0.1604	27021	-
obs	0.1614	28468	97.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.46 Å² / B_iso mean: 14.9768 Å² / B_iso min: 3.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.352→32.947 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1170	0	0	209	1379
B_iso mean	-	-	-	26.41	-
残基数	-	-	-	-	154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1218
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.085	1651
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	182
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	216
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.399	438

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.352-1.4003	0.1953	135	0.1822	2559	2694	92
1.4003-1.4564	0.2051	138	0.179	2663	2801	96
1.4564-1.5227	0.1797	151	0.1706	2661	2812	97
1.5227-1.603	0.169	134	0.1603	2702	2836	97
1.603-1.7034	0.1959	142	0.1658	2694	2836	97
1.7034-1.8349	0.1994	130	0.1672	2746	2876	99
1.8349-2.0195	0.1897	165	0.1596	2731	2896	98
2.0195-2.3117	0.1732	146	0.152	2723	2869	98
2.3117-2.9122	0.1976	144	0.1673	2763	2907	99
2.9122-32.957	0.1591	162	0.1499	2779	2941	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4983	0.7434	-0.9085	2.2167	0.7696	1.6213	0.006	0.3008	-0.0452	-0.1854	-0.0124	-0.0489	-0.0903	-0.0791	0.0079	0.1148	0.0373	-0.0142	0.1235	-0.0139	0.0469	1.3988	23.1671	4.7745
2	0.359	-0.4143	-0.4363	1.2201	-0.0239	2.0078	-0.0548	-0.1642	0.1244	0.1429	0.1189	-0.1482	-0.0586	0.0957	0.0104	0.0526	0.003	-0.0097	0.0673	-0.0313	0.0786	1.2943	24.9546	22.1159
3	3.9361	-0.1832	1.6426	4.0395	0.3369	5.3279	0.069	0.0282	0.142	0.0669	-0.0399	-0.0774	-0.2439	0.1863	0.0048	0.0601	-0.011	0.0258	0.0464	-0.0199	0.0712	-1.5616	34.4137	17.6102
4	3.3094	-1.3263	-1.4248	4.123	2.542	7.6423	0.148	0.1822	0.034	-0.2185	-0.3047	0.0817	-0.3871	-0.4891	0.1544	0.0484	-0.0388	0.03	0.067	0.0127	0.0624	2.9176	33.2971	7.6967
5	1.1548	1.8867	1.1985	5.9586	3.4329	2.1665	0.055	-0.0127	-0.0161	-0.0609	0.0088	-0.1867	-0.1409	0.053	-0.0674	0.0749	-0.0074	0.0122	0.0579	-0.0017	0.0736	4.9243	32.9348	11.8553
6	7.6891	3.7357	-0.1844	3.6393	-0.1956	1.2496	0.0602	0.1369	-0.1687	-0.0044	-0.0506	-0.3162	-0.1128	0.1419	-0.0042	0.0811	-0.0021	-0.0052	0.0744	-0.0157	0.0648	5.7533	25.4544	12.1355
7	1.6541	-0.4604	-0.2432	2.4152	0.7606	1.6207	-0.0618	-0.0483	-0.1168	0.1014	0.0183	-0.0377	0.2036	0.0014	0.043	0.0681	0.0037	-0.0011	0.0425	0.002	0.0483	0.6562	16.0947	18.2377

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 26 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 45 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 46 through 62 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 63 through 77 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 78 through 100 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 101 through 120 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 121 through 155 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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