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- PDB-5h9i: Crystal structure of Geobacter metallireducens SMUG1 with xanthine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h9i
タイトルCrystal structure of Geobacter metallireducens SMUG1 with xanthine
要素Geobacter metallireducens SMUG1
キーワードHYDROLASE / SMUG1 / DNA damage / base excision repair / substrate specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


single-strand selective uracil DNA N-glycosylase activity / oxidized pyrimidine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Single-strand selective monofunctional uracil DNA glycosylase / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / ISOPROPYL ALCOHOL / PENTANOIC ACID / XANTHINE / Uracil-DNA glycosylase-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter metallireducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.501 Å
データ登録者Xie, W. / Cao, W. / Zhang, Z. / Shen, J.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Science and Technology Program of Guangzhou201504010025 中国
Foundation of Key Laboratory of Gene Engineering of the Ministry of Education201502 中国
Guangdong Innovative Research Team2011Y038 中国
the Fundamental Research Funds for the Central Universities15lgjc02 中国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis of Substrate Specificity in Geobacter metallireducens SMUG1
著者: Zhang, Z. / Shen, J. / Yang, Y. / Li, J. / Cao, W. / Xie, W.
履歴
登録2015年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Geobacter metallireducens SMUG1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7968
ポリマ－26,1271
非ポリマー6697
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area10260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.972, 64.339, 45.654
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-421-

HOH

21A-509-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Geobacter metallireducens SMUG1


分子量: 26126.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210) (バクテリア)
株: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: Gmet_0095 / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q39ZI0

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非ポリマー , 6種, 184分子

#2: 化合物 ChemComp-XAN / XANTHINE


分子量: 152.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#6: 化合物 ChemComp-LEA / PENTANOIC ACID / VALERIC ACID


分子量: 102.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 16-21% PEG6000, 0.2M NaCl or (NH4)2SO4 and 0.1M MES (pH 6.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 40018 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.617 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OE4

1oe4


解像度: 1.501→38.051 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2052 1983 5.01 %
Rwork0.1715 --
obs0.1732 39571 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.501→38.051 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1830 0 44 177 2051
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0271934
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.3082627
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.842691
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.144278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.015346
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5012-1.53880.27111150.25652617X-RAY DIFFRACTION96
1.5388-1.58040.261530.23262643X-RAY DIFFRACTION98
1.5804-1.62690.26351440.21852647X-RAY DIFFRACTION98
1.6269-1.67940.21851260.19742692X-RAY DIFFRACTION98
1.6794-1.73940.22931450.19542663X-RAY DIFFRACTION98
1.7394-1.8090.20991410.18122677X-RAY DIFFRACTION99
1.809-1.89140.19661320.18052690X-RAY DIFFRACTION99
1.8914-1.99110.19741490.17172681X-RAY DIFFRACTION99
1.9911-2.11580.17941520.17412687X-RAY DIFFRACTION99
2.1158-2.27920.19121360.1642720X-RAY DIFFRACTION100
2.2792-2.50850.21871540.16872676X-RAY DIFFRACTION100
2.5085-2.87140.1941400.1732729X-RAY DIFFRACTION100
2.8714-3.61720.18061450.15692739X-RAY DIFFRACTION100
3.6172-38.06370.21741510.1582727X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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