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- PDB-2rkq: Crystal structure of drosophila peptidoglycan recognition protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rkq
タイトルCrystal structure of drosophila peptidoglycan recognition protein SD (PGRP-SD)
要素Peptidoglycan-recognition protein-SD
キーワードIMMUNE SYSTEM / innate immunity / Toll / pattern recognition / PGRP / Drosophila / Glycoprotein / Immune response / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of peptidoglycan recognition protein signaling pathway / detection of peptidoglycan / peptidoglycan binding / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / extracellular space / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan recognition protein, PGRP-S / Peptidoglycan recognition protein family domain, metazoa/bacteria / Peptidoglycan recognition protein / Animal peptidoglycan recognition proteins homologous to Bacteriophage T3 lysozyme. / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily ...Peptidoglycan recognition protein, PGRP-S / Peptidoglycan recognition protein family domain, metazoa/bacteria / Peptidoglycan recognition protein / Animal peptidoglycan recognition proteins homologous to Bacteriophage T3 lysozyme. / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidoglycan-recognition protein SD
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Roussel, A. / Royet, J. / Leone, P. / Kellenberger, C.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of Drosophila PGRP-SD suggests binding to DAP-type but not lysine-type peptidoglycan
著者: Leone, P. / Bischoff, V. / Kellenberger, C. / Hetru, C. / Royet, J. / Roussel, A.
履歴
登録2007年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan-recognition protein-SD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4161
ポリマ－18,4161
非ポリマー00
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.559, 57.438, 71.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan-recognition protein-SD


分子量: 18415.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: PGRP-SD / Plasmid details: Drosophila Expression System (Invitrogen) / Cell (発現宿主): Schneider cells
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VS97
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE IS BASED ON REFERENCE 1 IN THE DATABASE, PGPSD _DROME. A32VAL AND A59ARG ARE VARIENTS ...THE SEQUENCE IS BASED ON REFERENCE 1 IN THE DATABASE, PGPSD _DROME. A32VAL AND A59ARG ARE VARIENTS OF PGPSD_DROME. THE SEQUENCE COMPRISING THE SIGNAL PEPTIDE AND THE C-TERMINAL EXTENSION IS: MTWIGLLIVGLTAIAVQGEVPIVTRAEWNAKPPNGAIDSMETPLPRAVIAHTAGGACAD DVTCSQHMQNLQNFQMSKQKFSDIGYHYLIGGNGKVYEGRSPSQRGAFAGPNNDGSLGI AFIGNFEERAPNKEALDAAKELLEQAVKQAQLVEGYKLLGHRQVSATKSPGEALYALIQ QWPNWSEEMLESRGPFEGKPIPNPLLGLDSTRTGHHHHHH. THE SEQUENCE INSERTED INTO THE EXPRESSION VECTOR CONTAINS A SIGNAL PEPTIDE AND TWO EXPRESSION TAGS AT THE C-TERMINAL END. THE SIGNAL PEPTIDE IS CLEAVED UPON EXPORTATION. A PART OF THE C-TERMINAL EXTENSION IS LOST AFTER PURIFICATION AND CONCENTRATION, AS SEEN BY SDS-PAGE GEL AND WESTERN BLOT. THEREFORE THERE IS NO EXACT INFORMATIONS ON THE N AND C TERMINUS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 25% PEG-mme 2000, 0.1M MES , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月28日
放射モノクロメーター: Si(311) and Si(111) crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 25490 / Num. obs: 25380 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.326 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1S2J

1s2j


解像度: 1.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.073 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17328 1273 5 %RANDOM
Rwork0.15471 ---
obs0.15567 24154 99.75 %-
all-25490 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.816 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å20 Å20 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3---0.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1304 0 0 252 1556
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221334
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3631.951807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6925168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.0225.15664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.30115222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.01157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021040
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2672
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.2942
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2550.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7481.5849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24821341
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2813535
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5484.5466
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 100 -
Rwork0.175 1699 -
obs-1699 99.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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